导读:本文包含了全长基因组论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:甘蔗,PacBio全长转录组,选择性剪接,保守性转录本
全长基因组论文文献综述
徐慧敏[1]（2019）在《甘蔗现代栽培杂种及其两个祖先种全长转录组比较研究和菠萝基因组数据库》一文中研究指出本文包括两部分内容,第一部分是甘蔗现代栽培杂种及其两个祖先种全长转录组比较研究,第二部分内容是菠萝基因组数据库的构建,两部分内容概述如下。第一部分:甘蔗现代栽培杂种及两个祖先种全长转录组比较研究甘蔗属于禾本科甘蔗属,是多年生的热带和亚热带作物,是重要的糖料和生物燃料作物。甘蔗基因组多倍体特征比较复杂,长期以来甘蔗基因组没有破译,使其转录组等重要分子遗传背景的基础研究受到很大的限制。最近我们项目组首次破译甘蔗割手密种基因组,在此基础上,本研究对甘蔗祖先种高贵种和割手密种以及现代栽培杂种进行叶片全长转录组测序以揭示叁个种的转录组特征以及对种间转录组特点进行比较,主要结果如下:1)叁个种选择性剪接事件和基于选择性剪接的蛋白结构域变异在割手密种SES 208和高贵种LA purple以及现代栽培杂种ROC22中分别鉴定到18,082、34,662和25,882个选择性剪接事件,且均以内含子保留剪接类型占比例最多。在干旱胁迫条件下,基因选择性剪接也会发生类型和数量的变化。在叁个种中,分别有3114(9.0%)、5811(9.6%)和5085(8.1%)个表达基因由于选择性剪接导致发生蛋白结构域变异。2)多倍体甘蔗等位基因之间选择性剪接的差异在割手密种SES 208和高贵种LA purple中,分别有93.4%和91.7%的至少含有两个等位基因的基因座存在其中一个等位基因比其它等位基因具有显着的剪接指数,说明在两个高倍体甘蔗种中选择性剪接存在等位优势。3)导致无义介导m RNA衰减(NMD)的选择性剪接事件在割手密种SES 208、高贵种LA purple以及现代栽培杂种ROC22中发现,分别有29.0%、30.0%和28.3%的选择性剪接会导致无义介导m RNA衰减,NMD的转录本表达量相对较低,说明该机制是甘蔗中一种重要的m RNA监测机制。4)多聚腺苷酸化鉴定、长非编码RNA鉴定以及转录因子预测在甘蔗割手密种SES 208、高贵种LA purple以及现代栽培杂种ROC 22中分别预测到25,915(73.8%)、51,098(80.4%)和53,379(78.7%)个基因至少含有一个多聚腺苷酸化位点(poly A),大部分位点位于3’UTR区域;在叁个种中分别预测到了7,268、3,064和15,414个Lnc RNA,并对其进行了分类。还发现有些选择性剪接的发生也会导致Lnc RNA的产生,可能发挥重要的生物学作用;同时在叁个种中分别预测到4,425、8,300和8,012个转录因子。且这些转录因子选择性剪接模式的比例与总体的选择性剪接模式相似。5)叁个种之间转录本保守性在两个祖先种割手密种SES 208和高贵种LA purple之间,一共鉴定到了21,075个保守转录本和4,352个保守性选择性剪接事件,且内含子保留剪接类型比例最高,其中这两个种中分别有1,468和1,599个保守性NMD。在现代栽培杂种ROC 22与割手密种SES 208之间有22,228保守转录本,与高贵种LA purple之间有35,935个保守性转录本,与两者都保守的转录本有11,548个。第二部分:菠萝基因组学数据库构建菠萝是单子叶植物,与禾草祖先经历多次基因组加倍事件,在进化上处于单双子叶分化位置,是禾本科作物比较基因组分析中最好的参考基因组,也是研究凤梨科和景天酸代谢光合作用植物的很好的参考模型。本研究开发了菠萝基因组数据库(PGD:http://pineapple.zhangjisenlab.cn/pineapple/html/index.html)为菠萝基因组序列信息搭建良好平台,存储和管理菠萝生物数据,数据库的主要内容有:1)基因功能注释:本研究中分别有47.2%、15.6%和25.0%的基因注释到蛋白结构域和功能、KEGG生物通路途径和GO功能,共有50.2%的基因模型得到功能注释。在PGD中,可根据基因ID、GO ID、KEGG ID和Inter Pro ID访问与查询。