应用微卫星标记分析我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性

论文摘要

本研究分析了我国西南地区12个地方特色鸡群体在20个微卫星座位上的遗传多样性;统计了等位基因频率、观察等位基因频率（Na）、有效等位基因数（Ne）、期望杂合度（He）、观察杂合度（Ho）、多态信息含量（PIC）和特有等位基因数（NPA）等遗传多样性参数;依据Nei氏DA和DS遗传距离,采用NJ法和UPGMA构法建了系统聚类树;并用FSTAT软件计算了群体的遗传变异。结果表明:20个微卫星座位均表现高度多态,在368个个体中共检测到226个等位基因,其中检测到等位基因数最多的座位是LEI0234座位（24个）;最少的是MCW0037座位（6个）;20个微卫星座上的平均观察等位基因为7.879,平均有效等位基因为4.021,多态信息含量介于0.501-0.82,期望杂合度0.563-0.849。所有座位均有群体偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）,MCW0014座位在12个群体中均显著或极显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）,MCW0111座位、MCW0067座位在11个群体中均显著或极显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）,LEI0166座位仅在3个群体中均显著或极显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）。12个群体的遗传多样性较丰富,平均多态信息含量为0.668,其中最高的是察隅藏鸡群体,为0.753,最低的是大宁河鸡,为0.582。平均期望杂合度为0.701,最高的是屏边乌骨鸡,为0.759,最低的是藏鸡,为0.612。群体遗传变异结果显示所选12个群体有88.3%的遗传变异来自群体内,11.7%来自品种间。12个群体间的Nei氏DA和Ds的变化与其所处地域趋势基本一致,遗传距离最远的是察隅藏鸡与大宁河鸡（DA=0.4624,Ds=0.9813）,最近的是贡山土鸡与武定鸡（DA =0.1358,Ds=0.1126）。系统聚类结果显示:云南的群体分为两支,一支为位于云南南部的支系,包括屏边乌骨鸡,勐海矮脚鸡和勐腊茶花鸡;另一只为位于云南北部的支系,包括贡山土鸡和武定鸡,采自西藏地区的两个群体包括藏鸡和察隅藏鸡位于云南南部支系和云南北部支系间。

论文目录

• 摘要
• SUMMARY
• 1 绪论
• 1.1 畜禽遗传多样性
• 1.1.1 生物多样性
• 1.1.2 我国畜禽遗传资源概况
• 1.1.3 畜禽遗传资源研究方法
• 1.1.4 畜禽遗传资源保护
• 1.2 鸡遗传多样性研究进展
• 1.2.1 形态学水平遗传多样性
• 1.2.2 染色体水平遗传多样性
• 1.2.3 蛋白质水平遗传多样性
• 1.2.4 DNA 水平遗传多样性
• 1.3 本研究的内容与意义
• 2 实验材料与研究方法
• 2.1 样品收集
• 2.2 微卫星标记
• 2.3 主要仪器设备型号及产地
• 2.4 主要试剂及贮存方式
• 2.4.1 提DNA 所需试剂
• 2.4.2 电泳常用试剂及配制
• 2.5 实验步骤
• 2.5.1 基因组DNA 提取
• 2.5.2 基因组DNA 的完整性检测
• 2.5.3 基因组DNA 浓度、纯度检测与稀释
• 2.5.4 PCR 扩增体系的优化
• 2.5.5 PCR 产物电泳检测及稀释
• 2.5.6 基因分型
• 2.6 数据统计与分析方法
• 3 结果与分析
• 3.1 基因组DNA 提取结果与分析
• 3.2 PCR 扩增结果与分析
• 3.3 等位基因数据收集结果与分析
• 3.4 品种遗传多样性结果与分析
• 3.5 遗传距离与聚类结果与分析
• 3.6 F-统计值结果与分析
• 3.7 主成分分析结果与分析
• 3.8 Hardy-Weinberg 平衡检测结果与分析
• 4 讨论
• 4.1 试剂对实验结果的影响
• 4.1.1 去离子甲酰胺
• 4.1.2 荧光引物
• 4.2 微卫星标记量与样品数量
• 4.3 群体内遗传多样性
• 4.4 群体间遗传多样性
• 5 结论
• 参考文献
• 致谢
• 作者简介
• 导师简介