导读:本文包含了分子结合能论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:玉米赤霉烯酮,雌激素受体α,分子对接,结合能
分子结合能论文文献综述
张圆圆,周妍,刁晨曦,陆涛峰,赵丽丽[1]（2017）在《基于分子对接方法的玉米赤霉烯酮和β-雌二醇分别与雌激素受体α的结合能分析》一文中研究指出目的为玉米赤霉烯酮(Zearalenone,ZEN)类雌激素作用的机理提供理论依据。方法利用绘图软件和对接软件考察ZEN和β-雌二醇(beta estradiol,E2)与鼠雌激素受体α(Estrogen Receptor alpha,ERα)的分子对接情况,分析两者与ERα的结合能。结果 E2和ZEN与ERα的结合能分别为-11.5 kcal·mol~(-1)和-8.6 kcal·mol~(-1);两者都位于疏水性较强的活性口袋中,苯环都与Phe-404和Arg-394形成了CH-π和阳离子-π的相互作用;E2的羟基分别5个氨基酸形成氢键,其中一个羟基与水分子形成了保守的氢键。结论分子对接提供了E2和ZEN分别与ERα结合的相互作用力的可视化分析结果,证明了ZEN与ERα具有亲和力,但低于E2。(本文来源于《第十叁届中国实验动物科学年会论文集》期刊2017-09-26）
朱珊珊[2]（2016）在《基于QM非键结合能优化N_4(Td)分子间力场参数及其密度预测》一文中研究指出绿色高能量密度材料的寻找和设计已成为众多科学家追求的目标。全氮原子簇化合物由于其潜在具有较高的正生成焓、高密度、超高能量、清洁无污染的爆炸产物(N_2)等优点被列入绿色高能量密度材料的候选材料。本文以全氮原子簇化合物中的N_4(Td)为研究对象,通过基于第一性全原子分子间作用势的方法预测了能够用来评f估其材料性能的性质—密度。预测过程首先使用Monte Carlo (MC)方法结合Rotational Isomeric State (RIS)理论(MC/RIS)的抽样方法构建N_4(Td)无定形微观形貌并在满足玻尔兹曼分布全局势能面下选取大量二聚体样品,然后探索高性价比的量子力学方法描述二聚体分子间相互作用能,进而拟合N_4(Td)体系的分子间vdW力场参数,最后使用已参数化的12-6Lennard-Jones(LJ)势能函数预测体系在OK和常温下的密度。具体内容如下：第一章：简要介绍了理论设计绿色含能材料的研究现状、发展趋势和存在的挑战。回顾了现阶段理论预测含能材料重要考核指标参数装弹密度预测方法及各自的优缺点,最终确定对全氮含能材料的密度预测使用基于第一性计算发展原子-原子作用势的方法。第二章：主要介绍了使用分子力学全原子作用势的方法预测材料密度过程中涉及到的一些基础理论。本论文使用的分子模拟方法包括量子力学方法、分子力学方法和分子动力学方法,分子力学中经常使用的势能函数包括分子内势函数和分子间势函数,以及使用分子力学计算过程中非键相互作用的处理方法优缺点,最后还简单介绍了动力学模拟过程中系综概念与温度和压力的控制方法。第叁章：介绍了基于QM方法发展全原子分子间作用势过程中的儿个关键性问题,包括分子间非键相互作用能的精确计算,力场参数的主要拟合方法、二聚体全局势能面的抽样、叁体效应对力场参数的影响等。分子间作用能计算首先以A24小分子数据库中的24个小分子二聚体为研究对象,使用MP2方法结合不同基组计算其中24个不同类型的小分子二聚体之间的相互作用,并与目前公认“黄金标准”CCSD(T)/CBS方法进行比较,意在寻找适合计算不同类型分子间弱相互作用的高性价比的方法。然后以不同距离的面对面N_4(Td)二聚体为研究对象,分别使用CCSD(T)/CBS和MP2结合不同基组对其分子间非键相互作用能进行计算,试图找到一种基组结合MP2方法计算的结果可以和高精度的CCSD(T)/CBC相媲美。