导读:本文包含了细菌基因组论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:槟榔细菌性叶斑病,须芒草伯克霍尔德氏菌,全基因组
细菌基因组论文文献综述
唐庆华,覃伟权,于少帅,宋薇薇,余凤玉[1]（2019）在《槟榔细菌性叶斑病菌全基因组测序及比较基因组学分析》一文中研究指出由须芒草伯克霍尔德氏菌(Burkholderia andropogonis)侵染引起的槟榔细菌性叶斑病是槟榔生产上最严重的细菌性病害之一。对代表性菌株Y30 (中国典型培养物保藏中心编号:CCTCC AB2014035)进行了初步测序,通过Illumina Hiseq 2000平台测序,Y30共产生1 207 Mb数据。基于测序数据组装获得的Y30基因组大小为7 075 563bp,GC含量58.67%,共33个scaffold,155个contig。通过基因预测、重复序列预测、非编码RNA预测等方法获取Y30基因组的组成情况。Y30的基因组含有7 081个基因,总长度为6 231 444bp,平均长度880bp,占基因组全长的88.07%。串联重复序列共120个,总长为19 152bp,占基因组全长的0.27%。小卫星序列49个,微卫星序列38个。tRNA 58个,rRNA 12个。将菌株Y30与其他Burkholderia全基因组序列进行了共线性分析,结果显示Y30菌株与B.cenocepacia菌株J 2315和B.xenovorans菌株LB400全基因组核酸共线性最高。用Glimmer3.0软件对Y30基因组的ORF进行预测,获得7 081个编码基因,依据COG分类标准将7 081个基因划分为22类。通过与KEGG数据库进行比对,Y30的7 081个基因可划分为34类。(本文来源于《中国植物保护学会2019年学术年会论文集》期刊2019-10-23）
秦雪[2]（2019）在《生命新诠释:重新编码细菌基因组》一文中研究指出伦敦郊外贾森·秦(Jason Chin)的实验室里,一些细菌在撒有营养液体培养基的塑料小盘子里欢快地吃着、繁殖着、呼吸着,看上去很普通,但它们与地球上的其他任何生物——从真菌、鳄梨到郁金香、知更鸟和大象——都有着本质的不同,它们是用不同的遗传密码人工合成的微生物。(本文来源于《世界科学》期刊2019年07期）
何忠勤[3]（2019）在《杧果细菌性干枯病病原菌分离鉴定及全基因组测序分析》一文中研究指出杧果是着名热带水果,被称为“热带果王”,近年来随着杧果种植产业的持续扩增,使得杧果产区农业经济得到快速发展,同时杧果病虫害的种类随着种植面积的扩大也越来越多。近两年本课题组在广东、四川等杧果产区病虫害普查时发现了一种危害逐渐加重的细菌性病害。杧果的叶片和枝条在染病初期呈现不规则的黑褐色斑圈,中期病斑向四周蔓延,前期出现的症状与细菌性角斑病相似,但后期染病的叶片和枝条干枯坏死,与细菌性角斑病后期出现的病害症状完全不同,固本课题称之为杧果细菌性干枯病。为明确该病原菌的种类,采用稀释涂布分离法,对具有明显症状的杧果病害样品进行稀释分离、纯化,Koch法则检测分离物接种杧果枝叶的致病性,并通过观察分离物的形态学特征、生物学活性测定和分子生物学分析确定其分类学地位。经全基因组测序技术,预测病原菌的致病基因、耐药基因、致病毒力和碳水化合物等相关基因,以期为明确病原菌对寄主产生的致病机理和病害防治途径提供理论依据。主要研究内容如下:1.杧果细菌性干枯病病原菌分离及鉴定以典型的干枯病病样为试验材料,采用稀释涂布法获得NY01菌株。经过刺伤接种将NY01菌株回接到杧果的叶片和枝条上,4天后在杧果的叶片和枝条均呈现典型病斑。NY01菌株在蔗糖蛋白胨培养基上菌体黄色,圆形,表面光滑整齐,菌落边缘随着培养时间的不断延长而逐渐加厚,显微镜下菌体为杆状,革兰氏染色阴性。NY01菌株16SrDNA序列与Sphingomonas sanguinis(登录号KT766073)的同源性达到99.63%。经形态学特征和分子鉴定,将病原菌鉴定为血红鞘氨醇单胞菌(S.sanguinis),该病原菌能够引起杧果细菌性干枯病在国内属首次报道。