河南省猪戊型肝炎病毒的分子检测和全基因组序列分析

论文摘要

戊型肝炎是一种由戊型肝炎病毒引发的急性肝炎疾病,主要经粪口传播,传播途径多种多样。HEV的宿主比较广泛,越来越多的证据表明戊型肝炎是一种人兽共患病。HEV可由动物传播给人。猪是HEV的主要宿主之一,HEV在猪群中携带率较高,严重威胁到人类的生命和食品公共卫生安全。本研究将对河南省猪戊型肝炎的流行情况进行初步调查。对从河南省郑州、洛阳、新乡、焦作、周口等5地市采集的133份血清样品进行戊型肝炎病毒（Hepatitis E virus,HEV） IgG抗体分析;通过反转录聚合酶链式反应的方法（ RT-PCR）对从郑州、中牟、新郑、济源和濮阳等5个地市采集的200份粪便样品进行HEV RNA检测。检测结果表明,79.70%的血清为HEV抗体阳性;7.5%的粪便样品为HEV RNA阳性。通过序列分析证明,4个测序的HEV河南分离株均为基因Ⅳ型。序列分析结果显示该片段与湖北株相应序列的同源性最高。为了进一步研究河南HEV的特点,设计8对引物,用RT-PCR的方法得到了HEV河南分离株JY40的近似全基因组序列,命名为“HN-JY40”。得到的序列去除polyA后全长7252bp,A/T含量为44.88%,C/G为55.12%。5’端非编码区有9个碱基,3’端非编码区全长69 bp。ORF1全长5124bp,编码1708个氨基酸;ORF2全长2025 bp,编码675个氨基酸,有信号肽;ORF3全长345 bp,编码115个氨基酸。经过分析,HN-JY40与湖北分离株和新疆分离株同源性较高,为93%,为典型的Ⅳ病毒。

论文目录

• 致谢
• 摘要
• 1 文献综述
• 1.1 戊型肝炎和戊型肝炎病毒
• 1.2 HEV 的基因组
• 1.3 HEV 的基因型
• 1.4 HEV 的传播途径
• 1.5 HEV 的诊断手段
• 1.5.1 酶联免疫吸附实验
• 1.5.2 RT-PCR 检测
• 1.6 HEV 的动物模型
• 1.7 HEV 的细胞模型
• 1.8 HEV 的疫苗研究
• 1.8.1 蛋白类疫苗
• 1.8.2 DNA 疫苗
• 1.9 我国HEV 的流行情况
• 2 引言
• 3 材料与方法
• 3.1 试验样品、主要试剂、仪器以及引物
• 3.1.1 试验样品
• 3.1.2 主要试剂
• 3.1.3 主要仪器
• 3.1.4 引物
• 3.2 方法
• 3.2.1 血清检测
• 3.2.2 阳性样品检测
• 3.2.2.1 粪便样品处理
• 3.2.2.2 RNA 提取
• 3.2.2.3 RT-nPCR
• 3.2.2.4 序列分析
• 3.2.2.5 遗传进化分析
• 3.2.3 HEV 全基因组克隆和分析
• 3.2.3.1 RNA 的提取
• 3.2.3.2 反转录
• 3.2.3.3 PCR
• 3.2.3.4 5’RACE
• 3.2.3.5 3’RACE
• 3.2.3.6 序列分析
• 4 结果与分析
• 4.1 河南样品检测分析
• 4.1.1 血清学检测结果
• 4.1.2 粪便样品阳性率检测结果
• 4.1.3 序列对比与分析
• 4.1.4 系统发育分析
• 4.2 全基因组克隆
• 4.2.1 3’RACE 扩增结果
• 4.2.2 8 个片段扩增结果
• 4.2.3 5’RACE
• 4.2.4 片段拼接
• 4.2.5 序列分析
• 4.2.5.1 ORF1
• 4.2.5.2 ORF2
• 4.2.5.3 ORF3
• 4.2.5.4 基因组水平分析
• 4.2.5.5 基因组进化分析
• 5 结论和讨论
• 参考文献
• ABSTRACT