水牛产奶数量性状基因多态性研究

论文摘要

本实验构建了摩拉水牛、摩拉-本地杂交水牛、尼里-拉菲水牛、摩-尼-本三元杂交水牛8个高、低产奶量实验组（P＜0.001）和尼里-本地杂交水牛、贵州水牛、广西黄牛3个对照组的DNA样本池（pooled DNA sample）,成功扩增了水牛的二酰基甘油酰基转移酶基因外显子8（DGAT1-exon8）,生长素基因内含子3和外显子5（GH-intron3,exon5）,生长素受体基因外显子8（GHR-exon8）,催乳素基因外显子3和外显子4（PRL-exon3,exon4）,催乳素受体基因外显子3（PRLR-exon3）共7个基因片段,使用限制性酶切片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism,RFLP）和单链构象多态性（single strand conformation polymorphism,SSCP）检测这些片段在各个实验组之间的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）差异。结果如下:1)PCR扩增得到长为411bp的DGAT1-exon8基因片段,CfrⅠ酶切结果发现在贵州水牛、摩拉水牛、尼里-拉菲水牛、三元杂交水牛和广西黄牛的DGAT1 exon8 K232A突变中只存在K（AA）等位基因型。SSCP结果发现摩拉水牛的基因型,广西黄牛的基因型与其它品种基因型不同。测序结果证实在该区段只存在K（AA）等位基因型,DNA序列与Genbank中的水牛和黄牛序列高度一致（99%）,K等位基因型（AA）可能与水牛奶高乳脂率直接相关;摩拉水牛在第275碱基处存在C/T突变。2)PCR扩增得到长为345bp的GH-intron3基因片段,SSCP分析发现广西黄牛的基因型与各品种水牛的基因型不同。测序发现,水牛和黄牛之间序列有5个核苷酸的差异,所有群体均具有MspⅠ酶切位点（C核苷基因型）。3)PCR扩增得到长为404bp的GH-exon5基因片段,SSCP分析发现广西黄牛的基因型与各品种水牛的基因型不同。测序发现水牛和黄牛之间有2个碱基差异,该序列第83碱基处的突变（A→G）,导致此处的弱酸性谷氨酰胺突变为碱性精氨酸（Gln→Arg）,另一个为无义突变。4)PCR扩增得到长为165bp的GHR-exon8基因片段,SSCP结果发现各实验组的基因型相同。测序未发现水牛和黄牛之间的序列差异,均为F279Y突变中的F等位基因型;在这几个群体中,扩增片段的第79碱基位点新发现T→A核苷酸转换,位于GHR内含子8区域。5)PCR扩增得到的PRL-exon3和exon4基因片段分别为156bp和294bp,SSCP结果发现贵州水牛,广西黄牛与其它品种水牛的基因型不同。经测序发现,没有发现RsaⅠ酶切多态性位点;在水牛和黄牛之间共发现2个核苷酸差异;在贵州水牛群体中发现一个新的核苷基因型,核苷酸由T突变为A,该突变是一个有义突变,造成苏氨酸突变为丝氨酸（T→S）。6)PCR扩增得到的PRLR-exon3基因片段长为81bp,SSCP结果发现贵州水牛、广西黄牛与其它品种水牛的基因型不同。经测序和比对后发现,克隆到的序列与牛、猪、驴的PRLR-exon3序列一致性达96%以上;在贵州水牛、广西黄牛与其它品种水牛之间有一个碱基替换（C→T）,所有群体均为S18N（丝氨酸→天冬酰胺）突变中的N等位基因型。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一部分 文献综述
• 第一章 水牛产奶数量性状基因多态性研究进展
• 1 数量性状位点（QTL）与产奶性状
• 2 单核苷酸多态性（SNP）及相关检测方法
• 3 影响产奶量的QTL基因与QTN
• 4 问题与展望
• 第二部分 实验研究
• 第二章 水牛产奶数量性状基因多态性检测
• 1 材料与方法
• 1.1 实验样本来源
• 1.2 实验试剂及药品
• 1.3 主要溶液
• 1.4 主要仪器
• 1.5 实验方法
• 2 实验结果
• 2.1 基因组DNA提取及DNA样本池构建
• 2.2 DGAT1外显子8
• 2.3 GH内含子3
• 2.4 GH外显子5
• 2.5 GHR外显子8
• 2.6 PRL外显子3和外显子4
• 2.7 PRLR外显子3
• 3 分析与讨论
• 3.1 实验结果分析
• 3.2 SSCP检测结果分析
• 3.3 银染
• 4 结论
• 参考文献
• 附录
• 致谢
• 攻读学位期间发表的学术论文