结果表明：使用MP2方法结合小基组cc-PVDZ计算的N_4(Td)体系中分子间非键相互作用能与“黄金算法”相近,但大大节省计算代价。第四章：全原子分子间作用势的参数化及其在N_4(Td)体系密度预测中的应用。首先参数拟合过程是分子间力场函数形式选择,通过反映不同类型Lennard-Jones(LJ)力场形式的均方根误差(RMSE)在一次MC/RIS全局势能面抽样的等高线表现,结果表明12-6LJ势能函数相比之下能更好的反映N_4(Td)体系的相互作用能。其次探究了使用MC/RIS不同的抽样条件对拟合参数稳定性的影响,包括密度、温度、叁体效应、不同初始力场参数以及拟合过程中所选择的能量截断值,结果表明：这些因素都不影响最终拟合的参数,说明了MC/RIS抽样方法可以得到稳定的分子间力场参数。密度预测过程首先使用Materials Studio中Polymorph模块得到N_4(Td)体系所有晶体点阵形式堆积,然后根据优化的vdW作用参数来优化不同点阵的品格结合能,从而得到不同晶系中结合能较低的一些点阵格式并根据结合能采用玻尔兹曼分布的方式估计OK下的密度,其值为1.70 g.cm-3。最后,采用NPT-MD模拟对N_4(Td)体系进行分子动力学模拟得到常温下的密度。模拟结果表明：N_4(Td)体系在常温下是以气体的形式存在。当常温下模拟压力增加到55atm或在1atm下模拟温度降低到255K时,N_4(Td)体系以凝聚态存在,其密度为1.64 g.cm-3。(本文来源于《陕西师范大学》期刊2016-05-01）
柳平英,陈秋凤,马晶[3]（2016）在《运用静电势图像分割方法预测超分子结合能》一文中研究指出[2]-轮烷是由大环与分子链组成的两组分超分子体系,计算评估大环和链之间的结合强度,对于理解超分子识别和超分子体系可控设计尤为重要.本文借鉴计算机图像处理技术,通过全局阈值分割方法将大环和链的静电势图像分成两个片段,两者的静电势差值近似为[2]-轮烷体系的结合能.该计算方法可以直观简便地预测超分子体系的结合能.基于静电势的图像阈值分割方法计算的结合能定性符合实验测定的结合常数和密度泛函理论(DFT)计算的结合能.对于不同分子链和大环分子组成的多种[2]-轮烷体系的对比研究表明,大环与链的结合强度与结合位点的给质子能力、形成氢键的数目、大环的尺寸以及大环与链之间?-?堆积作用相关.(本文来源于《中国科学:化学》期刊2016年01期）
陈芳,王建龙,陈丽珍,段美玲,卫芝贤[4]（2015）在《ε-CL-20/F_(2311) PBXs力学性能和结合能的分子动力学模拟》一文中研究指出本文应用分子动力学(MD)模拟方法,研究高能量密度化合物六硝基六氮杂异伍兹烷(ε-CL-20)与常用高聚物粘结剂F2311所构成的CL-20/F2311高聚物粘结炸药(PBXs)的力学性能和结合能随温度和高聚物浓度而变化的规律.结果表明,添加高聚物于主体炸药中,使其弹性模量减小,表明刚性减小,弹性增大,机械力学性能大为改善;在一定范围内,随高聚物F2311在PBXs中浓度的增加,体系结合能从正值变为负值,而随温度升高,体系的结合能变化不是很明显.(本文来源于《原子与分子物理学报》期刊2015年03期）
张海玲,光翠娥,江波,汪俊卿,桑尚源[5]（2014）在《皂苷类似物与肾素的分子对接和结合能分析》一文中研究指出肾素是治疗高血压疾病的重要靶标之一,对肾素抑制剂大豆皂苷I及其类似物大豆皂苷II、甘草皂苷、单葡萄糖醛酸甘草皂苷元与肾素进行分子对接,采用分子动力学模拟和MMPBSA相结合的方法计算对接复合物的结合自由能,并且对各部分贡献能以及分子间相互作用进行分析。结果表明范德华力和静电相互作用是复合物形成的主要驱动力,S2和S3是肾素和皂苷相互作用重要的活性口袋,Ala229、Asp38、Asp226、Gly228和Tyr83是肾素中与这类抑制剂形成疏水作用的重要氨基酸残基,Ser230、Tyr231、Ser84则可与抑制剂形成氢键。对接结果与皂苷抑制能力吻合性较好,可为新的肾素抑制剂的发现奠定基础。(本文来源于《食品与生物技术学报》期刊2014年10期）
