导读:本文包含了未培养细菌论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:敦煌地区,高通量测序,细菌种群,系统发育分析
未培养细菌论文文献综述
龙洋[1]（2017）在《敦煌地区不同盐碱类型土壤中未培养细菌多样性研究》一文中研究指出本研究利用分子生态学方法,应用Illumina Hi Seq 2500高通量测序技术和构建土壤细菌16S r RNA基因克隆文库的方法来分析敦煌地区不同类型盐碱土壤中细菌多样性、群落结构及其与土壤理化性质之间的关系,从而揭示敦煌地区不同类型盐碱土壤中细菌群落组成的多样性。主要研究结果有:(1)高通量测序技术对14个土壤样品优化后的序列进行划分共得到4997个OTUs。主要分归于厚壁菌门(Firmicutes),放线菌门(Actinobacteria),变形菌门(Proteobacteria),Deinococcus-Thermus,拟杆菌门(Bacteroidetes),芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),绿弯菌门(Chloroflexi),酸杆菌门(Acidobacteria),浮霉菌门(Planctomycetes),纤维杆菌门(Fibrobacteres)等17个菌门以及未知类群。克隆文库构建的9个土壤样品中共得到厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)这6个菌门以及未知类群。在所有土壤样品中优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)。(2)高通量测序技术共发现266个属(包括所占比例小的菌属和未知菌属)。叁类土壤样品中的优势菌属均为肠球菌属(Enterococcus);通过构建土壤细菌16S r RNA基因克隆文库发现,戈壁土壤和绿洲土壤样品中肠球菌科(Enterococcaceae)为优势类群,过渡带土壤样品中假单胞菌科(Pseudomonadaceae)为优势类群。(3)对叁类土壤样品的多样性指数研究表明,绿洲土样的细菌群落多样性和丰富度高,戈壁土样的细菌群落多样性和丰富度低。(4)环境因子中p H值、速效钾、速效氮、有效磷和土壤电导率对细菌群落组成影响大,其中土壤p H值和电导率对细菌群落的影响明显。酸杆菌门、Candidate_division_TM7和绿菌门与土壤p H呈显着负相关。酸杆菌门与土壤电导率成极显着负相关。放线菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、Candidate_division_TM7、绿菌门和蓝藻细菌与土壤电导率呈显着负相关。仅有厚壁菌门与土壤电导率呈显着正相关。(5)厚壁菌门广泛分布在叁类土壤样品中,其中存在于戈壁土样中的丰度最高。特别的是随着土壤电导率的增加,厚壁菌门的丰度增加。(6)高通量测序的14个土壤样品的序列分隶属于细菌类群的17个门和未知类群,构建土壤细菌16S r RNA基因克隆文库的9个土壤样品中发现6个细菌门类,这6个门类在高通量测序的结果中都可以得到。通过研究可以发现敦煌地区含有大量的未知细菌类群,细菌资源丰富。(本文来源于《西北师范大学》期刊2017-05-01）
胡婷婷[2]（2007）在《未培养细菌β-葡萄糖苷酶基因的克隆、表达及酶学性质的初步研究》一文中研究指出β—葡萄糖苷酶是纤维素酶系中的一种，是纤维素降解的限速酶。因此，通过构建基因工程菌以促进β—葡萄糖苷酶的表达，是实现纤维素高效降解的有用途径。构建未培养细菌的宏基因组文库是新兴的筛选新型基因的有效方法。在本研究中，我们采用β—葡萄糖苷酶活性筛选策略，从未培养碱性污染物宏基因组AL01文库中筛选到3个编号分别为pGXAG142、pGXAG313和pGXAG805的阳性克隆。对它们进行DNA测序后进行了生物信息学分析。结果显示，这3个克隆的外源片段分别包含有783 bp、510 bp和1443bp的ORF，分别编码281、170、481个氨基酸组成的蛋白质，pI／Mw分别为4.88／29079.25kDa、6.28／18513.32 kDa、5.16／57383.4 kDa。BLAST软件分析这3个基因与现有数据库中的β—葡萄糖苷酶基因没有任何DNA或者氨基酸水平的同源性，可能是新型的β—葡萄糖苷酶编码基因。PCR扩增这3个基因的ORF后将它们分别亚克隆到表达载体pETBlue-2上，然后转化至E．Coli Rosetta(DE3)plysS，平板酶活检测显示它们仍能降解底物，说明均携带了正确的读码框架。我们以大肠杆菌表达菌株pGXAG142G／Rosetta(DE3)plysS的表达蛋白Bglg142为主要研究对象，对其进行了酶学性质的初步研究，发现该酶的最适pH为5.5-8.0，最佳作用温度为50℃，Km值为0.238 mmol·L~(-1)，Vmax为10.6 U·min~(-1)，最适条件下酶活为24.8 U·ml~(1)。K~+、Mg~(2+)、Zn~(2+)对酶反应有激活作用，Ca~(2+)、Co~(2+)、Cu~(2+)、Ba~(2+)则抑制酶活。HPLC产物分析结果确证Bglg142编码蛋白为β—葡萄糖苷酶。本研究所阐述的3个新型β—葡萄糖苷酶是采用未培养方法获取的，为该方法发现新基因的有效性提供了又一个有力的依据。(本文来源于《广西大学》期刊2007-06-01）
