论文题目: 柚类资源分子系统学及其核心种质构建研究
论文类型: 博士论文
论文专业: 果树学
作者: 刘勇
导师: 孙中海
关键词: 柚类,种质资源,遗传多样性,核心种质
文献来源: 华中农业大学
发表年度: 2005
论文摘要: 中国是柚类(Citrus grandis(L.)Osbeck)的主要起源中心和遗传变异中心之一，种质资源极其丰富。由于柚类是单胚性，在长期的进化过程和复杂的生态条件下，极易出现大量的遗传变异，形成了极其丰富的遗传多样性。由于缺乏系统研究，对其不同类型的演化关系及品种间的系统关系目前仍不很清楚，尤其在柚类资源核心种质构建方面的研究几乎为空白。本研究广泛收集我国重要柚产区资源，在柚类优良品种DNA指标图谱、柚类种质资源遗传多样性研究、柚类核心种质构建等方面开展了一些工作，为柚类植物起源、分类、遗传育种和种质资源保存提供更多更有力的证据，取得了以下结果： 1．采用31对SSR引物、3对AFLP引物对122份柚类种质资源及近缘种的遗传多样性进行了研究。31对SSR引物可以检测到335个等位基因变异，平均每个位点可检测到9.85个等位基因，每个位点多态性信息指数平均值为0.7085，获得了15个柚类种质资源及近缘种共产生了57条特征带；3对AFLP引物扩增出343个等位基因，5％水平多态性为72％，平均每对引物能产生114个等位基因数和82个5％水平多态性位点数，每个引物预期杂合度为0.2445，获得了15份基因型有44个AFLP特异性标记。 2．确定了柚类资源及近缘种种质鉴定所需的SSR适宜位点数。从31对引物中有效地筛选出21对高信息量SSR引物，与31对引物在122份柚类资源间遗传关系达到极显著相关(r=0.9910)，多态信息量从高到低排列前9对SSR引物为柚类核心SSR引物。这些高信息量SSR引物可供不同研究单位对柑橘资源及近缘种直接比较利用。 3．从SSR位点角度分析了柚类资源及近缘种的遗传变异。122份柚类品种及近缘种等位基因平均数最大的品种为奥克布兰柚(3.6)，最小的品种为莽山野橘(1.7)，平均值为2.8；杂合位点比率变幅为53.8％(莽山野橘)—96.8％(鹅蛋柚)，平均值为83.54％；SSR表型平均杂合度平均值为0.524。从种群间分析，以杂种柚及其它柚品种群杂合位点百分率、平均SSR表型杂合度最高，分别为85.5％、0.540，其次为以沙田柚为主的品种群(85.2％、0.535)，第三位为文旦柚品种群(83.0％、0.514)，近缘种最低分别为(72.5％、0.464)。 4．分析了我国柚类生态分布遗传多样性。根据高山、河流走向将我国92份柚类栽培品种划分为6个种群，92份我国柚类种质所有位点总的预期杂合度为0.2431，其中种群内平均预期杂合度为0.227，种群间平均预期杂合度为0.0161，群体内遗传分化程度Fst为0.0667，即种群内的遗传多样性所占的比例为93.38％，种群间变异占总变异的6.62％，6个种群间基因流Nm为3.5。种群内遗传多样性以云贵高原最高，其次为长江中下游，顺次为长江上游、东南沿海、江南丘陵，南岭
论文目录:
摘要
ABSTRACT
缩略词表
第一章 课题的提出和前人的研究进展
1 课题的提出
2 柚类资源地理分布及分类地位研究进展
2.1 柚的起源及其分布
2.2 柚类分类地位
3 柚类种质资源多样性研究进展
3.1 形态学标记
3.2 细胞学分析
3.3 生物化学分析
3.3.1 柚类精油成分分析
3.3.2 柚类同工酶分析
3.4 分子标记分类
3.4.1 主要的DNA分子标记及其应用
3.4.1.1 SSR技术及其在果树上应用
3.4.1.1.1 SSR荧光标记技术及应用
3.4.1.1.2 SSR标记用于构建遗传连锁图谱
3.4.1.1.3 用于种质鉴定和品种分类
3.4.1.1.4 数量性状基因位点(QTLs)分析
3.4.1.1.5 用于制作DNA指纹图谱
3.4.1.1.6 进行群体遗传多样性和起源分析
3.4.1.2 AFLP技术及其在果树上应用
3.4.1.2.1 AFLP酶切技术的改进及应用
3.4.1.2.2 AFLP荧光染色技术及应用
3.4.1.2.3 AFLP用于果树遗传多样性检测
