EWS-FLI1融合蛋白在尤文肉瘤细胞的表达分布及其融合区抗原表位的预测

论文摘要

目的明确EWS-FLI1融合蛋白在EWS细胞中的分布情况;预测EWS-FLI1蛋白融合区的T细胞表位、B细胞表位,为下一步实验提供实验依据。方法将尤文肉瘤细胞株A673进行传代培养,制作细胞爬片,用FLI1特异性单克隆抗体进行免疫细胞化学染色,分析融合蛋白EWS-FLI1在细胞的表达分布,并对其表达分布情况进行统计。采用生物信息学方法,应用BIMAS、SYFPEITHI、Predep、Immune Epitope Database and Analysis Resource （IEDB）等预测软件,预测EWS-FLI1融合区最有可能的HLA-A*0201限制性细胞毒性T细胞（cytotoxic T -cell epitopes, CTL）表位。采用SOPM/SOPMA、Chou-Fasman、Karplus-Schulz、Parker、Emini和Kolaskar-Tongaonkar预测法分析EWS-FLI1融合区的二级结构、氨基酸的亲水性、表面可及性、抗原指数,综合各项分析,预测EWS-FLI1融合区可能的B细胞表位。结果免疫细胞化学染色实验显示,EWS-FLI1融合蛋白阳性染色位于细胞核的EWS细胞在所有EWS细胞的平均构成比为84.78%,位于细胞浆者为11.71%,位于细胞膜者为3.51%。结合4种T细胞表位预测软件,预测出最有可能的EWS-FLI1融合区HLA-A*0201限制性CTL表位共计9个。根据EWS-FLI1融合区的二级结构、氨基酸的亲水性、表面可及性、抗原指数,预测出了最有可能的B细胞表位。结论EWS-FLI1融合蛋白表达分布主要位于EWS细胞的细胞核,而在细胞浆和细胞膜中只有少量表达。应用T细胞表位预测软件及B细胞表位预测软件可成功预测出EWS-FLI1蛋白融合区的T、B细胞表位,为研究蛋白特征及研制复合表位疫苗奠定了基础。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 前言
• 第二章 EWS-FL11 融合蛋白在EWS 细胞的表达分布情况
• 材料与方法
• 结果
• 讨论
• 结论
• 第三章 尤文肉瘤EWS-FLI1 蛋白融合区T 细胞表位的预测
• 概述
• 材料与方法
• 结果
• 讨论
• 结论
• 第四章 尤文肉瘤EWS-FLI1 蛋白融合区B 细胞表位的预测
• 概述
• 材料与方法
• 结果
• 讨论
• 结论
• 致谢
• 参考文献
• 附图
• 综述
• 攻读学位期间的研究成果