2.病原菌生物学活性测定NY01菌株生物学活性测定发现,该病菌在NA培养基中生长范围为大于5℃小于45℃间,最适温度为28℃;当pH为>3和<12时NY01菌株均能生长,且最适pH是7.0;盐度为<3.0%时均能生长,最适盐度为0.8%;碳氮源试验显示,该菌不能利用淀粉和亚硝酸钠;葡糖糖发酵试验结果为发酵型;病原菌在有氧或无氧条件下都能利用葡糖糖获得能量;在糖、醇试验中病原菌不能利用甘油作为能量来源。3.NY01菌株的全基因组测序和分析采用第叁代单分子实时测序技术对NY01菌株进行全基因组测序,获得一条环状染色体和3个质粒,共4个Scaffold。染色体总长度为3280800 bp,GC含量为67.42%;质粒1长度为275887 bp,GC含量64.56%;质粒2长143601 bp,GC含量64.11%;质粒3长37326 bp,GC含量58.16%。NY01菌株有3593个ORFs,其中染色体3111个、质粒1有296个、质粒2有141个、质粒3有45个,开放阅读框的平均总长度为837462 bp,GC含量为63.31%。通过GO数据库比较,获得55个基因,其中生物学过程有25个、细胞组分19个、分子功能11个。COG数据库比对,将该病原菌分为21类共3334个基因。KEGG数据库比对,菌株注释到1018个基因,其中575个基因参与代谢途径,占KEGG总注释的56%,这些基因代谢途径与基因在细胞中的作用密切相关。通过PHI数据库基因注释,菌株共有279个PHI相关基因,这些基因在病原菌与寄主互作过程中有着不同功能作用,包括细胞壁的合成、运输和代谢、细胞内转运、复制和表达、信号转导和防御等。VFDB注释获得66个致病毒力基因,主要包括鞭毛合成和运动、代谢、胞内运输、转录调节等各种酶类蛋白。经CRDB数据库比对,NY01获得7个耐药基因,其中有1个为抗利福平基因。CAZY数据库注释获得486个碳水化合物相关酶,其中糖苷水解酶家族含量最高,占全部碳水化合物酶的40%,注释的代谢途径丰富完整,基因主要参与碳水化合物、代谢及膜转运等。(本文来源于《广东海洋大学》期刊2019-06-01）
谷美,刘慧敏,孟璐,董蕾,邢萌茹[4]（2019）在《全基因组测序技术在细菌耐药性检测中的研究进展》一文中研究指出细菌耐药性严重威胁人类健康和公共卫生安全,特别是菌株的多重耐药问题已是全球关注的热点话题。全基因组测序技术作为一种新型技术,在已知耐药基因型检测、耐药表型预测和潜在耐药基因确定等方面具有较好的敏感性和特异性。现将全基因组测序技术在细菌耐药性中的研究进展进行综述。(本文来源于《中国乳品工业》期刊2019年05期）
祝友朋,刘宏莉,韩长志[5]（2019）在《基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析》一文中研究指出【目的】充分了解核桃黑斑病菌的侵染机制。【方法】以全基因组序列已经公布的7个核桃细菌性黑斑病菌菌株CFBP2528、CFBP7179、CFBP8253、DW3F3、J303、NCPPB1447、Xaj417等所具有的蛋白序列为预测数据,基于分泌蛋白所具有的主要特征,利用SignalP v4.1、ProtCompB v9.0、TMHMM v2.0、big-PI Fungal predictor、TargetP v1.1、LipoP v1.0等在线分析程序对分泌蛋白进行预测,同时分析其氨基酸组成及分布、信号肽长度、信号肽切割位点等特征。【结果】核桃细菌性黑斑病菌的分泌蛋白平均为74个,其氨基酸长度多集中于101～400氨基酸,所占比例为63.65%。信号肽氨基酸残基中以A最多,所占比例为22.04%;其次是L,所占比例为19.27%。信号肽长度以19～29个氨基酸的最多,所占比例为79.62%,信号肽切割位点属于A-X-A类型。【结论】核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白的有效预测,可为深入解析核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白在侵染过程中所发挥的功能提供理论依据。(本文来源于《南京林业大学学报(自然科学版)》期刊2019年03期）
