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四川各地黑山羊分子遗传特征研究

2020-11-23阅读(940)

四川各地黑山羊分子遗传特征研究

论文摘要

黑山羊主要产于我国的南方及东南亚，久负盛誉。其独特之处在于全身黑毛，生长发育快，板皮厚满，皮毛质软细小，瘦肉率高，含脂量低，肉质鲜嫩，味美膻气少。从目前国际、国内形势看，我国黑山羊产业前景看好。据业内人士分析认为，我国黑山羊市场潜力巨大，出口创汇前景看好。当前国际大气候的变化为黑山羊产业发展带来了新的机遇，由于黑山羊品种不同，其品质也就各不相同，故品种的认定就自然成为我国黑山羊产业急需要解决的问题 四川省黑山羊资源比较丰富，过去的研究多为品种性能测定与评价等方面，对品种的起源、群体间的遗传差异、黑山羊的品种分化及相似性研究甚少。特别是利用分子标记研究黑山羊大群体的遗传结构和遗传多样性，尚未见有报道。 首先，我们参阅以往牛、山羊和绵羊等RAPD研究的文献，选取98个引物，经过反复筛选，从中挑选出30个重复性好的多态引物，运用构建总DNA基因池的方法，对黑山羊、南江黄羊、北川白山羊、成都麻羊4个山羊品种和藏绵羊进行RAPD分析，并重点进行了引物筛选和实验条件的优化，建立了适宜山羊RAPD的反应体系，计算了各品种间的遗传距离指数，探讨了彼此的亲缘关系。验证了实验方法本身的可靠性。 在上面实验的基础上，我们利用16条多态性好的引物，对分布于四川省不同区域的9个黑山羊种群共540个个体逐一进行了随机扩增多态DNA（RAPD）分析。结果表明：16条多态性引物在9个黑山羊种群中，共扩增出170个能完全重复且表现多态性的RAPD标记，各标记的大小在0.1-2.5kb之间。采用Nei

