部分鸭种线粒体D-环部分序列多态性与系统发育关系研究

部分鸭种线粒体D-环部分序列多态性与系统发育关系研究

论文摘要

本试验采用Sanger双脱氧链终止法测定了我国浙江省4个家鸭品种(类群),1个野鸭品种及1个番鸭品种共106个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)部分序列,分析结果表明:浙江4个家鸭品种共60个个体mtDNA D—环部分序列(523bp)T、C、A、G的平均含量分别为:25.1%、35.0%、23.5%、16.5%;共检测到12个变异位点,约占总位点的2.29%;其中单一多态位点(Singleton polymorphic Sites)8个,占1.53%;简约信息位点(Parsimony informatire polymorphic sites)4个,占0.76%。共检测到两种变异类型,即转换、颠换,其中转换10次,颠换2次,分别占总变异位点的83.3%、16.7%。各品种内核苷酸多样度分别为0.408%、0.193%、0.098%、0.372%。说明这四个品种内核苷酸多样度不丰富。试验共检测到12种单倍型,平均单倍型多样度较高(0.769±0.035),说明浙江家鸭核苷酸单倍型类型较丰富。但总体来说,浙江家鸭的遗传多样性较低。本试验测定了西湖野鸭31个个体mtDN D—环部分序列,共检测到4种单倍型(Haplotype),单倍型多样度为0.424±0.095,核苷酸多样度为0.00478±0.00342,表明西湖野鸭的单倍型类型和核苷酸多样度并不丰富。结合Genbank中已报道的绿头野鸭序列计算品种间遗传距离,结果表明:西湖野鸭和浙江家鸭与绿头野鸭单倍型B之间的遗传距离最大,分别为0.030±0.007,0.032±0.007;西湖野鸭和浙江家鸭间的遗传距离最小,为0.004±0.007。从系统发生树中可以看出绿头野鸭和斑嘴鸭主要分为两个进化支A和B,而西湖野鸭和浙江地方品种家鸭的16种单倍型则全位于分支A中,表明家鸭起源单一。本试验测定了浙江番鸭15个个体mtDNA D—loop区部分序列,T、C、A、G的平均含量分别为:24.3%、33.5%、25.1%和17.1%。试验共检测到7个变异位点,6种单倍型,单倍型多样度为0.790±0.079,说明番鸭单倍型比较丰富,但核苷酸多样度并不丰富。结合已报道的鸭科河鸭属(10个个体)、狭嘴潜鸭属(1个个体)和鸳鸯属(2个个体)mtDNA D-loop序列计算四个属间的遗传距离,并构建番鸭线粒体D环序列分子系统树。结果表明,番鸭与鸳鸯属、河鸭属、狭嘴潜鸭属的遗传距离较近,分别为0.089±0.013、0.095±0.013、0.111±0.016。在系统分支中,番鸭也是先与鸳鸯属聚为一支,再与狭嘴潜鸭属和河鸭属聚在一起。这说明从遗传距离来看,番鸭与鸳鸯属的鸭亲缘关系最近。

论文目录

  • 中文摘要
  • Abstract
  • 1.前言
  • 2.文献综述
  • 2.1 遗传多样性
  • 2.1.1 遗传多样性及其研究意义
  • 2.1.2 遗传多样性研究中的分子方法
  • 2.1.3 DNA序列分析的基本数学模型
  • 2.2 鸟类mtDNA的遗传多样性
  • 2.2.1 鸟类mtDNA的基因组结构
  • 2.2.2 动物mtDNA基因组遗传特征
  • 2.2.3 线粒体DNA在遗传多样性研究中的应用
  • 2.3 目前对鸭mtDNA遗传多样性的研究状况
  • 2.4 本试验研究的目的和意义
  • 3.材料和方法
  • 3.1 材料来源
  • 3.2 主要使用的仪器
  • 3.3 主要试剂
  • 3.4 试验方法
  • 3.4.1 mtDNA的提取
  • 3.4.2 全基因组DNA的检测
  • 3.4.3 目的DNA片段的扩增
  • 3.4.4 DNA扩增产物的电泳检测
  • 3.4.5 PCR产物的回收纯化
  • 3.4.6 克隆
  • 3.4.7 D—环全序列测定
  • 3.5 数据处理
  • 4.结果分析
  • 4.1 D—环部分序列的扩增电泳图谱和测序图谱
  • 4.1.1 D—环部分序列的扩增电泳图谱
  • 4.1.2 D—环部分序列的测序图谱
  • 4.2 浙江部分家鸭mtDNA D—环区遗传多样性分析
  • 4.2.1 浙江部分家鸭mtDNA D—环区遗传多态性
  • 4.2.2 浙江部分家鸭mtDNA D—环区遗传结构
  • 4.2.3 浙江部分家鸭品种间的遗传距离
  • 4.3 西湖野鸭mtDNA D—环区遗传多样性及系统发育分析
  • 4.3.1 西湖野鸭mtDNA D—环区遗传多样性
  • 4.3.2 西湖野鸭线粒体D—loop系统发生树
  • 4.3.3 西湖野鸭和家鸭的Network系统发育图
  • 4.4 浙江番鸭mtDNA D—环区遗传多样性及系统发育分析
  • 4.4.1 番鸭线粒体D—loop遗传多样性
  • 4.4.2 番鸭线粒体D—loop系统发生树
  • 5.讨论
  • 5.1 浙江家鸭品种的mtDNA D—环区遗传结构及其多态性
  • 5.2 浙江家鸭与西湖野鸭各品种间的遗传分化
  • 5.3 番鸭的系统发育关系
  • 6.结论
  • 主要参考文献
  • 致谢
  • 附录
  • 攻读学位期间发表论文情况
  • 相关论文文献

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