高权新,李云莉,齐占会,岳彦峰,施兆鸿[6]（2019）在《基于宏基因组学的中国沿海密集养殖水域秋季底质细菌多样性研究》一文中研究指出近年来,随着海水养殖业的迅猛发展,我国沿海水域生态系统遭受了不同程度的污染。选取我国沿海10个典型养殖水域(大连、唐山、蓬莱、连云港、启东、象山、宁德、东山,湛江、陵水),并以美济礁水域作为对照组(无水产养殖活动),采用宏基因组de novo测序方法系统分析了这些水域微生物的多样性,并进行了对比研究。结果发现,我国典型养殖水域微生物多样性与非养殖水域(美济礁)相比差异较大,美济礁水域微生物多样性明显低于各养殖水域;不同的养殖水域之间,微生物的丰度和多样性亦存在较大的差别;厚壁菌门和变形菌门是这些水域丰度最大的门类,其中厚壁菌门中的芽孢杆菌是其优势菌种。研究结果不仅有助于了解中国沿海典型养殖水域微生物的多样性,并可为评估我国海洋生态系统的污染水平提供基础数据。(本文来源于《海洋渔业》期刊2019年03期）
Seyed,Ali,Mirghasempour,k.[7]（2019）在《水稻细菌性穗枯病病原鉴定及颖壳伯克氏菌（Burkholderia glumae）基因组甲基化研究》一文中研究指出水稻细菌性穗枯病是由颖壳伯克氏菌(Burkholderia glumae)和唐菖蒲伯克氏菌(B.gladioli)引起,颖壳伯克氏菌是其主要病原。对细菌性穗枯病病原菌的遗传和表观遗传学特征进行研究,有助于制定其可持续防控方案。因此,我们在国内首次报道了一种伯克氏菌引起的水稻病害,同时对B.glumae的DNA甲基化和基因表达进行了研究。采用生物化学和分子生物学方法,从我国具有典型穗部枯萎病症状的病株中分离得到唐菖蒲伯克氏菌。DNA甲基化由DNA甲基化转移酶催化完成,是原核和真核生物基因组中常见的表观修饰形式,然而甲基化修饰在多数植物病原细菌与寄主互作过程中的功能还有待研究。B.glumae的DNA甲基化作用尚不明确。本项目旨在利用SMRT测序技术研究B.glumae菌株LMG2196的全基因组DNA甲基化模式。我们检测了B.glumae基因组中6mA和4mC两种甲基化形式,结果共检测到11,450预测的6mA残基和12,049预测的4mC残基,明确了6mA残基4mC残基在基因组中的位点;共同和菌株特异的DNA甲基化基序的分析结果表明DNA甲基化呈现高度的分歧;这些研究结果有助于推进细菌甲基化和DNA甲基化在基因调控中作用的研究。此外,大多数病原细菌和植物互作过程中转录组的研究主要集中在病原菌的侵染过程中寄主植物基因的表达分析,反过来研究病原细菌转录组的很少。在人工培养阶段,很多病原菌致病相关基因并不表达,然而在被侵染的寄主中研究病原菌的基因表达是不易的。我们试图探究在人工培养条件下模拟植物—病原细菌互作系统,以激活致病相关基因表达的方法。我们添加水稻根系分泌物(作为寄主信号)和细菌N-acyl homoserine lactone(AHL)信号分子到生长颖壳伯克氏菌的LB培养基,qRT-PCR结果表明这些信号分子可以大幅诱导其致病相关基因的表达。因此,数据表明暴露于人工环境(添加水稻根系分泌物和C8-AHL信号分子的LB培养基)中的颖壳伯克氏菌细胞的行为与自然互作环境中的相似;在该模型系统中颖壳伯克氏菌细胞的基因表达变化在侵染过程中具有可追溯性。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2019-05-01）