2)分子标记:本研究鉴定到了4,629个基因编码序列SSR标记和46,860个基因组水平SSR标记,共收集了89份基因组重测序菠萝种质,鉴定到了7,252,423个SNPs位点和923,469个indels,17,540个IP位点,这些结果展示在菠萝基因组数据库中,为用户提供了详细的信息。3)比较基因组:禾本目于100-120万年前发生了香蕉和棕榈树的谱系分离,早期的σ复制事件(σWGD)发生在禾本目ρ复制事件(ρWGD)之前。没有发生过ρWGD的菠萝可以作为最接近禾本目种类的已测序谱系的代表性植物,本研究将菠萝和这八个物种(水稻、葡萄、浮萍、芦笋、油棕、海枣、高粱和野芭蕉)进行了全基因组比较分析,用户可以通过PGD查询关于直系同源对的菠萝基因的详细信息。这有助于研究人员了解菠萝基因组与相应物种之间的共线性和进化关系。4)基因表达量和基因共表达的搜索工具:将菠萝多个品种多个组织的表达量和基因间相关表达系数呈现于PGD中,用户可以轻松地在菠萝数据库中进行访问并查询。5)BLAST和基因组可视化工具:使用Viro Blast进行序列同源性搜索。使用基因组浏览器(JBrowse)对基因组的注释信息、单核苷酸多态性位点标记和多种组织转录组(包括叶、根、花和果实)数据进行可视化。(本文来源于《福建农林大学》期刊2019-04-01）
朱传凤,瓦晓霞,包红,寇桂英,傅生芳[2]（2019）在《人呼吸道合胞病毒兰州株基因组全长cDNA克隆的构建及鉴定》一文中研究指出目的构建用于呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)体外拯救的RSV基因组全长cDNA克隆,并进行鉴定。方法根据RSV Long株基因组序列设计并合成引物,利用RT-PCR技术分6段扩增RSV LZ01/09基因组序列并构建克隆载体;测序后,利用重迭PCR与酶切连接技术,根据基因组序列选择特异性酶切位点,引入Kpn I、Xma I和Sal I酶切位点,构建成4个亚克隆载体;将亚克隆载体的插入片段连接至经过改造且包含T7启动子、锤头状核酶、多克隆位点、丁肝核酶、T7终止子的p RSV1载体中,构建RSV基因组全长cDNA克隆;对克隆全长cDNA序列进行测定,与亲本RSV LZ01/09基因组进行同源性比对分析,并与RSV实验参比株进行系统进化树分析。结果测序结果显示,RSV LZ 01/09的基因组全长为15 204 bp,与GenBank公布的RSV基因组序列长度相当,将完整的序列提交GenBank,登录号为KY782635;酶切及测序结果显示,用于RSV全长cDNA克隆构建的基本载体p BSKS-MCS(简称p RSV1)与预期相符,RSV全长基因组cDNA克隆质粒(简称转录载体p RSV1-4F)酶切片段大小与预期一致;同源性比对结果显示,全长cDNA序列与亲本RSV LZ01/09基因组序列同源性高达99.83%;系统进化树分析结果显示,其与RSV-A亚型序列同属于一个分支。结论测序及酶切分析结果表明已成功构建RSVLZ01/09基因组全长cDNA克隆,为建立拯救RSV重组病毒的反向遗传学系统平台奠定了基础。(本文来源于《微生物学免疫学进展》期刊2019年01期）
朱璐宇[3]（2018）在《犬副流感弱毒疫苗株全基因组序列分析及基因组全长cDNA克隆质粒、辅助质粒的构建》一文中研究指出犬副流感(Canine parainfluenza)是由犬副流感病毒(Canine parainfluenza virus,CPIV)引起的一种犬的呼吸道传染病,临床上以发热、咳嗽和流涕为特征。CPIV也可引起急性脑脊髓炎和脑积水,临床表现为后肢麻痹和运动失调等。疫苗接种能有效预防该病,弱毒疫苗是目前使用最为广泛的犬副流感疫苗。本研究对犬副流感弱毒疫苗株NL/CPI/5进行了全基因组序列测定,并与GenBank中19株5型副流感病毒分离株基因组进行比较分析,结果显示:NL/CPI/5株全基因组长为15246个核苷酸(Nucleotides,nt),与2014~2017年在中国分离的CC-14、ZJQ-221、BC14和HeN0718四个CPIV毒株的全基因组核苷酸数量一致。NL/CPI/5株与2009年韩国分离毒株1168-1的核苷酸序列同源性最高,同源率为99.9%,与中国分离毒株ZJQ-221、CC-14、BC14和HeN0718株的核苷酸同源率较高,分别为99.8%、99.1%、99%和97.1%。