论文题目: 条斑紫菜孢子体功能基因组特征及铁氧化还原蛋白亚基Ⅰ基因分析
论文类型: 博士论文
论文专业: 海洋生物学
作者: 徐民俊
导师: 张学成,茅云翔
关键词: 条斑紫菜,红藻,表达序列标签,生物信息学分析,铁硫蛋白
文献来源: 中国海洋大学
发表年度: 2005
论文摘要: 紫菜是世界栽培海藻中最具经济价值的红藻之一。同时,条斑紫菜还是一种很好的遗传学和分子生物学研究对象。我们以条斑紫菜孢子体为实验材料,用不同方法构建cDNA文库,进行了表达序列标签(EST)分析。在此基础上,对铁氧还蛋白等功能基因进行了克隆和分析。 在条斑紫菜孢子体cDNA文库构建过程中,用SMART方法构建了cDNA文库。文库未扩增时的滴度为1.52×10~6pfu/ml,扩增后为1.77×10~9pfu/ml,重组率为88.2%,保证了文库对低丰度基因的覆盖率。为了获得完整的5’端,我们用Oligo-capping方法构建了第二个cDNA文库,该文库包含1.8×10~6个克隆,最长的插入片段为3.5 K。 从Oligo-capping方法构建的cDNA文库中随机挑取克隆进行测序获得719条EST序列,可聚类形成329条非冗余序列。对其中匹配最严谨的60条序列进行了Gene Ontology(GO),HMMPFAM和Pathway等生物信息学分析。在功能方面,有42条基因分别属于10类不同的功能;43条基因分别参与5种细胞代谢过程;在细胞定位方面,有43条基因定位于细胞内,属于细胞亚结构或者生物大分子复合体;另有6条属于细胞外组分。通过HMMPFAM对蛋白质功能域进行分析发现了一些与酶或蛋白质发挥功能有重要作用的功能域,包括:COX1,Sod_Fe_C,RNase PH等。通过Pathway对蛋白质(酶)可能参与的代谢过程进行分析发现所有非冗余序列共参与103种代谢途径。与配子体相比较,孢子体也存在很强的密码子使用偏倚性;第三位碱基的GC含量明显高于第一位和第二位;孢子体基因编码区平均GC含量以及其在密码子的每个位置都比配子体相对低。新ESTs比例为60.2%,新基因的比例可高达81.8%。说明对于条斑紫菜ESTs有必要开展深入研究。所有ESTs已经提交GenBank,序列号为CX873884到CX87460。 我们在条斑紫菜丝状体中首次克隆了铁氧还蛋白亚基Ⅰ基因。其基因组DNA包含了一个富含GC的内含子,位于ATG后第280到第306位。该基因组
论文目录:
第一章 紫菜分子遗传学研究概述
第一节 紫菜生物学概述
第二节 紫菜分子遗传学研究进展
第三节 研究的内容和意义
参考文献
第二章 条斑紫菜孢子体cDNA文库构建
前言
第一节 用Smart~(TM)方法构建cDNA文库
材料与方法
结果与讨论
第二节 用Oligo-capping_(TM)方法构建cDNA文库
材料和方法
结果与讨论
第三节 两种文库构建方法优缺点比较
参考文献
第三章 条斑紫菜孢子体表达序列标签分析
前言
材料和方法
结果与分析
讨论
参考文献
第四章 条斑紫菜孢子体Fd基因的克隆与序列分析
前言
材料和方法
结果与讨论
结论
参考文献
论文发表情况
致谢
发布时间: 2005-10-26
参考文献
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