闵婕[8]（2019）在《基于细菌全基因组技术对AMDY2-9-2的氧化硫能力研究》一文中研究指出AMDY2-9-2由安徽铜陵酸性矿水样品中分离纯化得到。安徽铜陵废矿区环境具有含铁硫化矿物,重金属含量高,pH低等特征,酸性矿区环境形成的原因一方面源自于含硫化物化学反应,另一方面可能源自于矿区微生物群落氧化硫产生的S042-等酸性硫化物。因此,为了研究硫氧化微生物在酸性环境形成中的作用,本实验以AMDY2-9-2为研究对象,利用细菌全基因组技术,重点研究AMDY2-9-2的硫氧化能力。在通过De novo全基因组技术获得AMDY2-9-2全部基因后,利用现有通用数据库,对基因进行注释,由此可获得AMDY2-9-2硫氧化基因及其可能的硫氧化通路;此外,通过比较基因组的手段,将AMDY2-9-2基因与典型硫氧化菌株做共线性,基因家族等信息分析,获得AMDY2-9-2硫氧化基因可能的定位,作用方式及进化等信息,为深入的实验研究指明方向。根据AMDY2-9-2全基因组的结果,通过在其培养环境中添加不同浓度,不同粒径的单质硫以研究其对单质硫的氧化情况,此外,通过改变AMDY2-9-2与单质硫的接触方式以及培养环境中电子受体,研究其氧化单质硫的方式以及硫氧化功能蛋白的作用途径。通过这一系列针对AMDY2-9-2硫氧化能力的研究,旨在发现其氧化硫的方式及关键环节。希望通过后期人为干预的方式减缓其硫氧化进程,以此达到缓解及治理矿区环境酸化现象。在经GOG,GO及KEGG数据库注释及比较基因组的生物信息分析后,AMDY2-9-2基因数据显示出了其独立的硫氧化基因体系,但并未显示出独立的铁还原基因体系;与铁代谢有关的基因多以铁硫簇的形式存在。这就表明,AMDY2-9-2的铁还原功能与硫代谢功能可能是偶联的。此外,AMDY2-9-2中编码铁硫代谢过程的基因同时也编码其他生理过程,如氨基酸代谢,碳循环等,因此,在菌株存在的环境中所发现的如SO42-,Fe2+等指征硫氧化及铁还原的标记物,并不完全意味着AMDY2-9-2即具有硫氧化-还原铁偶联能力,因这些物质亦有可能是其他生理过程的中间产物。因此,只有结合了基因水平的实验结果与理化实验结果,才可最终确认AMDY2-9-2的铁硫代谢功能。在生理生化实验部分,我们以菌体生长量,pH,Eh,SO42-以及Fe2+浓度来表征和衡量单质硫的氧化程度及单质硫氧化-铁还原的偶联程度。研究结果显示,当培养基中单质硫添加量小于等于6g/L时,AMDY2-9-2对单质硫的氧化能力与单质硫添加量呈正相关;当添加同样浓度的单质硫时,所添加的单质硫粒径越小,AMDY2-9-2对单质硫的氧化程度越高。研究AMDY2-9-2氧化单质硫的作用方式的实验结果表明,AMDY2-9-2氧化单质硫时,AMDY2-9-2必须与单质硫有直接或间接的接触,并且只有在菌体完整且具有生物活性的条件下才能参与单质硫的氧化过程;此外,在硫氧化过程中,氧和Fe3+这两种电子受体可同作为电子受体而参与到单质硫的氧化过程,但相比于Fe3+,氧是AMDY2-9-2氧化单质硫的更高效电子受体;该实验结果说明,在缺乏氧受体的情况下,Fe3+是能够作为代替的电子受体参与硫氧化过程,换言之,在乏氧情况下,AMDY2-9-2具有硫氧化-铁还原偶联功能。(本文来源于《南京大学》期刊2019-05-01）
王晓霞[9]（2019）在《青藏高原藏羚羊粪便中两个细菌新种的分类鉴定和基因组分析》一文中研究指出目的许多野生动物是重要人类传染病病原体的自然宿主,尤其是分布在高原和热带等特殊环境和气候条件的野生动物,可能携带和传播已知和未知病原体。这些病原体一旦接触并感染人类,可能引起新发传染病,造成重大公共卫生事件。青藏高原藏羚羊粪便标本中含有大量的细菌新种和未培养的细菌类群,本课题利用培养组学的思路设计培养方案,对藏羚羊粪便标本中含有的未知细菌和病原体进行分离和鉴定,这有助于扩宽我们对青藏高原野生动物粪便(肠道)菌群多样性的研究,还为应对、预防控制未来可能发生的新传染病提供科学依据。方法(1)借鉴培养组学的方法,通过多组合方式设计72种培养条件对2014年5月13至15日采集于青海可可西里国家级自然保护区的104份藏羚羊粪便进行细菌分离培养。根据菌落形态多样性原则(菌落颜色,大小,质地,边缘状况等)进行单菌落的挑取和传代纯化。细菌分离株基因组核酸制备后,扩增16S rRNA基因和进行序列测定。通过GeneBank和EzTaxon数据库对获得的菌株16S rRNA基因序列进行比对,完成菌株初步鉴定。