徐书伟,程新路,冯世全,陈晓旭[6]（2012）在《氮化铝分子及氯化锂分子结合能的量子蒙特卡罗研究》一文中研究指出通过量子蒙特卡罗方法(QMC)利用不同的密度泛函轨道对氮化铝分子及氯化锂分子的结合能进行研究.采用扩散蒙特卡罗方法(DMC)得到氮化铝分子的结合能为2.993 eV,氯化锂分子的结合能为6.694 eV.与其他理论计算相比较,更接近实验得到氮化铝和氯化锂分子的结合能(2.862±0.391 eV和6.646 eV).同时,利用密度泛函理论对氮化铝分子及氯化锂分子的结合能进行研究时发现,利用密度泛函理论计算得到的结合能范围跨度很大且非常不准确.另外,在利用量子蒙特卡罗方法的计算中发现,不同类型的密度泛函轨道对结合能的计算产生一定的影响,这就需要在利用量子蒙特卡罗方法进行计算时考虑轨道的选择.(本文来源于《四川大学学报(自然科学版)》期刊2012年04期）
李苗苗,沈瑞琪,李凤生[7]（2011）在《RDX/BAMO推进剂结合能、力学性质和能量性能的分子动力学模拟(英文)》一文中研究指出利用分子动力学方法研究了着名的含能材料环叁亚甲基叁硝胺(RDX)、3,3′-双-(迭氮甲基)-氧杂环丁烷(BAMO)和RDX/BAMO推进剂.结果表明,BAMO与RDX(010)面之间分子相互作用最强,其次是(100)和(001)面.以对相关函数g(r)描述了RDX和BAMO之间的相互作用.计算了RDX/BAMO推进剂的弹性系数、模量、柯西压、泊松比等性能.结果表明,BAMO的加入能够改善RDX的弹性力学性能,相对改善效应的顺序为(100)>(001)>(010).RDX/BAMO推进剂的能量性能结果显示,BAMO的加入降低了RDX的比冲,但仍高于着名的双基推进剂的比冲.(本文来源于《物理化学学报》期刊2011年06期）
刘燕,王芳芳,于春阳,刘翠,宫利东[8]（2011）在《Sr~(2+)和Ba~(2+)水分子体系结构和结合能的从头算和ABEEM/MM研究》一文中研究指出应用从头算方法和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,研究了水合碱土离子团簇Sr2+/Ba2+(H2O)n(n=1-6),构建了离子-水相互作用的ABEEM/MM势能函数,获得了水合离子团簇的稳定结构,计算了结合能.计算结果表明,ABEEM/MM方法的结果和从头算方法的结果有很好的一致性.进一步应用ABEEM/MM对Sr2+和Ba2+水溶液进行了分子动力学模拟.对Sr2+水溶液,得到的Sr2+-水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.257和0.464nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.2和11.4;对Ba2+水溶液,得到的Ba2+与水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.269和0.467nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.9和12.4.这与实验值或其它理论模拟结果有较好的一致性.对比外层的水分子,金属离子的极化作用使得溶液中第一水合层中水分子的O―H键长增长,HOH键角减小.(本文来源于《物理化学学报》期刊2011年02期）
