论文题目: 水稻分子图谱的构建和QTL定位研究
论文类型: 博士论文
论文专业: 作物遗传育种
作者: 叶少平
导师: 李平
关键词: 水稻,遗传图谱,数量性状,水稻基因组
文献来源: 四川农业大学
发表年度: 2005
论文摘要: 本研究以培矮64S（缩写为PA64S）×日本晴（Nipponbare,以下简称NIPP）的F2群体为作图群体,构建了一张水稻SSR连锁图,定位了一些新的SSR标记,并采用区间作图法对水稻分蘖数、株高、抽穗期、齐穗期、结实率、千粒重等18个重要农艺性状进行了QTL定位分析,获得了以下主要结果: 1、以（PA64S×NIPP）F2为作图群体（180个单株）构建了一张包含93个SSR标记的遗传连锁图谱,覆盖水稻基因组1602.5cM,标记间平均距离17.23cM。 2、在该图谱上定位了48个本实验室开发的SSR标记,分别定位在第1、2、3、4、5、6、8、9、11、12染色体上。其中,第1、3和11染色体上较多,分别定位了12、7和7个;第2、4、5、6、8、9和12条染色体上分别定位了2、4、5、2、4、2和3个。 3、所考察的PA64S、NIPP两个亲本及F2群体的18个性状中,分蘖数、有效分蘖数、株高、有效穗数、剑叶长、穗着粒数、实粒数、结实率、粒重、穗着粒密度、粒长、粒宽、粒厚,以及谷粒长宽比等14个性状在2个亲本之间都存在较大差异;分蘖率、抽穗期、齐穗期及穗长等4个性状在双亲之间差异不明显,但在F2群体中存在明显分离。多数性状在群体中都呈连续的正态分布,各个性状之间存在着极其复杂的相关关系。 4、利用由PA64S×NIPP构建的分子连锁图谱,运用区间作图法对水稻的农艺性状进行了2年2点的QTL定位分析。在F2群体中共检测了18个性状,其中有14个性状检测到28个QTLs,分布在9条染色体的15个区间,没有检测到抽穗期、齐穗期、穗长、粒厚等4个性状的QTLs。从F2:3群体选取18个性状中的7个性状重复进行QTL定位分析,有5个性状检测到11个QTLs（其中3个株高的QTLs为重复检测到的QTLs）,分布在8条染色体的9个区间,仍然没有检测到控制抽穗期和齐穗期的QTLs。在这35个QTLs中,tn1、ph1、ph2、ph4、ph5、fl2、rlw4、rlw5等8个QTLs的贡献率较大（超过20%）,属主效基因,其余27个QTLs的贡献率较小（0—19.9%）,属微效基因。 （1）与分蘖性状有关的QTL定位:2个控制分蘖数的QTLs—tn1、tn（4）位于12染色体上,贡献率分别为54.9%、7.7%;2个控制有效分蘖的QTLs—etn1、etn（4）1分别位于5、4染色体,贡献率分别为7.6%、12.4%;3个控制分蘖率的QTLs—pt1、pt（4）1、pt（4）2分别位于5、2、8染色体,贡献率都较小,分别为7.7%、8.1%、6.4%。 （2）株高的QTL定位:在F2群体检测到5个控制株高的QTLs—ph1、ph2、ph3、
论文目录:
摘要(中文)
摘要(英文)
第一章 文献综述
1、遗传标记的发展
1.1 经典遗传标记
1.2 分子标记
2、遗传图谱的构建
2.1 经典遗传图谱
2.2 分子遗传图谱
2.3 水稻分子遗传图谱
2.4 经典遗传图谱与分子图谱的整合
2.5 基因组比较研究
2.6 物理图谱
3、遗传图谱的应用
3.1 基因定位
3.2 图位克隆
3.3 在植物育种上的应用
4、水稻基因组研究
5、水稻QTL定位研究情况
5.1 QTL的数目及效应
5.2 QTL的作用模式
5.3 QTL与主基因的关系
5.4 环境对QTL定位的影响
5.5 相关性状的QTL
5.6 QTL的剖分和精细定位
6、研究思路
第二章 实验材料与方法
1、试验材料
2、性状考察
3、SSR引物
4、SSR分析
4.1 基因组总DNA提取
4.2 SSR反应体系和程序
4.3 电泳检测和照相
5、SSR数据资料的收集及计算机分析
6、遗传图谱的构建和QTL定位
第三章 结果与分析
1、SSR遗传图谱
1.1 SSR遗传图谱的构建
1.2 水稻分子连锁图谱的比较
2、群体性状间的相关分析
2.1 性状在双亲间的差异及在F_2、F_(2∶3)群体中的分离
2.2 F_2、F_(2∶3)群体中各性状间的相互关系
3、水稻农艺性状的QTL定位分析
3.1 与分蘖性状有关的QTL的定位及其遗传效应分析
3.2 株高的QTL定位及其遗传效应分析
3.3 剑叶长、穗长的QTL定位及其遗传效应分析
3.4 穗数的QTL定位及其遗传效应分析
3.5 穗着粒数、穗实粒数、结实率与穗着粒密度的QTL定位及其遗传效应分析
3.6 粒重、粒形的QTL定位及其遗传效应分析
4、不同环境条件下QTL定位的差异
5、QTL定位与生物信息学分析
第四章 讨论
1、遗传图谱的构建
2、影响QTL定位的主要因素
3、相关性状间的QTL分析
4、环境对QTL定位的影响
5、QTL定位精确度的提高
6、QTL定位的生物信息学研究
参考文献
附录1 用SSR引物筛选软件合成的引物序列
附录2 F_2群体(PA64S×NIPP)180个单株18个性状的观测值
附录3 F_(2∶3)群体(PA64S×NIPP)180个株系7个性状的观测值
本研究的创新点
致谢
发布时间: 2005-10-27
参考文献
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