根据以上结果,按照菌株多样性原则进行菌株甘油管的长期保存。(2)根据菌株初步鉴定结果,对所分离的菌株进行菌群多样性分析。(3)对于疑似细菌新种,完成分类学鉴定和基因组分析,包括:针对不同菌属特点开展的表型、生理生化和细胞壁化学分类特征实验、系统进化分析、毒力基因等基因组分析。并完成细菌新种的命名和模式菌株在中国和德国两个国际菌种保藏中心保藏。结果(1)本研究从青藏高原可可西里自然保护区的藏羚羊粪便样本中成功鉴定976株菌,分布于3个细菌门,5个细菌纲,16个细菌目,30个细菌科,60个菌属和117个菌种。优势菌属为节杆菌属、类芽孢杆菌属、肠球菌属和芽孢杆菌属。其中67株菌为疑似细菌新种,可分为21个菌种,14个菌属,有28株菌为可能具有医学意义的菌株,可分为6个菌种,4个菌属,包括链球菌属,分枝杆菌属,红球菌属和玫瑰单胞菌属。目前已完成类诺卡氏菌属和副芽孢杆菌属两个细菌新种鉴定和命名研究。(2)综合分子生物学、形态学、生理生化特征分析、系统进化分析和基因组分析结果,支持将菌株78~T和601划分为类诺卡氏菌属的一个细菌新种,命名为侯云德类诺卡氏菌(Nocardioides houyundeii sp.nov.),模式菌株为78~T(=CGMCC 4.7461~T=DSM 106424~T)。两株革兰氏阳性,不规则杆状菌株78~T和601,在BHI-5%脱纤维羊血培养基上,菌落呈奶油色,圆形,光滑和凸起。基于全长16S rRNA基因序列的系统发育分析结果表明,菌株78~T和601的分类学地位属于类诺卡氏菌属,与Nocardioides solisilvae JCM 31492~T(98.3%),Nocardioides gilvus XZ17~T(97.4%)和Nocardioides daejeonensis JCM 16922~T(97.4%)具有最高的相似性,菌株78~T和601的16S rRNA基因序列相似性为99.7%。菌株78~T和601间,基因组的平均核苷酸相似性为98.9%(远高于原核生物物种界限值划分阈值),与邻近参考菌株之间的平均核苷酸相似性低于95-96%原核生物物种界限值划分阈值。菌株78~T和601染色体的DNA G+C含量分别为71.2 mol%和71.3mol%。MK-8(H4)是主要的呼吸醌;左旋2,6二氨基庚二酸是其细胞壁肽聚糖中的诊断性氨基酸;极性脂质含有二磷脂酰甘油,磷脂酰甘油,磷脂酰肌醇,一个未知的磷脂和和一个未知的脂质;主要脂肪酸(>10%)是C_(17:1)ω8c,iso-C_(16:0)和C_(18:1)ω9c。(3)综合分子生物学、形态学、生理生化特征分析、系统进化分析和基因组分析结果,支持将菌株X-1125~T和X-1174划分为副芽孢杆菌属的一个新种,命名为曾毅副芽孢杆菌(Paraliobacillus zengyii sp.nov.),模式菌株为X-1125~T(=DSM 107811~T=CGMCC 1.16464~T)。菌株X-1125~T和X-1174是革兰氏阳性杆状菌,具有轻微嗜盐和极度耐盐特点。兼性厌氧,以周围鞭毛运动。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析结果表明,菌株X-1125~T和X-1174的分类学地位属于副芽孢杆菌属,与Paraliobacillus sediminis KCTC 33762~T(98.4%),Paraliobacillus quinghaiensis CGMCC 1.6333~T(96.9%)和Paraliobacillus ryukyuensis NBRC 100001~T(95.9%)具有较高相似性,菌株X-1125~T和X-1174的16S rRNA基因序列相似性为99.7%。菌株X-1125~T和X-1174间的DNA-DNA杂交值为97.8%(远高于原核生物物种界限值划分阈值),与邻近参考菌株之间的DNA-DNA杂交值低于70%原核生物物种界限值划分阈值。菌株X-1125~T和X-1174的染色体DNA G+C含量分别为35.2 mol%和35.1mol%。