NL/CPI/5株与ZJQ-221、CC-14、BC14和HeN0718株F蛋白基因的核苷酸同源率分别为99.7%、99.2%、99.2%和96.4%,氨基酸同源率分别为98.9%、98.6%、98.6%和96.2%。NL/CPI/5株与ZJQ-221、CC-14、BC14和HeN0718株HN蛋白基因的核苷酸同源率分别为99.5%、99.4%、99.3%和97.8%,氨基酸同源率分别为98.9%、98.8%、98.6%和97.5%。分析结果表明:我国CPIV流行毒株遗传基本稳定,主要抗原蛋白F和HN基因变异率比较低,与弱毒疫苗株NL/CPI/5主要蛋白基因序列和氨基酸序列差异均不明显。CPIV可以感染许多动物和人,感染其它动物和人一般呈现隐性感染,不引起疾病,仅仅感染犬可引起呼吸道疾病。因此,CPIV具有作为活疫苗载体的潜力。反向遗传操作技术的发展和成熟,使得犬副流感弱毒疫苗株作为新型活病毒疫苗载体成为可能。在弱毒疫苗株NL/CPI/5全基因组序列测定的基础上,构建了该疫苗株基因组全长cDNA克隆,并在基因组上游引入锤头状核酶序列(Hammerhead ribozyme sequence,HamRz),在基因组下游引入丁型肝炎病毒核酶序列(Hepatitis delta virus ribozyme sequence,HdvRz),并克隆至真核表达载体pCI中CMV-IE启动子下游,构成NL/CPI/5株基因组全长cDNA克隆质粒pCI-CPIV。在此基础上,再通过PCR方法在cDNA P和M蛋白基因ORF之间进行碱基定点突变,引入MluⅠ和SalⅠ限制性酶切位点,并分别将报告基因GFP基因和狂犬病病毒(Rabies virus,RABV)ERA疫苗株的G蛋白基因插入到MluⅠ和SalⅠ位,同时在GFP或ERA G蛋白基因下游引入CPIV自身聚合酶蛋白L识别的转录终止序列GE及自身聚合酶蛋白M识别的转录起始序列GS,构成分别含有GFP基因和ERA株G蛋白基因的重组NL/CPI/5株基因组全长cDNA克隆质粒pCI-CPIV-EGFP和pCI-CPIV-ERAG。同时,分别将NL/CPI/5株N、P、L蛋白基因克隆至真核表达载体pCI中CMV-IE启动子下游,构成分别表达NL/CPI/5株N、P、L蛋白的辅助质粒pCI-CPIVN、pCI-CPIVP和pCI-CPIVL。采用磷酸钙转染的方法,用质粒pCI-CPIV-EGFP、pCI-CPIVN、pCI-CPIVP和pCI-CPIVL共转染BSR细胞,转染后2d在荧光显微镜下可观察到表达GFP的BSR细胞,表明含有GFP基因的CPIV基因组cDNA在CMV-IE启动子作用下可正确转录,核酶HamRz和HdvRz也能精确剪切,形成与病毒RNA一致的RNA分子,同时3个辅助质粒也能正确的表达CPIV N、P和L蛋白,为建立CPIV反向遗传操作技术平台奠定了基础。(本文来源于《内蒙古农业大学》期刊2018-06-01）
范旭东,张尊平,任芳,胡国君,李正男[4]（2018）在《葡萄浆果内坏死病毒变种类型1分离物全长基因组序列分析》一文中研究指出近年来,随着高通量测序技术的运用,国内陆续发现和报道了一些新的葡萄病毒~([1～4]),但由于尚缺乏相关的基础性研究及防治措施,给葡萄产业的健康发展带来一定影响。其中,葡萄浆果内坏死病毒(Grapevine berry inner necrosis virus,GINV)为2016年国内新报道的葡萄病毒,可引起一些葡萄砧木和品种产生褪绿斑驳和环斑症状,造成严重(本文来源于《植物病理学报》期刊2018年03期）
简银巧[5]（2017）在《热带玉米全长泛转录组和基因组大小变异及应用》一文中研究指出玉米是重要的粮食、饲料和燃料作物。完善的参考基因组对玉米基因组学研究和分子育种具有重要的意义。玉米B73基因组自2009年公布以来,其在玉米分子育种和玉米功能基因组研究中起到重要的作用。由于玉米基因组多样性和起源于热带,温带玉米自交系B73缺少热带玉米特异的基因和多样性。另外,虽然有研究发现基因组大小与开花可能存在一定关系,但种植地点单一,不能同时反映温带和热带地区的情况;而且用其它基因组特征作为开花早晚标记的报道也很少。由于温热带玉米种质基因组差别大,在使用现有玉米芯片进行种质资源评价、标记开发和基因初步定位等过程中,基于B73或温带种质的玉米芯片来评价热带玉米种质就会产生偏差。