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鸡的小RNA文库构建和非编码RNA的规模筛选

2020-12-02阅读(295)

鸡的小RNA文库构建和非编码RNA的规模筛选

论文摘要

非编码RNA在生命活动中起着非常重要的作用,如参与染色质结构的调节,转录和转录后加工的调控,蛋白质合成、转运和活性的调控等,但是已知的非编码RNA只占生物体内全部非编码RNA的很少一部分,绝大多数的非编码RNA还有待于被发现和进行功能研究。通过构建特殊的cDNA文库发现新的非编码RNA是一个比较有效的方法。本研究以鸡为模式生物,构建了富集小分子非编码RNA的文库,从中找到一大批新的非编码RNA,并利用Northern杂交实验验证了这些非编码RNA的存在。对这些新的非编码RNA进行的整体性的研究使我们对非编码RNA有了更深入的了解。首先,通过分析各种非编码RNA在鸡的不同组织和骨骼肌不同发育阶段中的表达,发现绝大多数非编码RNA在时空上具有不同的表达水平,说明这些非编码RNA在体内的产生和降解受到了严格的调控,提示它们在某些生命活动中具有重要的作用;同时发现鸡中许多的非编码RNA在小鼠和人类中并没有同源RNA分子的存在,基因组水平的比对也不能找到同源的序列,这说明生物体在进化中会产生相当多的物种特有的非编码RNA,这与蛋白质编码基因所具有的保守性相比具有显著的不同,这些非编码RNA可能在很大程度上决定了物种的独特性。本实验还发现了一个只在鸡的骨骼肌和心肌中表达的非编码RNA——MuN121,Blast分析表明它定位于一个已知的蛋白质编码基因的内含子之中,Northern杂交结果显示MuN121和该宿主基因在RNA水平具有一致的表达谱。为了研究MuN121的产生是经独立转录而来还是从pre-mRNA加工而来,我们构建了野生型和该内含子5’端剪接供体位点突变的2种载体,转染293T细胞发现突变体不能产生ncRNA而野生型能产生。表明MuN121的产生依赖于pre-mRNA的成功剪接,MuN121和宿主基因受相同的转录机制的调控。

论文目录

  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 文献综述
  • 第一部分 非编码RNA及其在基因表达调控中的作用
  • 一、非编码RNA的定义及研究意义
  • 二、ncRNA的分类
  • 三、ncRNA在不同层次调节基因的表达
  • 四、miRNA与转录后水平的基因表达调控
  • 五、siRNA介导的RNA干扰与基因的表达调控
  • 六、小RNA分子在转录水平的基因表达调控
  • 七、其他ncRNA调节基因转录的例子
  • 八、ncRNA调节可以蛋白质的功能
  • 九、总结和展望
  • 第二部分 发育和疾病过程中的NCRNA
  • 一、miRNA在发育,生理和疾病过程中的作用
  • 二、其它ncRNA分子的生物学功能
  • 三、研究展望
  • 第三部分 新的NcRNA的大规模发现
  • 一、实验方法发现新的ncRNA
  • 二、生物信息学预测发现新的ncRNA
  • 三、研究展望
  • 材料与方法
  • 第一部分 实验材料
  • 一、实验动物、细胞系、菌株和载体
  • 二、主要实验仪器
  • 三、引物序列
  • 四、主要药品、试剂及溶液配制
  • 第二部分 主要实验方法
  • 一、组织中总RNA的提取
  • 二、变性PAGE电泳检测RNA的质量
  • 三、非编码小RNA文库的构建
  • 四、RT-PCR、产物的回收和连接
  • 五、大肠杆菌XL1-Blue电转化感受态细胞制备及转化
  • 六、体外转录法合成杂交用的单链RNA探针
  • 七、Northern杂交
  • 八、MuN121过表达载体的构建
  • 九、鸡胚胎成肌细胞的分离和培养
  • 实验结果
  • 一、鸡ncRNA文库的构建与新的ncRNA的鉴定
  • 二、一些ncRNA的表达特点
  • 三、一个在肌肉特异表达的ncRNA
  • 讨论
  • 一、鸡作为模式生物的科学价值
  • 二、鸡中ncRNA的研究
  • 三、进一步研究ncRNA功能的思路
  • 参考文献
  • 缩写词表
  • 致谢
  • 个人简历

    • 相关论文文献

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