本文主要研究内容
作者周兴雅（2019）在《格氏乳杆菌与副格氏乳杆菌的筛选、基因组比较及安全性评价》一文中研究指出：格氏乳杆菌(Lactobacillus gasseri)是肠道、生殖道重要菌种之一。因其具有优良的益生特性,部分菌株已应用于食品、医药等行业,但有关格氏乳杆菌比较基因组方面的研究仍是空白。2018年通过全基因组序列分析和生物信息分析,将副格氏乳杆菌从格氏乳杆菌中划分出来,成为一个新物种,但两者在基因层面的共性与差异仍不清楚。因此,全面的解析格氏乳杆菌和副格氏乳杆菌基因组,并对两者进行基因组比较,对明确两者的异同以及优良菌株选育和开发具有重要意义。本研究从人体粪便及生殖道样品中筛选格氏乳杆菌,并对菌株基因组进行测序。通过基因组分析研究菌株进化关系区分物种,比较基因组、泛基因组了解菌株基因组组成并寻找差异基因。此外,对菌株的前噬菌体、毒力因子、耐药基因进行预测,并测定菌株对13种常见抗生素的耐药性,以此评估菌株的安全性。主要结果如下:(1)从人体粪便和生殖道样品筛选菌株并鉴定菌株物种,经乳杆特异性引物GroEL测序鉴定,选取130株“格氏乳杆菌”,对菌株进行基因组草图测序得到序列,以ANI96%为阈值,初步将“格氏乳杆菌”分为两个组,一组由105株菌组成,其ANI范围在97.89%~99.92%;而另一组由25株菌株组成,ANI值范围在93.26%~94.08%,结合同源基因及管家基因系统发育进化分析,最终确认105株为副格氏乳杆菌,25株为格氏乳杆菌。(2)为了分析格氏乳杆菌、副格氏乳杆菌各自基因组的组成与特征,对其基因组一般特征分析,副格氏乳杆菌与格氏乳杆菌基因组的大小分别为1.96 Mb、1.92 Mb,GC含量分别为34.90%、34.82%。此外,分别构建副格氏乳杆菌和格氏乳杆菌的泛基因组和核心基因组,副格氏乳杆菌具有开放型泛基因组,含7371个基因,核心基因组含1274个基因。格氏乳杆菌具有闭合的泛基因组,含3614个基因,核心基因组含1360个基因。(3)为深入比较格氏乳杆菌与副格氏乳杆菌的基因组差异,对两个物种的碳水化合物活性酶家族、细菌素、CRISPR-Cas系统相关基因进行分析。结果显示,碳水化合物活性酶家族GH42只存在于副格氏乳杆菌,含有多种细菌素操纵子是副格氏乳杆菌,格氏乳杆菌只存在一种或两种细菌素操纵子,粪便来源的格氏乳杆菌同时含有IE、IIA型CRISPR-Cas系统,副格氏乳杆菌部分菌株只存在IIA型CRISPR-Cas系统,这些差异基因可能是两个物种发生聚类的原因和副格氏乳杆菌与格氏乳杆菌种内多样性高的原因。(4)对副格氏乳杆菌与格氏乳杆菌进行安全性评估,从基因层面评价包括前噬菌体、毒力因子以及耐药基因分析。结果显示,这些基因不以种属显著差异。所有菌株中在76株菌中鉴定到完整前噬菌体序列,所有菌株都检测到44个耐药基因,21个毒力因子相关基因参与粘附、抗吞噬和入侵,同时测定菌株对13种抗生素MIC发现,所有菌株对不同抗生素有不同程度的耐药。
Abstract
ge shi ru gan jun (Lactobacillus gasseri)shi chang dao 、sheng shi dao chong yao jun chong zhi yi 。yin ji ju you you liang de yi sheng te xing ,bu fen jun zhu yi ying yong yu shi pin 、yi yao deng hang ye ,dan you guan ge shi ru gan jun bi jiao ji yin zu fang mian de yan jiu reng shi kong bai 。2018nian tong guo quan ji yin zu xu lie fen xi he sheng wu xin xi fen xi ,jiang fu ge shi ru gan jun cong ge shi ru gan jun zhong hua fen chu lai ,cheng wei yi ge xin wu chong ,dan liang zhe zai ji yin ceng mian de gong xing yu cha yi reng bu qing chu 。yin ci ,quan mian de jie xi ge shi ru gan jun he fu ge shi ru gan jun ji yin zu ,bing dui liang zhe jin hang ji yin zu bi jiao ,dui ming que liang zhe de yi tong yi ji you liang jun zhu shua yo he kai fa ju you chong yao yi yi 。ben yan jiu cong ren ti fen bian ji sheng shi dao yang pin zhong shai shua ge shi ru gan jun ,bing dui jun zhu ji yin zu jin hang ce xu 。tong guo ji yin zu fen xi yan jiu jun zhu jin hua guan ji ou fen wu chong ,bi jiao ji yin zu 、fan ji yin zu le jie jun zhu ji yin zu zu cheng bing xun zhao cha yi ji yin 。ci wai ,dui jun zhu de qian shi jun ti 、du li yin zi 、nai yao ji yin jin hang yu ce ,bing ce ding jun zhu dui 13chong chang jian kang sheng su de nai yao xing ,yi ci ping gu jun zhu de an quan xing 。