甜瓜属人工异源四倍体Cucumis×hytivus早期世代表型与基因表达变化研究

论文摘要

多倍体化是高等植物进化过程的重要阶段,是植物进化的主要动力之一。研究表明,异源多倍体在形成的早期可发生广泛的基因组构成和基因表达水平的变化,与此同时,异源多倍体形成早期也常表现出不同于其二倍体祖先、且不能用孟德尔定律解释的新表型,这些变化直接关系到物种的形成和稳定。分子标记及比较基因组学的发展为认识种间杂交和多倍体化进程提供了重要依据。前人研究天然异源多倍体进化过程中发生的种种变化主要是通过比较其与二倍体祖先的“候选”后代而进行的。但现有的天然异源多倍体大多数形成于成千上万年以前,基因组经历了长期的“多倍体二倍化”过程,其二倍体祖先也不断进化或已灭绝,因此很难确定它们在早期进化中发生的表型和基因表达变化的具体过程和机制。新合成的异源多倍体及一些“年轻”的异源多倍体,由于其亲缘关系明晰,为准确、深入研究多倍体基因组进化及相关机制提供了良好的模式系统。通过这种模式系统,可以精确比较亲本二倍体种与人工异源多倍体早期世代间的表型和基因表达变化特点,从而为丰富多倍体物种进化理论提供重要的例证。本研究基于实验室已合成的甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus（2n=4x=38）,比较研究了其早期世代间的形态学和细胞学变化特征、基因表达变化的特点和黄瓜por基因在异源四倍早期世代的表达和序列变化特征,探讨了异源多倍化引发以上变化的相关机制。具体如下：1.甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期世代表型变化研究研究了甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期四个自交世代S1-S4的主要形态学性状、花粉母细胞减数分裂过程中的染色体行为、雄配子发育和花粉育性的变化特征。形态学研究表明,形态学性状在世代间表现出明显的不稳定性,其中以节间长、侧枝数、叶片厚度、雄花花梗长和子房纵径的变异系数较大。伴随自交代数的增加,该异源多倍体叶片逐渐变薄,子房逐渐变短,其它性状的变化表现为无明显规律性。减数分裂行为研究结果表明,花粉母细胞减数分裂中期Ⅰ的染色体构型以二价体为主,伴随着自交代数的增加,每个花粉细胞中平均所含二价体的比例逐渐增加,单价体、多价体等非二价体比例减少,含19个二价体的细胞数增加。四分体时期主要以四分孢子形态存在,并随着自交世代的增高,四分孢子所占比例逐渐增加,多分孢子比例逐渐减少。花粉活力分析表明花粉育性伴随着自交代数的增加而逐渐提高。以上结果表明,该异源四倍体在早期进化过程中,花粉母细胞减数分裂过程中的染色体配对行为和雄配子发育正向稳定性方向进化。2.甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期世代基因表达变化特点研究以甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期世代S1和S2及其二倍体亲本为试材,利用cDNA-AFLP和reverse-Northern blot技术比较分析了C.×hytivus中基因表达变化的特点,包括频率、时间和类型。结果发现,亲本基因在异源四倍体中大多能表达,部分基因表现为差异表达。本研究共检测到36个基因的表达发生变化,占检测总基因数的3.37%,其中29个表现为沉默,7个表现为激活。上述变化可发生于S1代或S2代。对15个差异表达的片段进行了回收和测序,BLAST分析表明这些基因主要是rRNA和蛋白质编码基因。进一步的reverse-Northern blot验证了上述结果。综合cDNA-AFLP和reverse-Northern blot的分析结果将C.×hytivus中基因表达变化分为四种类型：双亲基因共沉默、栽培种基因沉默、野生种基因沉默和和基因激活表达,其中单亲基因沉默为主要类型。以上结果表明该甜瓜属异源四倍体在形成早期发生着快速的基因沉默和激活。利用cDNA-SSCP技术分析了二倍体亲本中部分同源的rpl2基因在甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期四个自交世代S1-S4中表达水平的差异。结果发现,两个部分同源的rpl2基因在异源四倍体C.