中国鼠疫耶尔森菌基因组重排的研究

论文摘要

背景：鼠疫是由鼠疫耶尔森菌(以下简称鼠疫菌)引起的烈性传染病。鼠疫菌为革兰阴性菌,属于肠杆菌科耶尔森菌属。目前认为,该菌是在约1500～20000年前由假结核耶尔森菌演化而来。2001年,首次公布了鼠疫菌C092的全基因组序列。2002年Deng等在完成菌株KIM的全基因组测序后,发现了鼠疫菌的基因组重排现象,与C092比较可将鼠疫菌全基因组分成27个节段。近年,越来越多的鼠疫菌基因组测序工作已完成。根据这些基因组序列,梁莹等通过对8株鼠疫菌间编码序列CDS的同源性的比较,将鼠疫菌基因组分为61个“板块”,板块内部是相对稳定的,板块之间可以发生逆转或移位。鼠疫菌的全基因组就是由这多个保守区段按不同顺序连接而成,根据这些保守区段的排列方式,即重排模式,可以推测各类鼠疫菌之间的遗传进化关系。本研究通过分析中国多个生态型鼠疫菌基因组重排模式的差异,探索基因重排测定在分子流行病学领域中的应用。方法：本研究选取了代表我国多个鼠疫疫源地特征的129株鼠疫菌,针对鼠疫菌染色体上的8个连接位点,设计20对引物进行PCR扩增。选择代表性扩增产物进行测序,并通过扩增结果分析各菌株基因组板块的连接方式。结果：滇西纵谷两个型的鼠疫菌株,与已测序菌株的重排模式完全一致；青藏高原型的大部分菌株与已测序菌株重排模式一致,但存在少数差异；冈底斯山型菌株的重排模式,更接近于喜马拉雅山脉另一侧的Nepal516菌株；锡林郭勒型菌株具有共同的主流重排模式,但与已测定的91001序列在2个位点存在差异；川青边区型的主流重排模式与锡林郭勒型接近,但存在1个连接方式不同；滇闽居民区型及鄂尔多斯型菌株,则分别与C092和KIM的重排方式相似。结论：在本研究的8个连接位点上,每种生态型的鼠疫菌都有相对应的一种主流连接方式。鼠疫菌的基因组重排本身反映了遗传特征的一个方面,建立鼠疫菌的重排特征鉴定体系,还需要确定更多位点的连接方式。

论文目录

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• 材料与方法
• 结果
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• 参考文献
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• 综述
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