为了解决以上问题,本研究对79份温热带玉米自交系进行重测序,并对其中的31份热带玉米自交系进行叁代转录组混池测序。利用流式细胞技术测量温热带玉米基因组大小,利用重测序数据计算180-bp染色体结序列丰度,并结合开花期分析叁者之间的关系;基于重测序数据分析得到的热带玉米种质特异的SNP等,开发了一款提高基因组覆盖度的新型55 K SNP芯片。主要结果和结论如下:1.对31份热带玉米自交系两周的幼苗和五周的顶端分生组织进行叁代转录组混池测序,构建叁个大小分别为1-2 Kb、2-3 Kb和3-6 Kb的文库,分析表明其平均插入序列长度依次为1,511bp、2,246 bp和3,681 bp。对定位到基因组上的测序序列进行染色体密度分布统计,发现测序序列均匀地分布于染色体上。读取经过聚类、校正和去冗余之后,有35.63%的序列能够比对到参考基因组上。2.与参考序列注释比较,得到已知注释基因16,121个、未知功能基因2,991个,并且得到944个融合基因。对基因结构进行了优化,包括对5’和3’端进行延长,得到41,136条序列,有9,932个基因。3.温带玉米自交系与热带玉米自交系之间的基因组大小存在着显着的差异;并且基因组大小与玉米染色体结180-bp序列丰度呈中度正相关。通过对回帖到180-bp染色体结序列上的读取进行拼接发现丰度排名前十条的180-bp染色体结序列高度变异,只有50%的相似性。4.表型调查及分析结果显示,无论在热带地区还是温带地区,无论热带自交系还是温带自交系,无论雌花还是雄花,基因组大小均与开花正相关。通过全基因组关联分析确定了叁个与基因组大小相关的位点,其中两个是新发现的,另外一个位点位于已知的染色体结K8L1和K8L2附近。5.基于重测序基因组数据的SNP和已发表的368份玉米转录组数据的SNP,开发了新型玉米55 K芯片。该芯片的特点是:(1)使用了热带玉米自交系特有序列中的SNP,提高了该芯片的基因组覆盖度;(2)使用支持向量机训练已知杂种优势群的SNP,获得能够区分杂种优势群的SNP,为该芯片引入能够更好的区分杂种优势群PA和PB群的SNP标记;(3)包括能够检测转基因事件的SNP标记;(4)引入了经典基因的SNP;(5)从现有芯片引入了一套核心SNP。综上所述,这些结果为热带玉米种质提供了特异的基因组信息,为利用热带种质进行分子育种和种质资源评价提供理论基础和技术支持。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2017-05-01）
李嘉祺[6]（2017）在《EGFP嵌合柯萨奇A组16型病毒基因组全长cDNA感染性克隆的构建及初步研究》一文中研究指出柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CA16)属小RNA病毒科、肠道病毒属,是引起婴幼儿手足口病(Hand,foot,andmouthdisease,HFMD)的主要病原体之一,在全球范围内曾出现多次大规模爆发流行。CA16感染引起的主要临床症状包括手、足、口部疱疹等,多数病例较轻并具有自限性,但也存在少量个别病例出现无菌性脑膜炎、脑干脑炎、肺水肿和肺出血等重症并导致死亡。疫情的爆发已经成为危害婴幼儿健康的重大社会公共卫生问题,目前临床上仍缺乏防治CA16感染的特效药物和疫苗,因此对于CA16病原学特征的深入研究显得尤为重要。利用反向遗传学技术构建感染性克隆解决了 RNA病毒基因组难以操作的问题,是在cDNA水平上研究RNA病毒的有力工具,能够在体外对病毒基因组进行突变、缺失、嵌合等操作后,由感染性克隆体外转录获得病毒基因组RNA,并转染易感细胞可获得拯救病毒,通过对比这些操作其表型、性状变化的影响,为研究RNA病毒的基因的结构与功能、病毒复制机制和致病机理提供崭新的途径。首先我们构建了 CA16(G20株)基因组全长cDNA感染性克隆。以病毒基因组RNA为模板扩增得到CA16基因组全长cDNA,并将其通过TOPO-TA克隆进入载体。利用T7聚合酶系统以线性化的重组质粒为模板进行体外转录反应得到CA16病毒基因组RNA,并将CA16基因组RNA转染Vero获得拯救病毒,经基因组序列分析、RT-PCR、免疫荧光和透射电镜鉴定,确定拯救病毒为柯萨奇病毒A组16型。