极性脂质包括二磷脂酰甘油,两个未知的磷脂和和四个未知的脂质;MK-7是主要的呼吸醌;细胞壁含有丙氨酸,甘氨酸,谷氨酸和内消旋2,6-二氨基庚二酸;主要脂肪酸(>9%)是anteiso-C_(15:0),anteiso-C_(17:0)和C_(16:1)ω11c。(4)对模式菌株78~T和X-1125~T进行基因组组分和功能分析,菌株78~T和X-1125~T基因组大小分别为3,840,802 bp,3,728,451 bp,分别有3,437个和3,470个编码基因。通过与COG和KEGG数据库比对进行功能聚类分析,发现菌株78~T和X-1125~T大多基因与菌株代谢相关(包括氨基酸,碳水化合物,核苷酸和脂类的转运和代谢等)。NR数据库注释结果支持菌株78~T和X-1125~T分别划分为类诺卡氏菌属和副芽孢杆菌属。基于副芽孢杆菌属的轻微嗜盐和极度耐盐特点,通过基因组分析发现mrp基因簇,可能编码Na~+/H~+逆向转运蛋白,并在盐耐受性和pH稳态中起主要作用。此外通过PHI和VFDB数据库对基因组致病性分析,发现菌株78~T基因组中有12个基因与结核分枝杆菌双组分信号转导系统相关,对细菌的毒力和生长有重要作用,此外还发现25个毒力相关基因;菌株X-1125~T基因组中也发现24个毒力相关基因。相关毒力因子功能和该菌株致病性仍有待进一步研究。结论1.本研究从青藏高原可可西里自然保护区的藏羚羊粪便样本中成功鉴定976株菌,隶属于3个细菌门,5个细菌纲,16个细菌目,30个细菌科,60个菌属和117个菌种。有67株菌为疑似细菌新种,其中有28株菌可能具有医学意义。2.完成四株疑似新种鉴定工作,菌株78~T和601鉴定为类诺卡氏菌属的一个细菌新种,命名为侯云德类诺卡氏菌(Nocardioides houyundeii sp.nov.),模式菌株为78~T(=CGMCC 4.7461~T=DSM 106424~T)。菌株X-1125~T和X-1174鉴定为副芽孢杆菌属的一个新种,命名为曾毅副芽孢杆菌(Paraliobacillus zengyii sp.nov.),模式菌株为X-1125~T(=DSM 107811~T=CGMCC 1.16464~T)。菌株78~T和X-1125~T基因组分析发现多个基因与宿主间相互作用相关和毒力相关基因,相关毒力因子功能和该菌株致病性仍有待进一步研究。(本文来源于《广西医科大学》期刊2019-05-01）
王晓娟[10]（2019）在《脑脊液宏基因组二代测序在临床高度疑诊成人细菌性脑膜炎患者中的微生物鉴定》一文中研究指出背景与目的:细菌性脑膜炎(bacterial meningitis,BM)是由各种细菌侵犯中枢神经系统所致的急性或慢性炎症性疾病,具有较高的发病率、病死率和致残率,近年来随着疫苗的使用及细菌耐药性的变化等,感染性疾病的疾病谱发生了一系列的变化,BM发病率呈逐渐上升趋势。临床传统检测方法多为外周血或脑脊液(cerebrospinal fluid,CSF)病原菌的分离、培养、鉴定,但操作强度大、检测时间长、阳性发现率低。分子诊断学方法可以提高脑脊液病原检出率,但目前临床应用较少。本研究的目的:(1)探讨宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在成人BM诊断中的潜在应用价值;(2)考察mNGS技术相较于传统临床病原检测方法、脑脊液综合病原证据在BM病原学诊断上的优势。方法:(1)研究对象:本研究为回顾性病例分析研究,收集2017年3月至2019年3月在河南省人民医院神经内科住院治疗并高度疑诊为BM的20例患者的临床资料。详细记录每位患者的病史、体征、实验室及辅助检查结果。(2)诊断标准:临床存在脑膜炎/脑炎症状、体征,脑脊液常规细胞数≥500×10~6/L,有或无血及CSF病原证据。