山东省三种地方鸡遗传多样性现状的微卫星标记研究

论文摘要

本文采用非变性PAGE法分析鸡微卫星DNA,在62种微卫星引物中筛选出多态性丰富且扩增条带清晰稳定的20对引物。利用微卫星标记技术检测了山东省3种地方鸡种:汶上芦花鸡(LH)、济宁百日鸡(BR)和日照琅琊鸡(LY)的遗传现状,统计分析了各群体的等位基因数(NA)、多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H)、群体间的遗传距离(DS)和相似系数(I)等。结果如下:汶上芦花鸡群:在20对微卫星位点上检测出24个等位基因,每个位点的等位基因数从2到6个不等,大小在100bp～300bp之间。位点CAU008、CAU052在群体中的等位基因数最多,为6,各位点的等位基因频率也各不相同;LH群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.4500、0.5789,其中观测杂合度位点CAU008、CAU041最高为0.7000,位点CAU049、CAU054最低,为0.15000。济宁百日鸡群:百日鸡在20个微卫星位点上检测检测出23个等位基因,每个位点的等位基因数从2到4个不等,位点CAU008、CAU052在群体中的等位基因数最多,为4,群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.3850、0.5488,其中位点CAU013、CAU052最高为0.8000,位点CAU049、CAU025最低,为0.15000。日照琅琊鸡群:琅琊鸡群在20个微卫星位点上检测出21个等位基因,每个位点的等位基因数从2到6个不等,位点CAU008在群体中的等位基因数最多,为6。平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.4375、0.5731,其中位点CAU013、最高为0.9500,位点CAU053、CAU054最低,为0.2000。对3种鸡群体综合分析,统计分析了各群体多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H)、群体间的遗传距离(DS)和相似系数(I)等,采用UPGMA法构建系统发生树。估计群体间的遗传分化,综合评价3种鸡群体的遗传多样性现状。结果表明:3种地方鸡在20个微卫星位点上共发现了68个等位基因,每个位点的等位基因数为2个到6个不等;每个群体的平均等位基因数分别为3.4、2.65和2.1;大小在110～300bp之间。期望杂合度与观测杂合度比较接近,多态信息含量在汶上芦花鸡(LH)中最大,为0.5015;在济宁百日鸡(BR)中最小,为0.4571。以Nei氏遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明:济宁百日鸡(BR)与日照琅琊鸡(LY)间的遗传相似系数最大,为0.8260,遗传距离最小,为0.1911;汶上芦花鸡(LH)与琅琊鸡(LY)间的遗传相似系数最小,为0.7230,遗传距离最大,为0.3243。3个品种鸡可聚为两类,济宁百日鸡与琅琊鸡聚为一类,汶上芦花鸡独自聚为一类。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 英文缩略表
• 1 引言
• 1.1 遗传多样性及其研究方法
• 1.2 分子遗传标记的主要特点及其发展
• 1.2.1 RFLP
• 1.2.2 AFLP
• 1.2.3 SSR
• 1.2.4 SNP 标记
• 1.2.5 RAPD
• 1.2.6 其它DNA 分子标记
• 1.3 微卫星DNA 的多态性及其形成机理
• 1.4 我国地方鸡品种资源及其遗传多样性研究概况
• 1.4.1 我国具有丰富的地方鸡品种资源
• 1.4.2 微卫星用于鸡遗传多样性研究
• 1.4.3 微卫星DNA 标记在其它动物中遗传多样性的研究
• 1.5 本研究的目的及意义
• 2 材料与方法
• 2.1 实验材料
• 2.2 主要的仪器设备
• 2.3 主要的试剂及工具酶
• 2.3.1 试剂及配制
• 2.3.2 工具酶及克隆工具
• 2.3.3 菌株和克隆载体
• 2.4 微卫星引物及来源
• 2.5 实验方法
• 2.5.1 提取基因组DNA
• 2.5.2 微卫星PCR 扩增及琼脂糖凝胶电泳检测
• 2.5.3 微卫星PCR 产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳
• 2.5.4 PCR 扩增产物的回收、克隆、测序
• 2.6 数据统计分析
• 3 结果与分析
• 3.1 基因组DNA 提取结果
• 3.2 微卫星PCR 扩增结果
• 3.3 12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结果
• 3.4 微卫星目的片段的克隆测序
• 3.5 汶上芦花鸡群体的遗传多样性分析
• 3.5.1 等位基因组成
• 3.5.2 遗传杂合度和多态信息含量
• 3.6 济宁百日鸡群体的遗传多样性分析
• 3.6.1 群体内等位基因组成
• 3.6.2 遗传杂合度和多态信息含量
• 3.7 日照琅琊鸡群体的遗传多样性分析
• 3.7.1 群体内等位基因组成
• 3.7.2 遗传杂合度和多态信息含量
• 3.8 3种地方鸡群体遗传多样性的分析
• 3.8.1 3种鸡群体在各位点等位基因组成
• 3.8.2 遗传杂合度和多态信息含量
• 3.8.3 哈代－温伯格平衡（H-W）和群体遗传分化
• 3.8.4 群体间的亲缘关系
• 4 讨论
• 4.1 样本中各品种的纯度、抽样方式
• 4.2 关于聚丙烯酰胺凝胶电泳
• 4.2.1 聚丙烯酰胺凝胶的浓度
• 4.2.2 变性PAGE 与非变性PAGE 在分析微卫星标记时的差别
• 4.2.3 非变性PAGE 中的DNA 条带的判读
• 4.2.4 染色与显色
• 4.3 关于微卫星位点的多态性检测
• 4.3.1 微卫星位点的保守性与种间的可利用性
• 4.3.2 各群体的哈代－温伯格平衡
• 4.3.3 群体间的遗传变异
• 4.4 微卫星标记在遗传多样性评估中的可行性及问题
• 4.5 关于杂合度与品种保护
• 5 结论
• 参考文献
• 致谢
• 个人简介