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3株新菌的分类鉴定及新型耐热琼胶酶基因的克隆表达

2020-12-12阅读(827)

3株新菌的分类鉴定及新型耐热琼胶酶基因的克隆表达

论文摘要

随着人类社会和经济的不断发展,陆地资源已经日益匮乏,为寻找支持人类进一步生存和发展的不竭资源,人们把注意力转向了占地球总面积71 %的海洋,对海洋资源的开发利用已成为各国战略性发展的主旋律。海洋是地球上最大的生物栖息地,其中生活的海洋微生物,种类众多且在特殊环境下形成了独特的代谢方式,成为海洋资源开发与利用的新宠。因此,对海洋微生物的生态、生理、遗传特征和生物活性物质等的研究都具有重大的理论意义和实际价值。本文在前期进行的微生物资源多样性研究的基础上,对几株新发现的新菌进行了分类鉴定并对其中一株新菌产生的琼胶酶进行了研究。本文对分离自青岛近海的一株革兰氏阴性、严格需氧的琼脂降解菌YM01T进行了分类学鉴定。结果表明,该菌细胞呈杆状,具有周生鞭毛,细胞首尾相连形成长链。YM01T生长需要Na+,不需要海水。能够水解羧甲基纤维素、淀粉、七叶灵和吐温80,不能水解卵磷脂、明胶、尿素以及酪蛋白。甲基萘醌-7（MK-7）为该菌主要的呼吸醌。其主要的脂肪酸组分为C16 : 0（38.3 %）, C16 : 1ω7c和/或iso-C15 : 0 2-OH（29.0 %）, C18 : 1ω7c（9.3 %）和C10 : 0 3-OH（8.2 %）。主要的极性脂为磷脂酰乙醇胺（PE）、磷脂酰甘油（PG）和氨基磷酸酯（PN）。该菌DNA的G+C含量为44.8 %。YM0T与所有已经报道的细菌16S rDNA序列相似性都低于91 %,构建的系统进化树显示,YM01T属γ-变形菌纲的交替单胞菌科,并形成了一个单独的分支类群。根据该菌在表型特征、化学分类特征和系统发生分析上所表现出来的特殊性,认定该菌为γ-变形菌纲中的一个新属新种,命名为嗜琼胶卵链菌（Catenovulum agarivorans gen. nov. sp. nov.）。从中国南极中山站沿岸潮间带中分离到一株耐低温（0-30℃）、中度喜盐（7-8 % w/v, NaCl）的专性异养细菌,实验室编号为ZS2-28T。基于16S rDNA的系统发生分析表明,ZS2-28T属于α-变形菌纲Roseibaca, Roseinatronobacter和Rhodobaca属细菌分类群中一个单独的进化支,与其他已知种属细菌的相似度均低于97 %,为一株潜在的海洋新菌。该菌能够产生菌绿素-a,胞内含有聚β-羟基丁酸脂颗粒,胞外附着有分泌物。主要的细胞壁脂肪酸组分为C18 : 1ω7c。主要的呼吸醌为泛醌10。主要的极性脂包括磷脂酰甘油、磷脂酰乙醇胺、磷脂酰胆碱和一种无法鉴定的氨基脂。基因组DNA G+C含量为63.3 mol%。根据表型、化学分类特征以及系统发生分析的结果,确定ZS2-28T代表了一个新属新种。命名为南极红柠檬菌（Roseicitreum antarcticum gen. nov. sp. nov）。此外,从人类唾液样品中分离出一株产可溶性棕色色素的细菌,实验室编号为MY15T。基于16S rDNA序列的系统发生分析表明,该菌株与海洋类香味菌（Myroides marinus JS-08T）、M. odoratimimus LMG 4092T和深海类香味菌（M. profundi D25T）亲缘关系最近,序列相似性分别为96.5 %, 96.3 %和96.1 %。该菌革兰氏染色呈阴性,细胞杆状,不具有鞭毛,不能运动。不能产生Flexirubin类色素。MY15T以甲基萘醌-6为主要的呼吸醌,C15:0 iso （51.2%）, C17:0 iso 3-OH （12.9%）和C13:0 iso （10.5%）为主要的细胞壁脂肪酸。DNA G+C含量为34.3 mol%。根据该菌在遗传进化与表型特征上与类香味菌属其他细菌所表现出来的差异性,认定MY15T为类香味菌属的一个新种,命名为棕色类香味菌（Myroides phaeus gen. nov. sp. nov）。本文在对嗜琼胶卵链菌YM01T分类学研究的基础上,对其琼胶水解酶进行了进一步研究,发现YM01T能够产生耐高温、耐蛋白酶K的琼胶酶,在100℃和90℃分别孵育120 min和240 min后仍能保持33.3 %和44.4 %的活性。此外,利用简并PCR和hiTail-PCR法克隆了一个琼胶酶基因。该基因编码781个氨基酸,理论分子量为89 kDa, SingalP分析其N-端51个氨基酸为信号肽序列,结构域分析表明该酶属于糖苷水解酶42家族。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第1章 前言