于艳春,朱伟,肖继军,郭翔,唐根[9]（2010）在《四组分高能体系结合能和力学性能的分子动力学模拟》一文中研究指出用分子动力学(MD)方法模拟研究了下列4种四组分高能混合体系的结合能和力学性能:聚迭氮缩水甘油醚(GAP)/硝化甘油(NG)/1,2,4-丁叁醇硝酸酯(BTTN)/二硝基偶氮氧化二呋咱(DNOAF)、GAP/NG/BTTN/叁氢化铝(AlH3)、聚乙二醇(PEG)/NG/BTTN/DNOAF和PEG/NG/BTTN/AlH3.结果表明,在叁组分粘合剂中加进DNOAF和AlH3,结合能均较大,依次为45.35,56.02,48.75和65.96kJ/kg,预示体系稳定性和相容性均较好.组分间的相互作用主要是非键力,且含AlH3体系的静电力更大,其余体系以vanderWaals力较大.静态力学分析表明,在4种混合体系中,PEG/NG/BTTN/AlH3的拉伸模量、体模量(K)、剪切模量(G)、K/G和柯西压(C12-C44)值均较大,预示该体系的刚性、塑性和延展性均较好,这可能与PEG的醚O和AlH3的缺电子桥键之间存在特殊的配位键作用有关.(本文来源于《化学学报》期刊2010年12期）
付一政,刘亚青,梅林玉,兰艳花[10]（2009）在《HTPB与Al不同晶面结合能和力学性能的分子动力学模拟》一文中研究指出采用分子力学(MM)和分子动力学(MD)方法,在250、300、350、400、450K,对固体推进剂端羟基聚丁二烯(HTPB)和铝晶胞不同晶面结构所组成的层模型在COMPASS力场下,进行模拟计算,求得结合能和静态力学性能(弹性系数、模量和泊松比).模拟结果表明,在400K时HTPB与Al(011)面的结合能最大,从综合力学性能优劣上看,各个面从优到劣的排序为(011)>(221)>(001),HTPB与Al的结合能与力学性能具有对应关系,结合能大的力学性能优异,结合能小的力学性能较差.(本文来源于《物理化学学报》期刊2009年01期）
分子结合能论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
绿色高能量密度材料的寻找和设计已成为众多科学家追求的目标。全氮原子簇化合物由于其潜在具有较高的正生成焓、高密度、超高能量、清洁无污染的爆炸产物(N_2)等优点被列入绿色高能量密度材料的候选材料。本文以全氮原子簇化合物中的N_4(Td)为研究对象,通过基于第一性全原子分子间作用势的方法预测了能够用来评f估其材料性能的性质—密度。预测过程首先使用Monte Carlo (MC)方法结合Rotational Isomeric State (RIS)理论(MC/RIS)的抽样方法构建N_4(Td)无定形微观形貌并在满足玻尔兹曼分布全局势能面下选取大量二聚体样品,然后探索高性价比的量子力学方法描述二聚体分子间相互作用能,进而拟合N_4(Td)体系的分子间vdW力场参数,最后使用已参数化的12-6Lennard-Jones(LJ)势能函数预测体系在OK和常温下的密度。具体内容如下：第一章：简要介绍了理论设计绿色含能材料的研究现状、发展趋势和存在的挑战。回顾了现阶段理论预测含能材料重要考核指标参数装弹密度预测方法及各自的优缺点,最终确定对全氮含能材料的密度预测使用基于第一性计算发展原子-原子作用势的方法。第二章：主要介绍了使用分子力学全原子作用势的方法预测材料密度过程中涉及到的一些基础理论。本论文使用的分子模拟方法包括量子力学方法、分子力学方法和分子动力学方法,分子力学中经常使用的势能函数包括分子内势函数和分子间势函数,以及使用分子力学计算过程中非键相互作用的处理方法优缺点,最后还简单介绍了动力学模拟过程中系综概念与温度和压力的控制方法。第叁章：介绍了基于QM方法发展全原子分子间作用势过程中的儿个关键性问题,包括分子间非键相互作用能的精确计算,力场参数的主要拟合方法、二聚体全局势能面的抽样、叁体效应对力场参数的影响等。