长柄链格孢(Alternaria longipes)蛋白激酶基因克隆及功能研究

长柄链格孢(Alternaria longipes)蛋白激酶基因克隆及功能研究

论文摘要

信号转导是外界同生物体或生物体细胞间的信息传递的重要手段。大量研究表明蛋白的可逆磷酸化是细胞信号传递系统的重要组成部分,也是生物体内存在的一种最为普遍的调节方式,在许多生命活动中扮演重要角色,几乎涉及所有的生理及病理过程。蛋白质可逆磷酸化是由蛋白激酶(protein kinase,PK)和蛋白磷酸酶(protein phosphates,PP)催化完成。蛋白激酶作为重要的信号分子逐渐被广大学者所认识和接受。本研究以长柄链格孢(Alternaria longipes)为研究对象,研究了A. longipes原生质体制备和再生的最佳方法和条件,采用10mg/mL的溶壁酶,选择菌龄为24h的菌体,酶解温度为30℃,酶解时间为3h,制备选择0.7M的NaCl,再生选择0.7M的蔗糖为稳渗剂,可以得到高浓度且再生能力强的原生质体。利用限制性内切酶介导的整合技术成功的转化了A. longipes原生质体,并对转化体系进行了优化,包括限制性内切酶的种类和使用量、原生质体的浓度、质粒的形态和用量、PEG的浓度。本实验中用2μg HindⅢ线性化的质粒pUCATPH,转化过程中加入20U限制性内切酶HindⅢ,原生质体浓度为107个/mL,60%的PEG3350,共获得600多个转化子,转接5代能稳定遗传。随机挑选转化子进行PCR验证,结果证明潮霉素基因已经整合到受体菌的基因组中。研究并优化了农杆菌介导的A. longipes分生孢子转化,包括AS的使用状态和使用浓度、共培养时间、受体菌孢子浓度、农杆菌浓度。在诱导过程和共培养过程中加200μmol/L AS处理,共培养48h,农杆菌OD600为0.25,受体孢子浓度为106个/mL时,共得到了85个转化子,转化效率明显低于REMI。利用蛋白激酶同源保守序列设计兼并寡核苷酸引物,结合RT-PCR和RACE技术从A. longipes中克隆得到了一种蛋白激酶,全长cDNA1905bp,包含有一个1476bp的开放阅读框,编码491个氨基酸残基。该基因的cDNA和DNA序列已经在GenBank中注册,登录号分别为EU381116和EU3811167。运用生物信息学软件对A. longipes蛋白激酶编码基因进行碱基组成和氨基酸组成特征、功能位点、跨膜结构、保守区结构以及一级,二级结构等方面进行了分析,并与其他来源的蛋白激酶编码基因进行了同源比较。aapk1基因的催化域具有蛋白激酶催化域一般结构的特征。亚区Ⅰ的富含甘氨酸的区域(GTGSFGRV),亚区Ⅱ的K72和亚区Ⅲ的E91的保守碱基,亚区VIB的YRDLKPEN,亚区Ⅶ的DFG,亚区Ⅷ的GTPDYLAPE,亚区Ⅸ的D220,亚区XI的R280都是蛋白激酶中高度保守的碱基,并且在催化蛋白质的磷酸化过程中扮演着重要的角色。采用同源重组利用双连接PCR(double-joint PCR)构建了aapk1基因的打靶载体,分别取基因上游652bp和下游620bp片段作为同源重组的两臂。对A. longipes原生质体进行了转化,采用PCR方法筛选到aapk1基因缺失突变体,并利用southern杂交和RT-PCR的方法对筛选的转化子△aapk1进行了验证,结果表明我们筛选的转化子就是aapk1基因缺失突变体。对△aapk1转化子和野生菌进行了比较,结果显示△aapk1转化子的产孢量和孢子的形状、大小、颜色都没有明显的差异,但△aapk1转化子在PDA上生长速度明显慢,PDB培养后测干重△aapk1转化子也低于野生菌,我们认为aapk1基因对于A. longipes的菌丝生长起着调控作用。对致病性的研究结果显示,△aapk1转化子孢子悬浮液接种NC89烟草的离体叶片,病斑出现晚,但病斑大小没有明显的差异。

