论文摘要
大规模cDNA测序产生大量的EST序列,这些序列代表了不同组织在不同环境和生理状态下的基因表达情况。EST分析不仅可以用于发现新基因,而且可以提供丰富的基因表达谱信息。本研究采用生物信息学分析的方法寻找小麦花器官特异表达的基因。从77,657个重叠群中得到了153个在花器官中特异表达的重叠群,RT-PCR证明了11个基因的特异表达。功能注释结果表明这些花器官特异表达的基因涉及到烷烃合成、类黄酮合成、乙烯合成等代谢途径。microRNA是一类长约20-24 nt的内源非编码小分子,在植物生长发育过程中起着重要调控作用。本研究使用miRBase中已知的植物miRNA比对小麦EST和GSS数据库,发现了41条小麦miRNA。比对EST数据库后获得了除miR395和miR399以外的39个miRNA的潜在靶基因,这些靶基因的编码产物大多是转录因子。利用RT-PCR分析了5个miRNA的表达,发现其中4个的表达存在组织特异性。
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摘要ABSTRACT个人简介致谢第一章 表达序列标签分析与应用研究进展一、EST的获得二、EST的生物信息学分析（一） EST序列的预处理（二） EST序列的聚类和拼接（三） EST序列功能注释（四） EST二次数据库三、EST分析的应用（一） 基因表达谱分析1、基于差异表达EST分离的表达谱分析2、基于EST丰度变化的表达谱分析1) SAGE2) cDNA芯片3) 基因电子Northern杂交的表达谱分析（二） 新基因发现（三） 遗传图谱和物理图谱构建（四） 基因结构预测（五） SNP分析（六） 比较基因组学分析四、总结与展望第二章 小麦花器官特异表达基因的鉴定与分析引言材料与方法一、小麦cDNA文库和cDNA二、小麦花器官特异表达基因的鉴定三、重叠群功能注释四、植物材料五、RNA提取和反转录六、半定量RT-PCR分析结果与分析一、花器官中特异表达的的重叠群二、花器官中特异表达重叠群的功能注释（一） 花粉壁形成相关基因的特异表达（二） 绒毡层降解相关基因的特异表达（三） 影响花器官发育的激素相关基因的特异表达（四） 其他花器官发育相关基因的特异表达三、特异表达重叠群的表达分析讨论第三章 基于EST的小麦microRNA鉴定与分析引言材料与方法一、数据库二、miRNA预测方法三、miRNA靶基因预测方法四、RT-PCR结果与分析一、小麦miRNA预测二、小麦miRNA的潜在靶基因（一） 调控花发育的miRNA（二） 调控根发育的miRNA（三） 其他miRNA三、小麦miRNA的表达分析讨论附件1 花器官中差异表达的小麦重叠群附件2 花器官中特异表达的小麦重叠群附件3 本研究中鉴定的m1RNA前体发卡二级结构。成熟miRNA序列用 黑体表示参考文献全文总结
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标签：表达序列标签论文; 表达谱论文; 小分子论文; 靶基因论文;
