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猪H2A.Z、DAZL基因分离鉴定及遗传效应分析

2020-12-02阅读(191)

猪H2A.Z、DAZL基因分离鉴定及遗传效应分析

论文摘要

根据基因生理生化功能、猪繁殖性状QTL定位结果和猪-人比较图谱,选取H2A.Z基因和DAZL基因作为影响猪繁殖性状的候选基因。应用比较基因组学和生物信息学等方法进行候选基因的分离鉴定;采用RT-PCR进行部分基因的组织表达研究;利用直接测序法对所分离片段进行多态性检测;以大白猪（322头,438窝）、中国瘦肉猪新品系DIV母猪（210头,409窝）和大梅F2资源家系青年母猪（105头）为试验材料,进行基因多态性与猪繁殖性状的关联分析。研究结果如下:1.H2A.Z基因:（1）获得猪H2A.Z基因932bp的cDNA序列,其中包括387bp的编码区序列,185bp的5’UTR序列和360bp的3’UTR序列;获得932bp的基因组序列,其中包括完整的intron2、3、4。（2）对所获得序列进行多态性检测,在第二内含子发现一个连续4bp的缺失:建立了第2内含子的PCR-Bsu15I-RFLP分型技术。（3）遗传标记与繁殖性状的关联分析结果表明:Bsu15I多态位点与初产DIV系猪的NBA（P＜0.05）显著相关,基因加性效应显著（P＜0.05）;与大白猪的所有胎次的NBA（P＜0.01）极显著相关,基因加性效应显著（P＜0.05）。2.DAZL基因:（1）获得猪DAZL基因2805bp的cDNA序列,其中包括887bp的编码区序列和1917bp的3’UTR序列;获得DAZL基因的部分基因组序列,其中包括内含子2,3,4,5,6,7,8,9的序列。（2）对所获得序列进行SNP检测,建立了DAZL基因第7内含子385bp处的PCR-MspⅠ-RFLP分型技术和第九内含子167bp处的PCR-TaqⅠ-RFLP分型技术。（3）遗传标记与繁殖性状的关联分析结果表明:TaqⅠ多态位点与大白猪所有胎次产活仔数显著相关（P＜0.05）;与DIV猪的头胎产活仔数显著相关（P=0.06）。（4）构建了DAZL—PGEX—kg重组载体,并在大肠杆菌表达系统中进行了诱导表达;诱导表达的蛋白经过PAGE凝胶检测,结果表明:DAZL—PGEX—kg重组载体所表达的蛋白分子量与预测结果相一致。上述研究结果显示:H2A.Z基因Bsu15I;DAZL基因TaqⅠ多态位点可作为猪产仔数的分子遗传标记。对上述基因的分离、鉴定、多态性及表达调控研究有助于我们更深地了解基因的生物学功能,为揭示猪产仔数分子机理和标记辅助选择的实施提供理论依据。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 主要性状的中英文对照和英文缩写
  • 第一章 文献综述
  • 1 前言
  • 2 寻找主基因的方法
  • 2.1 基因组扫描法
  • 2.2 候选基因法
  • 3 猪繁殖性状的QTL研究进展
  • 3.1 排卵率
  • 3.2 产仔数
  • 3.3 初情期
  • 3.4 妊娠期
  • 3.5 子宫长度
  • 3.6 卵巢重
  • 4 猪繁殖性状的候选基因研究进展
  • 4.1 雌激素受体基因
  • 4.2 促卵泡激素β亚基基因
  • 4.3 视黄酸受体γ亚基和视黄醇结合蛋白4基因
  • 4.4 催乳素受体基因
  • 4.5 骨桥蛋白位点
  • 4.6 其它与繁殖性状相关的候选基因
  • 5 拟分离基因的研究进展
  • 5.1 H2A.Z（H2A histone family,member Z）基因
  • 5.2 DAZL（Deleted in AZoospermia Like）基因
  • 第二章 目的和意义
  • 第三章 材料与方法
  • 1 试验材料
  • 1.1 试验样品
  • 1.2 主要仪器和设备
  • 1.3 主要试剂及溶液
  • 2 试验方法
  • 2.1 基因组DNA的提取
  • 2.2 总RNA的提取
  • 2.3 候选基因引物的设计与合成
  • 2.4 候选基因片段的扩增
  • 2.5 候选基因的克隆及序列分析
  • 2.6 候选基因多态性分析
  • 2.7 数据处理分析
  • 2.8 候选基因组织表达谱分析
  • 第四章 结果与分析
  • 1 猪基因组DNA以及总RNA的提取与质量检测结果
  • 2 猪H2A.Z基因
  • 2.1 猪H2A.Z基因编码区序列克隆及序列分析
  • 2.2 猪H2A.Z基因部分基因组序列克隆及序列分析
  • 2.3 猪H2A.Z基因多态性检测
  • 2.4 猪H2A.Z基因Bsul5I多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析
  • 3 猪DAZL基因
  • 3.1 猪DAZL基因编码区序列克隆及序列分析
  • 3.2 猪DAZL基因部分基因组序列克隆及序列分析
  • 3.3 猪DAZL基因多态性检测
  • 3.4 猪DAZL基因多态位点与猪繁殖性状的关联分析
  • 3.5 猪DAZL基因的原核表达
  • 第五章 讨论
  • 1 关于候选基因策略
  • 2 用于扩增基因的引物序列分析
  • 3 候选基因编码区序列、启动子序列以及基因结构的分析
  • 3.1 编码区序列的分析
  • 3.2 基因组结构的分析
  • 4 候选基因预测的蛋白结构域、功能位点的分析
  • 5 候选基因多态性的研究
  • 6 候选基因的遗传效应分析
  • 6.1 H2A.Z基因遗传效应分析
  • 6.2 DAZL基因遗传效应分析
  • 7 关于RT-PCR和定量PCR
  • 8 下一步工作
  • 小结
  • 参考文献
  • 致谢
  • 附录1:DAZL基因序列（GENBANK:EU430405）
  • 附录2:H2A.Z基因序列（GENBANK:EU408324）

    • 相关论文文献

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