论文目录

  • 中文摘要
  • ABSTRACT
  • 第一章 文献综述
  • 1 蛋白激酶研究综述
  • 2 丝状真菌的遗传转化研究综述
  • 2.1 原生质体-PEG 转化
  • 2.2 电激转化法
  • 2.3 转座子介导的转化
  • 2.4 醋酸锂转化法
  • 2.5 限制性内切酶介导的整合转化
  • 2.6 农杆菌介导的遗传转化
  • 3 选题的目的、研究内容和技术路线
  • 第二章 长柄链格孢(A.LONGIPES)遗传转化系统的建立
  • 第一节 长柄链格孢原生质体的制备与再生
  • 1 材料与方法
  • 1.1 供试菌株
  • 1.2 培养基
  • 1.3 试剂
  • 1.4 长柄链格孢原生质体的制备
  • 1.5 长柄链格孢原生质体的纯化
  • 1.6 长柄链格孢原生质体的再生和影响因素分析
  • 1.7 长柄链格孢原生质体再生的形态学观察
  • 2 结果
  • 2.1 不同条件对长柄链格孢原生质体制备的影响
  • 2.2 长柄链格孢原生质体的再生和影响因素分析
  • 2.3 长柄链格孢原生质体再生的形态学观察
  • 3 讨论
  • 3.1 影响原生质体制备的因素
  • 3.2 影响原生质体再生的因素
  • 第二节 长柄链格孢菌的限制性内切酶介导整合转化
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.2 方法
  • 2 结果
  • 2.1 线性质粒pUCATPH 的制备
  • 2.2 抑制长柄链格孢菌生长的潮霉素最佳浓度筛选
  • 2.3 REMI 转化的影响因素
  • 2.4 长柄链格孢REMI 转化子的PCR 验证
  • 2.5 REMI 转化子的鉴定
  • 3 讨论
  • 3.1 影响REMI 转化效率的因素
  • 3.2 REMI 的局限性
  • 第三节 根癌农杆菌介导的长柄链格孢(A. LONGIPES)转化
  • 1 材料和方法
  • 1.1 材料
  • 1.2 重组质粒转化农杆菌LBA4404 受体细胞
  • 1.3 抑制农杆菌生长的抗生素最佳浓度筛选
  • 1.4 农杆菌的转化和培养
  • 1.5 影响农杆菌介导的长柄链格孢转化效率的因素分析
  • 1.6 转化子的PCR 分析
  • 1.7 转化子的稳定性测定
  • 1.8 表型突变体的鉴定
  • 2 结果与分析
  • 2.1 农杆菌对头孢霉素敏感性的测定结果
  • 2.2 转化条件对转化效率的影响
  • 2.3 转化子的PCR 验证
  • 2.4 转化子的稳定性检验表型观察
  • 3 讨论
  • 3.1 根癌农杆菌菌株对转化的影响
  • 3.2 乙酰丁香酮( acetosyingone,AS)对转化的影响
  • 3.3 共培养时间和温度对转化的影响
  • 3.4 农杆菌和受体菌浓度对转化的影响
  • 第三章 长柄链格孢(A. LONGIPES)蛋白激酶基因的克隆及序列分析..
  • 1 材料和方法
  • 1.1 材料
  • 1.2 长柄链格孢(A. longipes)蛋白激酶基因cDNA 克隆
  • 2 结果
  • 2.1 A. longipes 蛋白激酶基因中间片段的分离
  • 2.2 A. longipes 蛋白激酶基因(aapk1) cDNA 3’-末端的分离
  • 2.3 A. longipes 蛋白激酶基因(aapk1) cDNA 5’-末端的分离及序列分析
  • 2.4 A. longipes 蛋白激酶基因(aapk2) 3’和5’末端的分离及序列分析
  • 2.5 A. longipes 蛋白激酶基因(aapk1) cDNA 和 DNA 全长序列的扩增
  • 2.6 蛋白激酶aapk1 的核苷酸和氨基酸序列分析
  • 3 讨论
  • 3.1 Alternaria longipes 蛋白激酶基因cDNA 和DNA 的获得
  • 3.2 基因分离技术
  • 第四章 长柄链格孢(A. LONGIPES)蛋白激酶基因的功能研究
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.2 方法
  • 2 结果与分析
  • 2.1 基因组DNA 的提取
  • 2.2 质粒 pUCATPH 的提取
  • 2.3 打靶载体的构建
  • 2.4 △aapk1 转化子的筛选
  • 2.5 △aapk1 转化子的southern 杂交
  • 2.6 △aapk1 转化子的RT-PCR
  • 2.7 △aapk1 转化子生物学性状和致病性分析
  • 3 讨论
  • 3.1 关于载体构建
  • 3.2 同源重组效率的影响因素
  • 第五章 结论与建议
  • 1 结论
  • 2 建议
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读学位期间发表论文的情况
  • 相关论文文献

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