张鹏,段承杰,庞浩,封毅,靳振江[3]（2005）在《堆肥未培养细菌的宏基因组文库构建及新的木聚糖酶基因的克隆和鉴定》一文中研究指出从自制堆肥样品中提取未培养细菌的总DNA,用柯斯质粒pW EB∷TNC为载体构建宏基因组文库,对文库进行筛选获得表达木聚糖酶活性的克隆,再进行亚克隆、测序分析以及B lastx搜索G enB ank分析木聚糖酶基因。结果构建得到一个包含约5万个克隆的宏基因组文库,文库中外源DNA总容量约为1.8×106kb,获得2个表达木聚糖酶活性的克隆:pGXN 1050和pGXN 1051,鉴定分析表明:pGXN 1050上潜在的木聚糖酶基因um xyn 11A具1个771bp的ORF(Open R ead ing F ram e),可编码含257个氨基酸的蛋白质,所编码产物与混合纤维弧菌(C ellv ibr io m ix tus)的内切-1,4-β-木聚糖酶(G enB ank索引号Z48925.1)的氨基酸序列有46%的一致性和57%的相似性;pGXN 1051上潜在的木聚糖酶基因um xyn 11B具一个723bp的ORF,可编码含241个氨基酸的蛋白质,编码产物与混合纤维弧菌的内切-1,4-β-木聚糖酶(G enB ank索引号Z48925.1)的氨基酸序列有73%的一致性和80%的相似性。木聚糖酶Um xyn11A和Um xyn11B都属于糖基水解酶家族11的成员。(本文来源于《广西科学》期刊2005年04期）
赵广存,段承杰,庞浩,封毅,许跃强[4]（2005）在《牛瘤胃未培养细菌中一个β-葡萄糖苷酶基因umbgl3A的克隆及鉴定》一文中研究指出通过构建牛瘤胃未培养细菌的宏基因组文库,共获得12000个克隆,文库外源DNA总容量为4.2×108bp,筛选得到九个表达β-葡萄糖苷酶活性的克隆,并对其中的一个表达β-葡萄糖苷酶活性的克隆pGXN1009进行亚克隆,将β-葡萄糖苷酶基因定位在4.3kb的片段上。测序结果表明在4.3kb的片段上有一个全长为1956bp的ORF,编码一个可能的β-葡萄糖苷酶基因um-bgl3A,其编码产物与一个来源于小鼠大肠未培养细菌的β-葡萄糖苷酶(GenBankAcessionNO:AAX16378.1)一致性为63%、相似性为79%;与哈氏噬纤维菌(Cytophagahutchinsonii)的β-葡萄糖苷酶(GenBankAcessionNO:ZP-00308419)的一致性为50%、相似性为67%。利用SMART软件对Umbgl3A结构组件预测表明,Umbgl3A包含一个家族3糖基水解酶(glycosylhydrolase)功能域和一个家族3C糖基水解酶功能域。遗传进化分析表明umbgl3A基因可能是来自牛瘤胃微生物噬纤维菌属未培养的一个种。(本文来源于《西南农业学报》期刊2005年04期）
未培养细菌论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
β—葡萄糖苷酶是纤维素酶系中的一种，是纤维素降解的限速酶。因此，通过构建基因工程菌以促进β—葡萄糖苷酶的表达，是实现纤维素高效降解的有用途径。构建未培养细菌的宏基因组文库是新兴的筛选新型基因的有效方法。在本研究中，我们采用β—葡萄糖苷酶活性筛选策略，从未培养碱性污染物宏基因组AL01文库中筛选到3个编号分别为pGXAG142、pGXAG313和pGXAG805的阳性克隆。对它们进行DNA测序后进行了生物信息学分析。结果显示，这3个克隆的外源片段分别包含有783 bp、510 bp和1443bp的ORF，分别编码281、170、481个氨基酸组成的蛋白质，pI／Mw分别为4.88／29079.25kDa、6.28／18513.32 kDa、5.16／57383.4 kDa。BLAST软件分析这3个基因与现有数据库中的β—葡萄糖苷酶基因没有任何DNA或者氨基酸水平的同源性，可能是新型的β—葡萄糖苷酶编码基因。PCR扩增这3个基因的ORF后将它们分别亚克隆到表达载体pETBlue-2上，然后转化至E．Coli Rosetta(DE3)plysS，平板酶活检测显示它们仍能降解底物，说明均携带了正确的读码框架。我们以大肠杆菌表达菌株pGXAG142G／Rosetta(DE3)plysS的表达蛋白Bglg142为主要研究对象，对其进行了酶学性质的初步研究，发现该酶的最适pH为5.5-8.0，最佳作用温度为50℃，Km值为0.238 mmol·L~(-1)，Vmax为10.6 U·min~(-1)，最适条件下酶活为24.8 U·ml~(1)。K~+、Mg~(2+)、Zn~(2+)对酶反应有激活作用，Ca~(2+)、Co~(2+)、Cu~(2+)、Ba~(2+)则抑制酶活。HPLC产物分析结果确证Bglg142编码蛋白为β—葡萄糖苷酶。本研究所阐述的3个新型β—葡萄糖苷酶是采用未培养方法获取的，为该方法发现新基因的有效性提供了又一个有力的依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
未培养细菌论文参考文献
[1].龙洋.敦煌地区不同盐碱类型土壤中未培养细菌多样性研究[D].西北师范大学.2017
[2].胡婷婷.未培养细菌β-葡萄糖苷酶基因的克隆、表达及酶学性质的初步研究[D].广西大学.2007
[3].张鹏,段承杰,庞浩,封毅,靳振江.堆肥未培养细菌的宏基因组文库构建及新的木聚糖酶基因的克隆和鉴定[J].广西科学.2005
[4].赵广存,段承杰,庞浩,封毅,许跃强.牛瘤胃未培养细菌中一个β-葡萄糖苷酶基因umbgl3A的克隆及鉴定[J].西南农业学报.2005