分子间作用能计算首先以A24小分子数据库中的24个小分子二聚体为研究对象,使用MP2方法结合不同基组计算其中24个不同类型的小分子二聚体之间的相互作用,并与目前公认“黄金标准”CCSD(T)/CBS方法进行比较,意在寻找适合计算不同类型分子间弱相互作用的高性价比的方法。然后以不同距离的面对面N_4(Td)二聚体为研究对象,分别使用CCSD(T)/CBS和MP2结合不同基组对其分子间非键相互作用能进行计算,试图找到一种基组结合MP2方法计算的结果可以和高精度的CCSD(T)/CBC相媲美。结果表明：使用MP2方法结合小基组cc-PVDZ计算的N_4(Td)体系中分子间非键相互作用能与“黄金算法”相近,但大大节省计算代价。第四章：全原子分子间作用势的参数化及其在N_4(Td)体系密度预测中的应用。首先参数拟合过程是分子间力场函数形式选择,通过反映不同类型Lennard-Jones(LJ)力场形式的均方根误差(RMSE)在一次MC/RIS全局势能面抽样的等高线表现,结果表明12-6LJ势能函数相比之下能更好的反映N_4(Td)体系的相互作用能。其次探究了使用MC/RIS不同的抽样条件对拟合参数稳定性的影响,包括密度、温度、叁体效应、不同初始力场参数以及拟合过程中所选择的能量截断值,结果表明：这些因素都不影响最终拟合的参数,说明了MC/RIS抽样方法可以得到稳定的分子间力场参数。密度预测过程首先使用Materials Studio中Polymorph模块得到N_4(Td)体系所有晶体点阵形式堆积,然后根据优化的vdW作用参数来优化不同点阵的品格结合能,从而得到不同晶系中结合能较低的一些点阵格式并根据结合能采用玻尔兹曼分布的方式估计OK下的密度,其值为1.70 g.cm-3。最后,采用NPT-MD模拟对N_4(Td)体系进行分子动力学模拟得到常温下的密度。模拟结果表明：N_4(Td)体系在常温下是以气体的形式存在。当常温下模拟压力增加到55atm或在1atm下模拟温度降低到255K时,N_4(Td)体系以凝聚态存在,其密度为1.64 g.cm-3。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子结合能论文参考文献
[1].张圆圆,周妍,刁晨曦,陆涛峰,赵丽丽.基于分子对接方法的玉米赤霉烯酮和β-雌二醇分别与雌激素受体α的结合能分析[C].第十叁届中国实验动物科学年会论文集.2017
[2].朱珊珊.基于QM非键结合能优化N_4(Td)分子间力场参数及其密度预测[D].陕西师范大学.2016
[3].柳平英,陈秋凤,马晶.运用静电势图像分割方法预测超分子结合能[J].中国科学:化学.2016
[4].陈芳,王建龙,陈丽珍,段美玲,卫芝贤.ε-CL-20/F_(2311)PBXs力学性能和结合能的分子动力学模拟[J].原子与分子物理学报.2015
[5].张海玲,光翠娥,江波,汪俊卿,桑尚源.皂苷类似物与肾素的分子对接和结合能分析[J].食品与生物技术学报.2014
[6].徐书伟,程新路,冯世全,陈晓旭.氮化铝分子及氯化锂分子结合能的量子蒙特卡罗研究[J].四川大学学报(自然科学版).2012
[7].李苗苗,沈瑞琪,李凤生.RDX/BAMO推进剂结合能、力学性质和能量性能的分子动力学模拟(英文)[J].物理化学学报.2011
[8].刘燕,王芳芳,于春阳,刘翠,宫利东.Sr~(2+)和Ba~(2+)水分子体系结构和结合能的从头算和ABEEM/MM研究[J].物理化学学报.2011
[9].于艳春,朱伟,肖继军,郭翔,唐根.四组分高能体系结合能和力学性能的分子动力学模拟[J].化学学报.2010
[10].付一政,刘亚青,梅林玉,兰艳花.HTPB与Al不同晶面结合能和力学性能的分子动力学模拟[J].物理化学学报.2009