论文目录

  • 图片目录
  • 表格目录
  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 文献综述
  • 第一节 遗传标记研究进展
  • 前言
  • 1.1 遗传标记的分类
  • 1.1.1 形态学标记
  • 1.1.2 细胞遗传标记
  • 1.1.3 生化遗传标记
  • 1.1.4 分子遗传标记
  • 1.2 分子标记的主要类型
  • 1.2.1 限制性片段多态性（RFLP）
  • 1.2.2 随机扩增多态DNA（RAPD）
  • 1.2.3 扩增片段长度多态性（AFLP）
  • 1.2.4 单核苷酸多态性（SNP）
  • 1.2.5 微卫星（Microsatellite）DNA
  • 1.2.6 mtDNA标记
  • 1.2.7 DNA指纹标记
  • 1.2.8 ISSR（Inter Simple Sequence Repeats）
  • 1.2.9 PCR-SSCP标记
  • 1.3 分子标记与数量性状位点的连锁分析方法
  • 1.4 前景与展望
  • 第二节 遗传标记在山（绵）羊遗传育种中的应用
  • 2.1 遗传多样性方面
  • 2.1.1 RFLP标记
  • 2.1.1.1 利用RFLP标记在绵羊、山羊育种上的应用研究报道相对较多。
  • 2.1.1.2 Beta酪蛋白全基因PCR-RFLP
  • 2.1.1.3 绵羊褪黑激素受体1a基因第二外显子PCR-RFLP分析
  • 2.1.1.4 绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLP分析
  • 2.1.1.5 BMPR-IB基因PCR-RFLP研究
  • 2.1.2 RAPD标记
  • 2.1.3 微卫星DNA
  • 2.1.4 小卫星DNA标记（Ministatellite DNA）
  • 2.1.5 AFLP遗传标记
  • 2.2 MAS与QTL定位
  • 第一章 引物筛选及四川几个山（绵）羊品种的RAPD分析
  • 摘要
  • 关键词
  • 引言
  • 1 材料与方法
  • 1.1 试验材料
  • 1.1.1 试验动物
  • 1.1.2 试剂盒、工具酶和生化试剂
  • 1.1.3 主要仪器
  • 1.1.4 引物合成
  • 1.2 试验方法
  • 1.2.1 全血基因组DNA的抽提
  • 1.2.2 基因池A和基因池B的制备
  • 1.2.3 随机引物筛选
  • 1.2.4 PCR实验条件优化
  • 1.2.5 五个山（绵）羊基因池A的PCR扩增
  • 1.2.6 五个山（绵）羊基因池B的PCR扩增
  • 1.2.7 RAPD数据统计处理
  • 2 试验结果
  • 2.1 基因组DNA的抽提、检验
  • 2.2 筛选之引物
  • 2.3 优化的PCR反应条件
  • 2.3.1 Taq酶浓度
  • 2.3.2 引物浓度
  • 2+浓度'>2.3.3 Mg2+浓度
  • 2.3.4 模板浓度
  • 2.3.5 4dNTP浓度
  • 2.3.6 PCR循环数及其他条件
  • 2.4 五个山（绵）羊品种间的遗传亲缘关系
  • 2.5 五个山（绵）羊品种内公羊和母羊之间的遗传相似系数
  • 2.6 各品种间的UPGMA聚类
  • 3 讨论
  • 3.1 随机引物的多态性
  • 3.2 RAPD的可重复性
  • 3.3 RAPD对近缘种山羊分析的可靠性
  • 小结
  • 参考文献
  • 第二章 四川9个黑山羊种群的RAPD分析
  • 摘要
  • 关键词
  • 引言
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 试验动物
  • 1.1.2 试剂
  • 1.1.3 主要仪器
  • 1.2 方法
  • 1.2.1 随机引物的挑选
  • 1.2.2 对所有样品进行逐一PCR扩增
  • 1.2.3 数据分析
  • 1.2.3.1 引物的多态性分析
  • 1.2.3.2 群体的遗传多样性参数
  • 1.2.3.2.1 群体杂合度（Nei’s基因多样度）：
  • 1.2.3.2.2 Shannon多态信息指数
  • 1.2.3.2.3 群体基因分化系数
  • 1.2.3.4 各群体间的遗传一致性和跗距离
  • 1.2.3.4.1 Nei’s遗传相似性指数
  • 1.2.3.4.2 Nei’s标准遗传距离
  • 1.2.3.5 聚类分析
  • 2 结果
  • 2.1 各引物序列信息及扩增结果
  • 2.2 各群体的杂合度和Shannon多态信息指数
  • 2.3 群体基因分化系数
  • 2.4 各群体间的遗传一致性和遗传距离
  • 2.5 各群体的UPGMA聚类分析结果
  • 3 讨论
  • 3.1 黑山羊核DNA遗传多样性的高检出率
  • 3.2 四川黑山羊整体的低分化
  • 3.3 四川黑山羊亲缘关系与地理分布的一致性
  • 小结
  • 参考文献
  • 第三章 黑山羊种群RAPD标记与黑山羊表型性状的相关分析
  • 摘要
  • 关键词
  • 引言
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 试验动物
  • 1.1.2 试剂
