禽呼肠孤病毒基因组序列模体特征分析

论文摘要

禽呼肠孤病毒(Avian reovirus, ARV)属于呼肠孤病毒科,正呼肠孤病毒属,是鸡病毒性关节炎和腱鞘炎的主要病原。机体感染禽呼肠孤病毒后,免疫力降低,导致对其它传染病的易感性增加。禽呼肠孤病毒与广泛研究的哺乳动物正呼肠孤病毒在结构与基因组组成上几乎相同。两个病毒基因组都是由10个基因片段组成的线性双股RNA,可将10个基因片段分为大(L)、中(M)、小(S)三个组。禽呼肠孤病毒三组基因片段编码λA,λB,λC,μA,μB(μBC、μBN),μNSC,μNS,P10,P17,σC,σA,σB和σNS15种蛋白质。本论文中,我们利用搜索序列模体的方法找到了禽呼肠孤病毒这15种蛋白质的功能位点。模体是蛋白质进化过程中的保守区域,它们通常对蛋白质的功能起着重要作用。因此,禽呼肠孤病毒蛋白质序列模体的特征分析对研究蛋白质结构和功能具有重要意义,并能进一步理解禽呼肠孤病毒的致病机制。为了识别禽呼肠孤病毒基因组的特征模体和禽呼肠孤病毒的致病机制,本文以禽呼肠孤病毒蛋白质序列为研究对象,从数据库NCBI中提取了240条禽呼肠孤病毒蛋白质序列,分别构建了禽呼肠孤病毒大、中、小蛋白质序列数据集,并对数据集进行了序列相似性分析。利用ScanProsite和MEME模体搜索工具,提取了所构建的数据集的序列模体,统计分析了模体出现的频次。发现禽呼肠孤病毒蛋白质序列中PS01177、PS01208、PS00198、PS00197、PS00022、PS00028和PS01185出现的频次较多。出现频数较多的模体PS00028是锌指模体具有特殊的生物学功能。经实验工作者研究发现人呼吸道合胞病毒M2蛋白也含锌指模体,并在实验上已经证明了该模体的生物学功能。禽呼肠孤病毒蛋白质含有的锌指模体也可能执行相应的生物学功能,而本论文中提取的那些未被实验验证的模体,有望为找到禽呼肠孤病毒蛋白质功能位点提供有力帮助。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 绪论
• 1.1 研究课题的背景和意义
• 1.2 国内外研究现状和进展
• 1.3 本文使用的蛋白质数据库和模体搜索工具
• 1.3.1 NCBI数据库
• 1.3.2 蛋白质PROSITE数据库
• 1.3.3 模体搜索工具
• 1.4 论文结构安排
• 第二章 禽呼肠孤病毒数据集的建立
• 2.1 禽呼肠孤病毒概述
• 2.2 建立禽呼肠孤病毒数据集
• 2.2.1 建立禽呼肠孤病毒大基因组数据集
• 2.2.2 建立禽呼肠孤病毒中基因组数据集
• 2.2.3 建立禽呼肠孤病毒小基因组数据集
• 2.3 数据集序列相似性比对分析
• 第三章 禽呼肠孤病毒模体特征分析
• 3.1 从MEME中提取序列模体
• 3.1.1 小基因组模体的提取
• 3.1.2 中基因组模体的提取
• 3.1.3 大基因组模体的提取
• 3.2 从PROSITE中提取序列模体
• 3.2.1 小基因组模体的提取
• 3.2.2 中基因组模体的提取
• 3.2.3 大基因组模体的提取
• 3.3 模体频数统计
• 3.4 模体特征分析
• 3.5 禽呼肠孤病毒与人呼吸道合胞病毒相关性
• 第四章 总结与展望
• 4.1 全文总结
• 4.2 展望
• 参考文献
• 附录
• 致谢
• 攻读硕士学位期间发表和完成的论文目录