(3)研究方法:收集2~3 ml CSF,离体30 min内低温保存(-80℃),取300μL CSF进行脱氧核糖核酸提取,提取后的核酸用超声破碎至200-300 bp大小的基因片段,去除测序接头序列以及引物序列并过滤低质量值数据后,进行环化扩增复制(RCA)生成DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB),将制备好的DNB加载到芯片上,使用BGISEQ-500进行测序,去除人参考基因组序列的宿主信息干扰后,剩下的数据与专用的微生物大数据库比对。数据分析:统计学分析采用SPSS22.0软件,计数资料采用“例数”和“率”表示。计算在各方法在BM诊断中的灵敏度和特异度。配对样本间诊断方法的比较采用McNemar检验;P<0.05时为差异有统计学意义。结果:1.20例临床高度疑诊BM的患者中,2例患者血液中检出单核增生性李斯特菌、1例患者脑脊液培养出肺炎克雷伯杆菌、2例患者脑脊液脑脊液Xpert MTB/RIF检测到结核分枝杆菌复合群;20例BM患者均进行脑脊液mNGS检测,以脑脊液mNGS细菌界序列数>1为条件,排除背景序列后,8例患者有阳性发现;2.以临床高度疑诊为金标准,即脑脊液细胞数≥500×10~6/L,脑脊液培养的敏感度为5%(1/20),脑脊液综合病原证据的敏感度为15%(3/20),传统临床病原检测方法的敏感度为25%(5/20),mNGS敏感度为40%(8/20)。3.用McNemar检验对20例临床高度疑诊BM患者mNGS与临床总体病原学比较,两者差异无统计学意义(McNemar检验,P=0.375>0.05),尚不能认为两种实验结果的阳性率不同;4.用McNemar检验对20例临床高度疑诊BM患者的脑脊液mNGS结果与临床脑脊液病原学证据检测的结果比较,两者差异无统计学意义(McNemar检验,P=0.219>0.05),尚不能认为两种实验结果的阳性率不同。结论:CSF常规细胞数≥500×10~6/L时,考虑到样本量有限,目前尚不能认为mNGS方法的应用能够提高脑脊液病原检出率,需要进一步扩大样本量。(本文来源于《郑州大学》期刊2019-05-01）
细菌基因组论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
伦敦郊外贾森·秦(Jason Chin)的实验室里,一些细菌在撒有营养液体培养基的塑料小盘子里欢快地吃着、繁殖着、呼吸着,看上去很普通,但它们与地球上的其他任何生物——从真菌、鳄梨到郁金香、知更鸟和大象——都有着本质的不同,它们是用不同的遗传密码人工合成的微生物。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
细菌基因组论文参考文献
[1].唐庆华,覃伟权,于少帅,宋薇薇,余凤玉.槟榔细菌性叶斑病菌全基因组测序及比较基因组学分析[C].中国植物保护学会2019年学术年会论文集.2019
[2].秦雪.生命新诠释:重新编码细菌基因组[J].世界科学.2019
[3].何忠勤.杧果细菌性干枯病病原菌分离鉴定及全基因组测序分析[D].广东海洋大学.2019
[4].谷美,刘慧敏,孟璐,董蕾,邢萌茹.全基因组测序技术在细菌耐药性检测中的研究进展[J].中国乳品工业.2019
[5].祝友朋,刘宏莉,韩长志.基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析[J].南京林业大学学报(自然科学版).2019
[6].高权新,李云莉,齐占会,岳彦峰,施兆鸿.基于宏基因组学的中国沿海密集养殖水域秋季底质细菌多样性研究[J].海洋渔业.2019
[7].Seyed,Ali,Mirghasempour,k..水稻细菌性穗枯病病原鉴定及颖壳伯克氏菌（Burkholderiaglumae）基因组甲基化研究[D].中国农业科学院.2019
[8].闵婕.基于细菌全基因组技术对AMDY2-9-2的氧化硫能力研究[D].南京大学.2019
[9].王晓霞.青藏高原藏羚羊粪便中两个细菌新种的分类鉴定和基因组分析[D].广西医科大学.2019
[10].王晓娟.脑脊液宏基因组二代测序在临床高度疑诊成人细菌性脑膜炎患者中的微生物鉴定[D].郑州大学.2019
标签：槟榔细菌性叶斑病; 须芒草伯克霍尔德氏菌; 全基因组;