稀有白甲鱼mtDNA D-loop序列多态性研究

论文摘要

稀有白甲鱼是隶属于鲤形目、鲤科、鲃亚科、白甲鱼属的一种野生经济鱼类,仅分布于我国长江中游沅江水系和西江水系。目前稀有白甲鱼野生资源正濒临枯竭,现已被《中国物种红色名录》列为濒危鱼类。而有关稀有白甲鱼的研究仅限于地理分布、年龄特征、生长特性及资源现状等,就其遗传多样性研究迄今尚未见报道。线粒体DNA（mtDNA）是分子生物学研究的一个热门领域,已经被广泛地应用于鱼类进化生物学和群体遗传学研究。本实验首次采用mtDNA分子标记方法对稀有白甲鱼遗传多样性进行研究。通过对分布于贵州境内长江水系清水江的30尾稀有白甲鱼mtDNA D-loop 3’端共计478bp的碱基序列进行了测定分析,共发现25个多态位点。其中23个为转换位点（A-G,C-T）,2个为转换与颠换同时存在的位点。30个个体分属18种单倍型。稀有白甲鱼mtDNA核苷酸多样性（π）为0.0107,平均核苷酸差异数（K）为5.092。单倍型多样度（H）为0.940,单倍型间平均遗传距离（P）为0.014。用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树和UPGMA系统树均由2个支系组成。表明清水江稀有白甲鱼种群mtDNA多样性丰富。

论文目录

• 致谢
• 目录
• 图
• 表
• 英文缩略词
• 摘要
• Abstract
• 前言
• 1 文献综述
• 1.1 鱼类遗传多样性研究概况
• 1.1.1 遗传多样性的定义
• 1.1.2 研究遗传多样性的重要意义
• 1.1.3 鱼类遗传多样性的研究
• 1.2 鱼类线粒体DNA的研究概况
• 1.2.1 鱼类线粒体DNA的结构及特点
• 1.2.2 mtDNA多态的研究方法
• 1.2.3 mtDNA在鱼类研究中的应用
• 1.2.4 线粒体D-loop区的研究概况
• 1.3 稀有白甲鱼研究概况
• 1.3.1 白甲鱼属鱼类研究概况
• 1.3.2 稀有白甲鱼的研究概况
• 1.4 研究目的及意义
• 2 材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.2 实验步骤
• 2.2.1 基因组DNA的提取及检测
• 2.2.2 PCR扩增
• 2.2.3 DNA的纯化和回收
• 2.2.4 克隆
• 2.2.5 质粒DNA的提取
• 2.2.6 阳性克隆的鉴定
• 2.2.7 序列测定
• 2.2.8 数据处理
• 3 结果
• 3.1 PCR扩增结果
• 3.2 酶切结果
• 3.3 测序结果
• 3.3.1 稀有白甲鱼mtDNA D-loop碱基组成
• 3.3.2 稀有白甲鱼不同个体中变异位点的分布
• 3.3.3 D-loop控制区基因单倍型碱基频率
• 3.3.4 稀有白甲鱼单倍型控制区遗传距离
• 3.3.5 D-loop控制区单倍型序列差异比较
• 3.3.6 D-loop单倍型系统发育树的构建
• 3.3.7 稀有白甲鱼群体遗传多样性
• 4 讨论
• 4.1 稀有白甲鱼mtDNA D-Loop克隆测序
• 4.2 克隆产物的鉴定
• 4.3 两种分子系统树的比较
• 4.4 稀有白甲鱼遗传多样性
• 4.5 稀有白甲鱼资源保护
• 4.5.1 稀有白甲鱼资源锐减原因分析
• 4.5.2 稀有白甲鱼资源保护
• 5 结语
• 参考文献
• 附录