水稻分蘖基因OsTB1调控机理的初步研究

水稻分蘖基因OsTB1调控机理的初步研究

论文摘要

水稻是世界上最重要的粮食作物之一,提供了世界一半以上人口的主食需求。因此,提高水稻产量对应对新粮食危机具有很大意义。水稻粮食产量主要取决于水稻分蘖数目和穗型等关键因素。OsTB1能够增加水稻顶端优势,使分蘖芽的伸长受到明显的抑制。OsTB1带有碱性的螺旋-环-螺旋型DNA结合结构域,属于TCP家族转录因子。这一蛋白家族和植物的生长和发育有关,可能参与细胞周期基因的调控,进而调节植物的生长模式。本研究主要利用酵母双杂交的方法,筛选与OsTB1蛋白相互作用的蛋白。由于OsTB1属于TCP家族的转录因子,具有典型的TCP结构域和R结构域,有可能具有自身激活活性,因此PCR分别扩增了全长,N端-TCP-R、TCP-R及TCP-R-C端序列,分别连入pGBKT7表达载体上,构建了OsTB1全长、N端、M端及C端四个诱饵(Bait),并转化至酵母菌株Y187中。将四个Bait与转入pGADT7空载体的AH109菌株进行小规模杂交,检测它们的转录激活活性,结果表明全长Bait在三缺(SD/-Trp/-Leu/-His)及四缺(SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade)平板上都有很强的自身激活活性;N端和C端Bait在三缺平板上具有自身激活活性,但在四缺平板上没有;M端Bait在三缺和四缺平板上都没有自身激活活性。对四个Bait进行Western blot检测,证明四个融合蛋白均可以在酵母菌内正常表达。用N端和C端Bait在四缺平板,M端Bait在三缺平板上分别筛选水稻分蘖芽cDNA文库,N端Bait筛库得到2000个左右的阳性克隆,C端Bait筛库得到67个阳性克隆;M端Bait筛库得到30个单克隆。在这2097个阳性克隆中,选取了15类感兴趣的insert)序列。将选取的阳性克隆大肠杆菌质粒重新转入AH109,分别与三个诱饵进行小规模的杂交验证。验证得到N1、N49、N78、N29、N167、N246、N343、N400、N112、N161、C30、M14共12种与诱饵蛋白互作的蛋白。将密码子优化后的OsTB1N端连入原核表达载体pMAL-c5X中,在大肠杆菌内诱导表达MBP-OsTB1N融合蛋白,并与直链淀粉树脂进行结合,融合蛋白能够与树脂特异性结合,这为酵母双杂交实验中筛选出的阳性克隆在体外进行MBP pull-down验证提供了必要条件。将12个Prey用体外转录翻译系统合成蛋白,与MBP-OsTB1N进行pull-down试验,目前已有N29与OsTB1的之间互作得到验证。为了研究OsTB1在水稻体内相互作用的蛋白及全基因组结合位点,构建了6个用于免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation,Co-IP)和染色质免疫沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)的植物表达载体。在这些载体中,OsTB1基因的N端或C端带有3xFLAG标签或含有2×IgG-BD、6×His及9×myc的TAPa标签(FLAG-OsTB1、OsTB1-FLAG、TAPa-OsTB1及OsTB1-TAPa),这些标签便于用商业化的抗体进行IP和CHIP,并且还用OsTB1自身的启动子OsTB1 promoter或水稻组成型强肩动子actin1promoter驱动这些融合基因的转录。此外,为研究转录因子OsTB1的直接响应基因,构建了2个糖皮质激素(Glucocorticoid)诱导表达载体.分别用OsTB1 promoter和actin 1promoter驱动嵌合转录因子GVG的转录,当用糖皮质激素地塞米松(dexamethasone,DEX)诱导后,GVG蛋白进入细胞核内起始位于GVG识别序列下游的OsTB1转录,进而可以通过microarray的技术找出OsTB1的直接响应基因。通过农杆菌介导法,将上述几个载体转化水稻OsTB1基因的突变体SG0312的成熟胚性愈伤组织,在含潮霉素抗性的选择培养基上经两轮筛选和分化成苗,获得再生抗性植株。提取所获得转基因植株的基因组DNA,分别以潮霉素抗性基因引物和OsTB1基因引物进行PCR扩增,鉴定阳性植株,将转基因苗转移至大田种植,3个月后观察发现转基因植株pCAM-Op-OF的第13株系表型均得到了恢复,其余转基因植株也有一些植株表型得到了恢复。收获T1代的转基因种·子继续种植,为下一步研究OsTB1在水稻体内的相互作用蛋白、下游基因启动子区的DNA结合位点及其直接调节的下游基因提供了必要的前提条件。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 目录
  • 引言
  • 1 文献综述
  • 1.1 分枝机理的研究进展
  • 1.2 TB1基因的研究进展
  • 1.3 TCP家族的研究进展
  • 1.3.1 TCP家族的产生与发展
  • 1.3.2 TCP家族在植物生长中的作用
  • 1.3.3 TCP家族的转录调控机制
  • 1.4 展望