×hytivus中表达水平存在差异,黄瓜rpl2基因表达水平高于野生种rpl2基因,且在世代间有一定的变化。以上结果表明异源多倍化诱发了异源多倍体中部分同源基因表达水平的变化。3.黄瓜por基因在甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期世代的表达和序列变化特征为探明不同植物por基因的分子系统发生关系,本研究利用BLAST程序分析了不同物种间por基因cDNA序列和POR蛋白质的同源性,并利用MEGA 4.0软件构建了por基因树,分析了不同por基因间亲缘关系。结果发现,不同物种在por基因cDNA序列和POR氨基酸序列具有较高的保守性,表明不同物种的POR具有相同的功能。研究还发现,同一物种内不同的por基因的cDNA序列间存在较大的差异,并存在着物种间por基因的同源性高于物种内同源性的现象。以甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期4个自交世代S1-S4及其二倍体亲本为材料,利用RT-PCR和序列比较技术研究了异源多倍化对黄瓜por基因分子进化的影响。基因表达分析表明,黄瓜por基因在异源四倍体的S1代发生了快速的沉默,从S2代起又重新表达,但在S3代和S4代,表达产物大小发生了变化。进一步的序列分析表明,单碱基置换包括2个转换和1个颠换分别发生于S1代和S3代。在S3代的转录物中发生了内含子滞留现象。以上结果表明,异源多倍化诱发了黄瓜por基因的快速沉默和突变,基因突变包括碱基置换和内含子滞留也是新合成多倍体中重复基因的进化模式。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 缩略语表
• 引言
• 上篇 文献综述
• 第一章 异源多倍体及其在作物品种遗传改良中的应用
• 摘要
• Abstract
• 1 植物异源多倍体的类型
• 2 植物异源多倍体的产生途径
• 2.1 自发产生
• 2.2 人工诱导
• 3 异源多倍体在植物品种遗传改良中的应用
• 3.1 育成植物新类型
• 3.2 克服远缘杂交障碍
• 3.3 创造远缘杂交育种的中间亲本
• 3.4 创制特殊染色体材料
• 第二章 植物异源多倍体进化中基因表达的变化
• 摘要
• Abstract
• 1 异源多倍体中基因表达变化的特点
• 1.1 基因沉默
• 1.2 基因激活
• 1.3 表达水平的变化
• 2 基因表达变化的分子机制
• 2.1 基因剂量效应调节的基因表达变化
• 2.2 改变基因表达的调控网络
• 2.3 遗传和表观遗传变化
• 3 基因表达变化的生物学意义
• 4 展望
• 第三章 甜瓜属人工异源四倍体Cucumis×hytivus早期世代基因组进化研究进展
• 摘要
• Abstract
• 1 甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus的创制
• 2 细胞遗传学特点
• 3 同工酶表达
• 4 基因组序列变化研究
• 5 胞嘧啶甲基化变化特征
• 6 展望
• 下篇 研究报告
• 第四章 甜瓜属人工异源四倍体Cucumis×hytivus早期世代表型变化研究
• 第一节 甜瓜属人工异源四倍体Cucumis×hytivus早期世代形态学性状变化
• 摘要
• Abstract
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 形态学性状观察
• 2 结果与分析
• 2.1 C.×hytivus早期世代间茎和叶片性状比较
• 2.2 C.×hytivus早期世代雌、雄花性状比较
• 3 讨论
• 4 结论
• 第二节 甜瓜属人工异源四倍体Cucumis×hytivus早期世代细胞学性状变化
• 摘要
• Abstract
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 减数分裂观察
• 1.3 花粉活力调查
• 2 结果与分析
• 2.1 C.×hytivus早期世代花粉母细胞减数分裂行为
• 2.2 花粉育性比较
• 3 讨论
• 4 结论
• 第五章 甜瓜属人工异源四倍体Cucumis×hytivus早期世代基因表达变化特点