3.4.1.2.4 亲缘关系分析
3.4.1.2.5 种质鉴定
3.4.1.2.6 构建遗传图谱
3.4.1.3 柚类分子标记研究现状
4 核心种质研究进展
4.1 核心种质概念
4.2 建立核心种质的方法
4.2.1 数据的收集整理
4.2.2 种质资源的分组
4.2.3 样品的选择
4.2.3.1 随机取样
4.2.3.2 分层取样
4.2.3.3 取样比例的确定
4.2.4 核心样品的检验与评价
4.3 核心种质研究现状
4.4 核心种质研究存在问题、应用与展望
第二章 中国柚类资源遗传多样性研究
1 前言
2 材料与方法
2.1 柚类资源遗传多样性分子评价
2.1.1 材料
2.1.2 DNA提取与检测
2.1.3 SSR与AFLP分析
2.1.3.1 SSR分析
2.1.3.1.1 SSR引物的筛选
2.1.3.1.2 SSR的PCR反应条件
2.1.3.2 AFLP分析
2.1.3.2.1 AFLP引物的筛选
2.1.3.2.2 AFLP的PCR反应条件
2.1.3.3 PAGE检测
2.1.4 数据统计分析
2.1.4.1 SSR数据分析
2.1.4.2 AFLP数据分析
2.1.4.3 AFLP+SSR数据分析
2.2 部分柚类资源形态学与分子学比较分析
2.2.1 材料
2.2.2 方法
2.2.2.1 形态学标记方法
2.2.2.2 分子标记方法
3 结果与分析
3.1 柚类资源及近缘种SSR分析
3.1.1 SSR引物筛选
3.1.2 122份柚类资源及近缘种SSR扩增效果及多态性比率
3.1.3 部分柚品种及近缘种特征带
3.1.4 柚类资源及近缘种种质鉴定所需的SSR适宜位点数
3.1.5 柚类资源及近缘种的遗传变异
3.1.6 SSR标记柚类资源及近缘种指纹鉴定
3.1.7 SSR标记柚类资源及近缘种聚类结果
3.2 柚类资源及近缘种AFLP分析
3.2.1 AFLP引物筛选
3.2.2 柚类种质资源的AFLP标记分析
3.2.3 AFLP标记柚类种质资源及近缘种的特征带
3.2.4 采用AFLP技术分析我国柚类生态分布遗传多样性
3.2.4.1 划分六个生态种群的柚类遗传多样性
3.2.4.2 我国三个柚中心产区柚类遗传多样性分析
3.2.5 AFLP标记柚类资源及近缘种聚类结果
3.3 柚类种质资源AFLP与SSR聚类分析
3.3.1 AFLP+SSR标记聚类结果
3.3.2 遗传差异分析
3.3.3 SSR、AFLP、SSR+AFLP三种标记相关性分析
3.4 部分柚类资源形态学与分子学比较分析
3.4.1 柚类形态性状指标筛选
3.4.2 Q型聚类
3.4.3 R型聚类
3.4.4 性状指标的主成分分析
3.4.5 部分柚品种分子标记
3.4.5.1 SSR分析
3.4.5.2 AFLP分析
3.4.5.3 SSR与AFLP结合分析
4 讨论
4.1 SSR和AFLP标记在柚类资源研究的作用
4.2 柚类资源的遗传多样性
4.3 柚类资源及近缘种的遗传演化
4.4 柚类资源的鉴定
4.5 形态学标记与分子标记的几个问题
4.5.1 部分柚类形态学标记意义
4.5.2 分子标记中的分子位点数与可靠性
4.5.3 分子标记中的谱带鉴别
4.5.4 分子标记与形态学标记比较
第三章 利用分子标记构建柚类核心种质
1 前言
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 分子标记方法
2.3 柚类核心种质分组方法
2.4 柚类核心种质数据分析
3 结果与分析
3.1 各样本群的遗传多样性比较
3.2 初始种质与核心种质比较
3.3 保留种质与核心种质比较
3.4 柚类资源核心种质及其主要性状
4 讨论
4.1 核心种质的代表性、异质性和多样性
4.2 核心种质的性状指标
4.3 核心种质的大小与取样方法
参考文献
附录
攻读博士学位期间发表的研究论文
致谢
发布时间: 2006-12-12
参考文献
- [1].中国特有柚类资源类黄酮含量变化及抗氧化活性研究[D]. 方波.西南大学2013
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