变形斑沙雷氏菌336X生防相关基因phy的克隆、功能分析及原核表达

变形斑沙雷氏菌336X生防相关基因phy的克隆、功能分析及原核表达

论文摘要

变形斑沙雷氏菌(Serratia proteamaculans)336X菌株能抑制由子囊菌禾顶囊壳小麦变种(Gaeumannomyces graminis var. tritici, Ggt)侵染根部所引起的小麦全蚀病(take-allof wheat),具有开发成生防制剂的潜力。从分子水平上探索336X的生防机制,研究生防细菌与植物之间的相互作用,具有重要的理论和现实意义。在本研究中,用变形斑沙雷氏菌568菌株基因组中一个预测的ABC转运系统相关基因设计引物phyF/R,以336X基因组DNA作为模板,通过PCR扩增出全长1569bp的完整ORF片段。扩增片段用载体pMD-18T克隆,经过测序分析,发现该片段和568菌株预测的4’-phytase同源,同源性指数为94%,故将该基因命名为phy。保守域序列分析表明,预测氨基酸序列和周质可溶性结合蛋白家族Ⅱ(PBP2NikADppAOppAlike7)同源,相似性达15-21%。通过信号肽预测程序SignalP 3.0 Server分析,发现在N端有一段31个氨基酸的信号肽序列,成熟肽链可能在27-28位氨基酸处切开。为了研究phy的功能,将phy片段插入自杀性载体pKAS32,并用卡那霉素抗性片段中断,构建同源双交换敲除载体pKAS2-phy-km。通过接合作用将该质粒从大肠杆菌(Escherichia coli, E.coli) S17-1导入336X中,PCR检测得到3株Phy缺陷型突变株。通过一系列的表型实验,发现突变株摄取Ni2+的能力下降,表明Phy可能编码Ni2+运输过程中的Ni2+。结合蛋白组分。同时发现突变株的生防能力下降,对小麦根部分泌物的应答减弱,在小麦根表的定殖数量减少。这些结果可能有助于我们分析336X的生防机制。为了进一步研究Phy性质,将Phy的ORF序列插入pET-30a中构建异源表达载体pET30a-phy,将该载体导入到大肠杆菌BL21(DE3)中进行表达。结果发现经过异丙基-p-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)诱导,一个约60 kD的重组蛋白得以表达。对诱导条件进行了优化,发现最适的条件为:0.5 mmol/L IPTG于28℃下诱导5 h。表达的包涵体蛋白通过超声破碎、6 mol/L盐酸胍溶解后,变性条件下用Ni2+-NTA亲和柱纯化,及梯度复性得到可溶性蛋白。本研究为蛋白的序列分析,结构鉴定及活性部位研究等奠定了基础。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 1. 前言
  • 1.1 小麦全蚀病
  • 1.1.1 小麦全蚀病及防治现状
  • 1.1.2 生物防治在控制小麦全蚀病中的应用
  • 1.1.3 微生物生物防治中的作用机制
  • 1.2 细菌趋化性与生物防治
  • 1.2.1 细菌趋化性
  • 1.2.2 趋化性与植物生物防治的研究
  • 1.2.3 趋化性的作用机制
  • 1.3 变形斑沙雷氏菌
  • 1.3.1 沙雷氏菌属及生防相关研究
  • 1.3.2 变形斑沙雷氏菌可能的生防机制
  • 1.3.3 变形沙雷氏菌与植物根的相互作用
  • 1.4 立题背景和意义
  • 2 材料与方法
  • 2.1 供试材料
  • 2.1.1 细菌与质粒
  • 2.1.2 培养基
  • 2.1.3 试剂
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 菌株的培养
  • 2.2.2 基本操作技术
  • 2.2.3 phy基因克隆与测序
  • 2.2.4 序列分析
  • 2.2.5 336X中phy基因的定点敲除
  • 2.2.6 phy基因的功能分析
  • 2.2.7 phy基因的原核表达
  • 3 结果与分析
  • 3.1 基因的克隆与测序
  • 3.1.1 336X基因组DNA的提取
  • 3.1.2 phy基因的扩增
  • 3.1.3 基因克隆与测序
  • 3.2 预测氨基酸序列分析
  • 3.3 基因敲除载体的构建及336X菌株phy基因的敲除
  • 3.3.1 敲除载体的构建
  • 3.3.2 336X中phy基因的定点敲除
  • 3.4 phy基因功能的测定
  • 3.4.1 野生型菌株产植酸酶的测定
  • 3.4.2 突变株对寡肽的利用差异
  • 3.4.3 突变株的脲酶活性变化
  • 3.4.4 突变株对小麦全蚀病的生防能力差异
  • 3.4.5 突变株在小麦根际定殖能力的差异
  • 3.4.6 突变株对小麦根际分泌物的趋向性差异
  • 3.5 重组蛋白的原核表达
  • 3.5.1 重组原核表达载体的构建
  • 3.5.2 重组蛋白的原核表达
  • 3.5.3 诱导表达蛋白的纯化和复性
  • 4 结论
  • 5 讨论
  • 5.1 phy基因的功能分析
  • 5.2 336X菌株的生防机制分析
  • 5.3 重组蛋白的原核表达
  • 6 展望
  • 参考文献
  • 致谢
  • 相关论文文献

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