羊鲍野生群体遗传结构及羊鲍与耳鲍Cytb基因序列比较研究

论文摘要

羊鲍有较高的营养和药用价值，含多种维生素和微量元素。由于海区污染和过度捕捞，导致羊鲍资源受到严重破坏。本研究采用磁珠富集法，开发了9对羊鲍高多态微卫星引物，并应用微卫星分子标记技术对海南3个羊鲍群体进行遗传多样性和遗传分化研究，且分析了羊鲍和耳鲍线粒体Cytb基因片段序列的差异。以期为羊鲍种质资源的良种选育、可持续利用和保护提供科学依据。采用磁珠富集法，利用生物素标记的（GT）15、（CT）15混合寡核苷酸探针从羊鲍的基因组DNA的MboI酶切片段中筛选300～900bp的微卫星序列。将洗脱的杂交片段克隆到pMD19-T载体上构建富集微卫星基因组文库，通过PCR筛选检测出阳性克隆进行测序。挑取576个克隆检测，取150个片段大小为5001000bp克隆测序，从中设计了40对引物。以海南英州群体为研究对象，对引物进行多态性检测，共检测出12对多态引物，其等位基因数为2～5个，多态信息含量为0.153～0.637，观察杂合度为0.0000～0.7857，期望杂合度为0.0734～0.6019。多态性分析结果显示，9对引物均具有较高的多态性，适合进行群体遗传学研究。利用本实验所筛选的9对微卫星引物，对我国海南3个羊鲍野生群体的遗传结构进行研究，分析了各群体内的遗传多样性和3个群体间的遗传分化。羊鲍3个群体平均每位点等位基因数（A）介于2.7778～3.5556之间，平均为3.2593；平均每位点有效等位基因数（Ae）介于1.8662～2.0512之间，平均为1.9322；多态信息含量（PIC）介于0.4596～0.5434之间，平均为0.4978；观察杂合度在0.3650～0.4259之间，平均为0.3964；期望杂合度在0.4274～0.4779之间，平均为0.4480。群体间遗传距离（D）介于0.0174～0.0256之间，遗传分化系数（Fst）为0.0178，3个羊鲍群体间遗传分化较小。微卫星分子标记技术分析结果认为，我国海南羊鲍群体遗传多样性处于较低水平，野生羊鲍资源受到破坏，应及时采取有效的保护措施，以期为羊鲍种质资源鉴定和保护和可持续发展提供科学依据。聚类分析显示，英州群体与亚龙湾群体先聚为一类，再与安游群体聚为一类。通过PCR扩增、测序羊鲍和耳鲍的线粒体Cytb基因片段序列。结果表明，羊鲍3个群体间的Cytb片段碱基组成含量较为相似，A+T含量（平均为58.9%）也较为相似，高于G+C含量。羊鲍和耳鲍间碱基组成也较为相似。羊鲍3个群体间的遗传距离为0.007～0.019。羊鲍与耳鲍间的遗传距离为0.113。聚类分析显示，羊鲍和耳鲍聚为两大支，羊鲍三个群体聚为一支，耳鲍聚为一支。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第1章 引言
• 1.1 鲍生物学特征及研究概况
• 1.1.1 鲍生物学特征
• 1.1.2 鲍繁殖生物学及人工育苗研究进展
• 1.2 群体遗传学研究方法
• 1.2.1 等位酶标记技术
• 1.2.2 RFLP 技术
• 1.2.3 RAPD 技术
• 1.2.4 AFLP 技术
• 1.2.5 微卫星技术
• 1.2.6 线粒体技术
• 1.3 群体遗传学研究方法在其它贝类中的应用
• 1.3.1 等位酶标记技术在其它贝类中的应用
• 1.3.2 RFLP 标记技术在其它贝类中的应用
• 1.3.3 RAPD 标记技术在其它贝类中的应用
• 1.3.4 AFLP 标记技术在其它贝类中的应用
• 1.3.5 微卫星标记技术在其它贝类中的应用
• 1.3.6 线粒体标记技术在其它贝类中的应用
• 1.4 群体遗传学研究方法在鲍中研究进展
• 1.4.1 等位酶标记技术在鲍中的应用
• 1.4.2 RFLP 标记技术在鲍中的应用
• 1.4.3 RAPD 标记技术在鲍中的应用
• 1.4.4 AFLP 标记技术在鲍中的应用
• 1.4.5 微卫星标记技术在鲍中的应用
• 1.4.6 线粒体标记技术在鲍中的应用
• 1.5 本研究的目的与意义
• 第2章 羊鲍群体遗传学研究方案
• 2.1 样品采集
• 2.2 研究内容
• 2.3 技术路线
• 第3章 羊鲍微卫星分子标记的筛选
• 3.1 材料与方法
• 3.1.1 实验材料
• 3.1.2 主要仪器与试剂
• 3.1.3 实验方法
• 3.2 结果
• 3.2.1 基因组 DNA 提取结果
• 3.2.2 基因组 DNA 酶切结果
• 3.2.3 磁珠富集的目的片段 PCR 扩增检测结果
• 3.2.4 阳性克隆检测结果
• 3.2.5 目的片段测序及引物设计结果
• 3.2.6 微卫星多态性筛选结果
• 3.3 讨论
• 第4章 羊鲍群体的遗传结构
• 4.1 材料与方法
• 4.1.1 实验材料
• 4.1.2 主要仪器与试剂
• 4.1.3 实验方法
• 4.2 结果
• 4.2.1 羊鲍微卫星的扩增
• 4.2.2 羊鲍的杂合性
• 4.2.3 羊鲍群体遗传多样性
• 4.2.4 羊鲍群体间的遗传分化
• 4.3 讨论
• 4.3.1 羊鲍群体的杂合性分析
• 4.3.2 羊鲍群体遗传多样性分析
• 4.3.3 羊鲍群体间遗传分化分析
• 第5章 羊鲍和耳鲍细胞色素 B 基因序列比较研究
• 5.1 材料与方法
• 5.1.1 实验材料
• 5.1.2 主要仪器与试剂
• 5.1.3 实验方法
• 5.2 结果
• 5.2.1 Cytb 基因片段序列扩增结果
• 5.2.2 羊鲍和耳鲍 Cytb 基因片段序列分析
• 5.2.3 羊鲍和耳鲍间的 NJ 系统树
• 5.3 讨论
• 5.3.1 羊鲍和耳鲍线粒体 Cytb 序列分析
• 5.3.2 羊鲍和耳鲍间的遗传分化分析
• 第6章 结论与展望
• 致谢
• 参考文献
• 附录
• 在学期间发表的学术论文