  • 2 材料与仪器
  • 2.1 实验材料
  • 2.1.1 植株与菌株
  • 2.1.2 载体、工具酶及引物
  • 2.1.3 试剂及试剂盒
  • 2.1.4 试剂配制
  • 2.1.4.1 培养基
  • 2.1.4.2 抗生素及化学贮存液
  • 2.1.4.3 质粒及基因组提取试剂
  • 2.1.4.4 常用缓冲液及试剂
  • 2.2 实验仪器
  • 3 试验方法
  • 3.1 酵母双杂交筛选与OsTB1相互作用的蛋白
  • 3.1.1 BD诱饵融合载体的构建
  • 3.1.1.1 目的基因的扩增与克隆
  • 3.1.1.2 诱饵融合载体的构建
  • 3.1.2 诱饵转化酵母菌株并检测
  • 3.1.2.1 诱饵融合载体转化到酵母菌
  • 3.1.2.2 转化结果的检测
  • 3.1.2.3 Bait自身激活活性的检测
  • 3.1.2.4 Bait细胞毒性的检测
  • 3.1.2.5 Bait蛋白表达的检测
  • 3.1.3 诱饵菌株筛选cDNA文库
  • 3.1.3.1 筛选cDNA文库
  • 3.1.3.2 阳性酵母菌落的鉴定
  • 3.1.3.3 重要阳性克隆转入大肠杆菌
  • 3.1.4 验证酵母双杂交筛出的阳性克隆
  • 3.1.4.1 阳性质粒转入酵母菌AH109
  • 3.1.4.2 小规模酵母双杂交
  • 3.1.4.3 QDO验证
  • 3.1.5 Pull-down验证
  • 3.1.5.1 MBP-OsTB1融合蛋白的原核表达
  • 3.1.5.2 稀有密码子的修改后融合蛋白的原核表达
  • 3.1.5.3 MBP-OsTB1XYN融合蛋白与amylose resin的结合
  • 3.1.5.4 重要阳性克隆的体外转录翻译
  • 3.1.5.5 pull-down验证
  • 3.2 植物表达载体构建及功能研究
  • 3.2.1 突变体的鉴定
  • 3.2.1.1 水稻基因组DNA的提取
  • 3.2.1.2 目的基因的扩增
  • 3.2.1.3 目的基因SalⅠ酶切
  • 3.2.2 糖皮质激素诱导表达载体的构建
  • 3.2.2.1 目的基因的扩增与克隆
  • 3.2.2.2 目的基因连入糖皮质激素诱导表达载体
  • 3.2.2.3 转化农杆菌感受态细胞
  • 3.2.3 带有标签的植物表达载体的构建
  • 3.2.3.1 目的基因的扩增与克隆
  • 3.2.3.2 目的基因连入Co-IP、ChIP植物表达载体
  • 3.2.3.3 转化农杆菌感受态细胞
  • 3.2.4 水稻的遗传转化及转基因阳性苗的筛选
  • 4 结果与分析
  • 4.1 酵母双杂交筛选OsTB1相互作用的蛋白
  • 4.1.1 BD诱饵融合载体的构建
  • 4.1.1.1 目的基因的扩增、克隆及测序
  • 4.1.1.2 诱饵表达载体的构建结果
  • 4.1.2 诱饵转化酵母菌株并检测
  • 4.1.2.1 诱饵表达载体转化酵母菌Y187的检测结果
  • 4.1.2.2 Bait自身激活活性的检测结果
  • 4.1.2.3 Bait细胞毒性的检测结果
  • 4.1.2.4 Bait蛋白的western检测结果
  • 4.1.3 诱饵菌株筛选cDNA文库
  • 4.1.3.1 cDNA文库的筛选
  • 4.1.3.2 insert序列测定及分析
  • 4.1.3.3 重要阳性克隆转入大肠杆菌
  • 4.1.4 阳性克隆的验证结果
  • 4.1.5 Pull-down验证
  • 4.1.5.1 MBP-OsTB1融合蛋白的原核表达结果
  • 4.1.5.2 稀有密码子的修改后融合蛋白的原核表达
  • 4.1.5.3 MBP-OsTB1XYN端融合蛋白与amylose resin的结合
  • 4.1.5.4 重要阳性克隆的体外转录翻译
  • 4.1.5.5 pull-down验证
  • 4.2 植物表达载体构建及功能研究
  • 4.2.1 突变体的鉴定
  • 4.2.1.1 水稻基因组DNA的提取
  • 4.2.1.2 目的基因的扩增及酶切鉴定
  • 4.2.2 糖皮质激素诱导表达载体的构建
  • 4.2.2.1 目的基因的扩增、克隆与测序
  • 4.2.2.2 糖皮质激素诱导表达载体的构建
  • 4.2.2.3 农杆菌转化结果的鉴定
  • 4.2.3 带有标签的植物表达载体的构建
  • 4.2.3.1 目的基因的扩增、克隆与测序
  • 4.2.3.2 Co-IP、ChIP植物表达载体的构建
  • 4.2.3.3 农杆菌转化结果的鉴定
  • 4.2.4 水稻的遗传转化及转基因阳性苗的筛选
  • 4.2.4.1 水稻的遗传转化
  • 4.2.4.2 转基因阳性苗的筛选
  • 4.2.4.3 转基因阳性苗的表型观察
  • 4.3 讨论
  • 结论
  • 参考文献
  • 附录
  • 后记(含致谢)
  • 攻读学位期间取得的科研成果清单
  • 相关论文文献

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