CA16拯救病毒的蚀斑形态、体外增殖动力学曲线和乳鼠感染致病特征与其母本CA16野生型病毒基本一致,良好地保留了母本病毒的生物学性状、增殖特性和动物感染与致病特征。在成功构建CA16基因组全长cDNA感染性克隆并获得CA16拯救病毒的研究基础上,我们利用反向遗传学方法将增强型绿色荧光蛋白(Enhanced green fluorescent protein,EGFP)EG基因通过融合PCR插入上述CA16病毒的基因组的5'UTR和VP4基因之间中,并在EGFP基因和VP4基因之间引入2A蛋白酶切割位点,成功构建了 EGFP嵌合CA16基因组全长cDNA感染性克隆。经基因组序列分析、RT-PCR、Western blot、免疫荧光和透射电镜鉴定以及体外Real-time PCR、荧光强度观察、荧光定量分析和动物体内组织冰冻切片荧光观察确定,成功获得了一株表达绿色荧光蛋白报告基因的EGFP嵌合CA16拯救病毒。通过荧光显微镜观察EGFP的表达情况就可以直观指示病毒的生长情况。EGFP嵌合CA16拯救病毒的蚀斑形态、体外增殖动力学曲线和乳鼠感染致病特征与其母本CA16野生型病毒基本一致,但通过对感染乳鼠的生存率、相关组织病毒载量和病理改变的分析后发现,EGFP嵌合CA16拯救病毒的乳鼠致病性较CA16野生型病毒略低。综上所述,本研究利用反向遗传学技术,通过构建CA16感染性克隆和EGFP嵌合CA16感染性克隆并获得拯救病毒,为进一步研究CA16病毒基因功能,寻找病毒毒力位点,检测病毒对细胞的感染情况,定位追踪病毒感染途径和部位,深入研究CA16致病机理和CA16抗病毒药物筛选和疫苗研发奠定基础。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2017-05-01）
黄旭和,于国龙,周平平,颜瑾,赵锦[7]（2016）在《一株HIV-1 01_AE/07_BC独特重组病毒近全长基因组分析》一文中研究指出目的对在深圳发现的一例gag和env基因片段亚型不一致的HIV感染者样本进行近全长基因组扩增和序列分析,以了解其重组特征并分析可能的来源。方法利用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列,使用Sim Plot 3.5软件分析全长基因组序列中的重组断点,并采用分片段构建进化树的方法确认重组断点。对长度超过300 bp的片段与相应亚型的全部近全长基因组序列构建进化树,分析亲本毒株可能的来源。结果经扩增测序获得1条长度为8 975 bp的HIV-1近全长基因组序列。断点分析结果表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组而成,重组断点相应于HXB2的位置分别为1 185、1 817、8 782、9 043和9 216,其中片段Ⅰ、Ⅲ、Ⅴ来源于CRF01_AE毒株,片段Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ来源于CRF07_BC毒株。亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅱ成簇的CRF07_BC序列主要来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为74%,片段Ⅲ与CRF01_AE的簇5病毒成簇,其中多数序列来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为100%。结论本文获得了一株CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的独特型重组病毒,其亲本病毒与我国北方男男同性恋人群流行的毒株同源,有可能来源于深圳本地性传播人群中流行的病毒。(本文来源于《中国热带医学》期刊2016年11期）