• 第一节 甜瓜属人工异源四倍体Cucumis×hytivus早期世代基因表达变化的cDNA-AFLP分析
• 摘要
• Abstract
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 总RNA的提取和双链cDNA的合成
• 1.3 AFLP分析
• 1.4 条带的统计与分析
• 2 结果与分析
• 2.1 RNA和cDNA的质量检测
• 2.2 甜瓜属异源四倍体中基因表达的稳定性分析
• 2.3 异源四倍体中基因表达变化的类型
• 3 讨论
• 3.1 异源多倍体植物中基因表达的稳定性
• 3.2 异源多倍体植物中基因表达变化特点
• 3.3 异源多倍体植物中基因表达变化的基因（组）倾向性
• 4 结论
• 第二节 甜瓜属人工异源四倍体Cucumis×hytivus早期世代差异表达基因的分子特性及reverse-Northern blot分析
• 摘要
• Abstract
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 cDNA-AFLP差异条带的回收与测序
• 1.3 PCR产物的纯化
• 1.4 探针cDNA的合成与纯化
• 1.5 reverse-Northern blot分析
• 2 结果与分析
• 2.1 表达发生变化的基因的同源性分析
• 2.2 异源四倍体中基因表达变化的reverse-Northern blot验证
• 3 讨论
• 3.1 cDNA-AFLP技术分析异源多倍体中基因表达的可靠性
• 3.2 异源多倍体植物中表达发生变化基因的分子特性
• 3.3 异源多倍体植物中基因表达变化的生物学意义
• 4 结论
• 第三节 甜瓜属人工异源四倍体Cucumis×hytivus早期世代rpl2基因表达的cDNA-SSCP分析
• 摘要
• Abstract
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 cDNA第一链的合成
• 1.3 基因扩增
• 1.4 SSCP分析
• 2 结果与分析
• 2.1 异源四倍体中rpl2基因的RT-PCR检测
• 2.2 异源四倍体中rpl2基因的cDNA-SSCP分析
• 3 讨论
• 3.1 异源多倍体中部分同源基因表达水平的变化
• 3.2 异源多倍体中部分同源基因表达水平的变化的生物学意义
• 4 结论
• 第六章 黄瓜por基因在甜瓜属人工异源四倍体Cucumus×hytivus早期世代的表达和序列变化特征
• 第一节 植物por基因的系统发生研究
• 摘要
• Abstract
• 1 材料与方法
• 1.1 DNA和蛋白质序列的获取
• 1.2 por基因树的构建
• 2 结果与分析
• 2.1 不同植物por基因的同源性分析
• 2.2 por基因的系统发生学分析
• 3 讨论
• 第二节 黄瓜por基因在甜瓜属异源四倍体C.×hytivus早期世代的表达和序列变化特征
• 摘要
• Abstract
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 核酸的提取和纯化
• 1.3 cDNA第一链的合成
• 1.4 基因扩增
• 1.5 序列分析
• 2 结果与分析
• 2.1 异源四倍体中黄瓜por基因的表达模式
• 2.2 二倍体亲本中por基因的序列特征
• 2.3 por基因碱基置换
• 2.4 por基因转录中的内含子滞留
• 3 讨论
• 3.1 por基因沉默
• 3.2 碱基置换
• 3.3 内含子滞留
• 3.4 异源四倍体C×hytivus中por基因的功能变化
• 4 结论
• 全文讨论
• 1.甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期世代表型变化研究
• 2.甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期世代基因表达变化特点研究
• 3.黄瓜por基因在甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus早期世代的表达和序列变化特征
• 4.甜瓜属人工异源四倍体C.×hytivus的育种利用
• 全文结论
• 本论文创新点
• 参考文献
• 攻读博士期间发表的论文
• 致谢