  • 1.1.3 仪器
  • 1.1.4 引物
  • 1.2 方法
  • 1.2.1 分别对公羊和母羊总DNA进行逐一PCR扩增
  • 1.1.2 数据分析
  • 1.1.2.1 各性状的表型变异及相关分析
  • 1.1.2.2 RAPD标记与性状间的关联分析
  • 1.1.2.3 与性状真实关联的分子标记筛选
  • 2 结果
  • 2.1 各RAPD引物序列及扩增结果
  • 2.2 各产区黑山羊间性状差异的方差分析
  • 2.3 各性状的表型变异
  • 2.4 性状间的表型相关
  • 2.5 RAPD标记与性状间的关联分析
  • 2.6 与性状真实关联的分子标记筛选结果
  • 2.6.1 根据表型相关的显著性进行筛选
  • 2.6.2 根据两独立样本间个体表型值的分布进行筛选
  • 3 讨论
  • 3.1 关于RAPD标记与性状的关联分析
  • 3.2 RAPD标记对性状的效应
  • 参考文献
  • 第四章 四川黑山羊10个微卫星基因座遗传多态性研究
  • 摘要
  • 关键词
  • 引言
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 试验动物
  • 1.1.2 试剂
  • 1.1.3 主要仪器
  • 1.2 方法
  • 1.2.1 微卫星引物的筛选与合成
  • 1.2.2 PCR扩增
  • 1.2.3 数据分析
  • 1.2.3.1 微卫星标记等位基因频率
  • 1.2.3.2 多态信息含量（PIC）
  • 1.2.3.3 群体杂合度（H）
  • 1.2.3.4 有效等位基因数（Ne）
  • 1.2.3.5 群体间遗传距离和聚类
  • 2 结果与分析
  • 2.1 PCR扩增产物及电泳结果
  • 2.2 等位基因及其频率
  • 2.3 多态信息含量
  • 2.4 群体杂合度
  • 2.5 有效等位基因数
  • 2.6 群体间的遗传距离和聚类
  • 3 讨论
  • 3.1 四川9个黑山羊种群的遗传多态性
  • 3.2 黑山羊品种（群体）的等位基因及其频率
  • 3.3 黑山羊品种（群体）聚类
  • 小结
  • 参考文献
  • 第五章 四川各地黑山羊mtDNA分子遗传特征研究
  • 摘要
  • 关键词
  • 引言
  • 1 材料和方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 试验动物
  • 1.1.2 试剂
  • 1.1.3 引物
  • 1.1.4 主要仪器
  • 1.2 方法
  • 1.2.1 肝组织中分离线粒体
  • 1.2.2 mtDNA的提取
  • 1.2.3 mtDNA的纯化与检测
  • 1.2.4 目的DNA片断的扩增
  • 1.2.5 PCR产物的纯化与正反向测序
  • 1.2.6 测序数据的处理
  • 1.2.6.1 序列的CLUSTALW对位排列
  • 1.2.6.2 分析软件（MEGA2.0）确定多态位点
  • 1.2.6.3 分析软件（MEGA2.0）确定核苷酸总变异位点
  • 1.2.6.4 分析软件（MEGA2.0）确定简约信息位点
  • 1.2.6.5 DnaSP软件计算单倍型多样性
  • 1.2.6.6 DnaSP软件计算种群内的核苷酸多样性
  • 1.2.6.7 DnaSP软件计算种群间的序列歧异水平
  • 1.2.6.8 Network4.1软件构建单倍型网络关系图
  • *4.0b10构建单倍型邻接树'>1.2.6.9 PAUP*4.0b10构建单倍型邻接树
  • 1.2.6.10 Arlequin 2.0进行核苷酸误配分析
  • 2 结果
  • 2.1 四川黑山羊的mtDNA变异
  • 2.1.1 黑山羊mtDNA Dloop序列长度与碱基组成
  • 2.1.2 黑山羊mtDNA Dloop序列的核苷酸多态位点变异
  • 2.1.3 四川黑山羊mtDNA Dloop环单倍型
  • 2.2.四川黑山羊种群mtDNA Dloop遗传结构
  • 2.2.1 黑山羊mtDNA Dloop序列长度与碱基组成
  • 2.2.2 黑山羊mtDNA Dloop序列的核苷酸多态位点变异
  • 2.2.3 黑山羊mtDNA Dloop序列的核苷酸多态位点变异类型
  • 2.2.4 黑山羊mtDNA Dloop环单倍型
  • 2.3 四川黑山羊D Loop全序列单倍型网络图
  • 2.4 系统发育关系树的构建
  • 2.5 黑山羊群体扩张事件
  • 2.6 30个序列一体碱基图
  • 2.7 黑山羊种群内mtDNA Dloop序列的同源性比较
  • 2.8 黑山羊同其他山羊mtDNA Dloop序列的聚类比较
  • 2 .9 黑山羊同其他山羊品种间mtDNA Dloop序列的聚类
  • 3 讨论
  • 3.1 冷冻肝脏中mtDNA的抽提效果比较
  • 3.2 四川黑山羊种群mtDNA丰富的遗传多样性
  • 3.3 黑山羊种群间的遗传分化
  • 3.4 mtDNA序列分析同RAPD分析的比较
  • 参考文献
  • 本学位论文研究结论
  • 致谢
  • 在校期间发表文章情况

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