zhu yao jie guo ru xia :(1)cong ren ti fen bian he sheng shi dao yang pin shai shua jun zhu bing jian ding jun zhu wu chong ,jing ru gan te yi xing yin wu GroELce xu jian ding ,shua qu 130zhu “ge shi ru gan jun ”,dui jun zhu jin hang ji yin zu cao tu ce xu de dao xu lie ,yi ANI96%wei yu zhi ,chu bu jiang “ge shi ru gan jun ”fen wei liang ge zu ,yi zu you 105zhu jun zu cheng ,ji ANIfan wei zai 97.89%~99.92%;er ling yi zu you 25zhu jun zhu zu cheng ,ANIzhi fan wei zai 93.26%~94.08%,jie ge tong yuan ji yin ji guan jia ji yin ji tong fa yo jin hua fen xi ,zui zhong que ren 105zhu wei fu ge shi ru gan jun ,25zhu wei ge shi ru gan jun 。(2)wei le fen xi ge shi ru gan jun 、fu ge shi ru gan jun ge zi ji yin zu de zu cheng yu te zheng ,dui ji ji yin zu yi ban te zheng fen xi ,fu ge shi ru gan jun yu ge shi ru gan jun ji yin zu de da xiao fen bie wei 1.96 Mb、1.92 Mb,GChan liang fen bie wei 34.90%、34.82%。ci wai ,fen bie gou jian fu ge shi ru gan jun he ge shi ru gan jun de fan ji yin zu he he xin ji yin zu ,fu ge shi ru gan jun ju you kai fang xing fan ji yin zu ,han 7371ge ji yin ,he xin ji yin zu han 1274ge ji yin 。ge shi ru gan jun ju you bi ge de fan ji yin zu ,han 3614ge ji yin ,he xin ji yin zu han 1360ge ji yin 。(3)wei shen ru bi jiao ge shi ru gan jun yu fu ge shi ru gan jun de ji yin zu cha yi ,dui liang ge wu chong de tan shui hua ge wu huo xing mei jia zu 、xi jun su 、CRISPR-Casji tong xiang guan ji yin jin hang fen xi 。jie guo xian shi ,tan shui hua ge wu huo xing mei jia zu GH42zhi cun zai yu fu ge shi ru gan jun ,han you duo chong xi jun su cao zong zi shi fu ge shi ru gan jun ,ge shi ru gan jun zhi cun zai yi chong huo liang chong xi jun su cao zong zi ,fen bian lai yuan de ge shi ru gan jun tong shi han you IE、IIAxing CRISPR-Casji tong ,fu ge shi ru gan jun bu fen jun zhu zhi cun zai IIAxing CRISPR-Casji tong ,zhe xie cha yi ji yin ke neng shi liang ge wu chong fa sheng ju lei de yuan yin he fu ge shi ru gan jun yu ge shi ru gan jun chong nei duo yang xing gao de yuan yin 。(4)dui fu ge shi ru gan jun yu ge shi ru gan jun jin hang an quan xing ping gu ,cong ji yin ceng mian ping jia bao gua qian shi jun ti 、du li yin zi yi ji nai yao ji yin fen xi 。jie guo xian shi ,zhe xie ji yin bu yi chong shu xian zhe cha yi 。suo you jun zhu zhong zai 76zhu jun zhong jian ding dao wan zheng qian shi jun ti xu lie ,suo you jun zhu dou jian ce dao 44ge nai yao ji yin ,21ge du li yin zi xiang guan ji yin can yu nian fu 、kang tun shi he ru qin ,tong shi ce ding jun zhu dui 13chong kang sheng su MICfa xian ,suo you jun zhu dui bu tong kang sheng su you bu tong cheng du de nai yao 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自江南大学的周兴雅，发表于刊物江南大学2019-10-21论文，是一篇关于格氏乳杆菌论文,副格氏乳杆菌论文,菌株筛选论文,基因组比较论文,安全性评价论文,江南大学2019-10-21论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自江南大学2019-10-21论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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