  • 1.1 海洋细菌研究概况
  • 1.2 海洋新菌资源的研究开发
  • 1.3 海洋新菌的分类与鉴定
  • 1.3.1 细菌分类学
  • 1.3.2 海洋新菌的分类原则与方法
  • 1.4 琼胶以及琼胶酶的研究概况
  • 1.4.1 琼胶及其结构
  • 1.4.2 琼胶酶的分类与酶学性质
  • 1.4.3 琼胶酶的分子生物学研究
  • 1.4.4 琼胶酶的应用开发
  • 1.5 染色体步移及其应用
  • 1.6 本论文的研究目的及意义
  • 第2章 海洋细菌新属新种—嗜琼胶卵链菌（Catenovulum agarivorans gen. no. sp. nov.）的分类鉴定
  • 2.1 实验材料与仪器
  • 2.1.1 菌株
  • 2.1.2 主要仪器
  • 2.1.3 试剂及培养基
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 菌株采集、分离及保藏
  • 2.2.2 基于遗传学的分类鉴定
  • 2.2.3 表型特征鉴定
  • 2.3 结果与分析
  • 2.3.1 基于遗传学的鉴定结果
  • 2.3.2 基于表型特征的鉴定结果
  • 2.4 结论
  • 第3章 海洋细菌新属新种—南极红柠檬菌（Roseicitreum antarcticum gen. nov.sp. nov.）的分类鉴定
  • 3.1 实验材料与仪器
  • 3.1.1 菌株
  • 3.1.2 主要仪器
  • 3.1.3 试剂及培养基
  • 3.2 实验方法
  • 3.2.1 菌株采集、分离及保藏
  • 3.2.2 基于遗传学的分类鉴定
  • 3.2.3 表型特征鉴定
  • 3.3 结果与分析
  • 3.3.1 基于遗传学的鉴定结果
  • 3.3.2 基于表型特征的鉴定结果
  • 3.4 结论
  • 第4章 细菌新种—棕色类香味菌（Myroides phaeus sp. nov.）的分类鉴定及对类香味菌属的修正
  • 4.1 实验材料与仪器
  • 4.1.1 菌株
  • 4.1.2 主要仪器
  • 4.1.3 试剂及培养基
  • 4.2 实验方法
  • 4.2.1 菌株采集、分离及保藏
  • 4.2.2 基于遗传学的分类鉴定
  • 4.2.3 表型特征鉴定
  • 4.3 结果与分析
  • 4.3.1 基于遗传学的鉴定结果
  • 4.3.2 基于表型特征的鉴定结果
  • 4.4 结论
  • 4.4.1 对类香味菌属的修正
  • 4.4.2 新菌MY15T 的分类地位
  • 第5章 海洋新属新种嗜琼胶卵链菌琼胶酶基因的克隆表达
  • 5.1 实验材料与仪器
  • 5.1.1 实验菌株与质粒
  • 5.1.2 试剂与培养基
  • 5.1.3 其他材料
  • 5.1.4 主要仪器
  • 5.2 实验方法
  • 5.2.1 琼胶酶粗酶液制备
  • 5.2.2 琼胶酶活性检测?
  • 5.2.3 琼胶酶粗酶液性质研究
  • 5.2.4 YM01T 琼胶酶基因的克隆
  • 5.2.5 YM01T 琼胶酶的重组表达
  • 5.3 实验结果
  • 5.3.1 YM01T 胞外琼胶酶组分
  • 5.3.2 YM01T 胞外琼胶酶粗酶性质
  • 5.3.3 琼胶酶基因的克隆与分析
  • 5.3.4 琼胶酶基因重组表达
  • 5.4 分析与结论
  • 全文总结
  • 参考文献
  • 附录Ⅰ
  • 附录Ⅱ
  • 致谢

    • 相关论文文献

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