翟少华,魏玉圆,王伟,毛丽萍,程瑶[8]（2016）在《利用Gibson Assembly法构建狂犬病SRV9突变株全长基因组cDNA的克隆》一文中研究指出研究目的狂犬病病毒(Rabies virus,RV)共编码核蛋白(Nucleoprotein,N)、磷酸化蛋白(Phosphoprotein,P)、基质蛋白(Matrix protein gene,M)、糖蛋白(Glycoprotein gene,G)和多聚酶蛋白(RNA dependent RNA polymerase,L)五种结构蛋白[1]。在G蛋白与L蛋白的编码区之间存在423个核苷酸间隔区内有1个高度保守的特征性匿名区域,即ψ区,并且缺失该区域不会影响病毒在细胞中的增殖[2]。本研究应用Gibson Assembly连接法高效准确的完成了(本文来源于《中国畜牧兽医学会兽医病理学分会、中国病理生理学会动物病理生理专业委员会、中国实验动物学会实验病理学专业委员会2016年学术研讨会论文集》期刊2016-07-01）
刘芳,庹德财,沈文涛,言普,黎小瑛[9]（2016）在《混合感染番木瓜PRSV/PLDMV株系基因组全长cDNA的克隆和实时荧光定量PCR分析》一文中研究指出番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)与番木瓜畸形花叶病毒(Papaya leaf distortion mosaic virus,PLDMV)存在混合感染的现象,近年来混合感染发病率逐年递增,是一种新的威胁番木瓜种植业的病毒病害。运用RT-PCR和RACE方法从混合感染样品中克隆获得2种病毒基因组全长c DNA,分别命名为PRSV-LM和PLDMV-LM,Gen Bank登录号分别为KT633943和KT633944,基因组序列大小分别为10 325、10 153 nt(不包括3′端的poly A)。序列分析表明:PRSV-LM与单独感染样品中的PRSV海南分离物HN(Gen Bank登录号:EF183499)的核苷酸序列和氨基酸序列相似性最高,为94%;PLDMV-LM与单独感染样品中的PLDMV海南分离物Hainan-DF(Gen Bank登录号:JX974555)核苷酸和氨基酸序列相似性最高,分别高达99%和97%。进化树分析显示,PRSV-LM和PLDMV-LM分别与单独感染样品的PRSV和PLDMV海南分离物有共同的进化起源。进一步利用实时荧光定量PCR对混合感染样品的PRSV与PLDMV病毒积累量进行分析,结果表明,混合感染样品中PLDMV病毒积累量大约是PRSV含量的100倍。研究结果为进一步探究PRSV/PLDMV混合感染发病机制奠定基础。(本文来源于《热带作物学报》期刊2016年04期）
云涛,陈柳,张存,倪征,华炯钢[10]（2015）在《鸭坦布苏病毒基因组全长cDNA克隆构建与分析》一文中研究指出根据鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)ZJ-407株全基因组序列设计并合成4对特异的Infusion引物,应用RT-PCR技术分4段扩增了DTMUV全基因组c DNA。通过In-fusion技术将扩增的c DNA重迭片段A,B,C和D片段分别克隆到载体p BluescriptⅡKS(+)中,获得了DTMUV全长基因组c DNA克隆p SK-T7-DTMUV。在扩增5'末端时,引入T7启动子序列;在基因组3'末段引入SmaⅠ酶切位点,以供c DNA模板的线性化之用。核酸序列分析表明,DTMUV毒株基因组全长为10 990个核苷酸,与DTMUV ZJ-407 DF-1细胞分离株的同源性为99.9%;全长基因组中有9个核苷酸发生突变,其中7处为沉默突变,2处导致相对应的氨基酸发生改变,且这两处均位于非结构蛋白NS5。结果表明,本研究成功构建了DTMUV ZJ-407株基因组全长c DNA,为其感染性c DNA的拯救奠定基础。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2015年11期）
全长基因组论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的构建用于呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)体外拯救的RSV基因组全长cDNA克隆,并进行鉴定。方法根据RSV Long株基因组序列设计并合成引物,利用RT-PCR技术分6段扩增RSV LZ01/09基因组序列并构建克隆载体;测序后,利用重迭PCR与酶切连接技术,根据基因组序列选择特异性酶切位点,引入Kpn I、Xma I和Sal I酶切位点,构建成4个亚克隆载体;将亚克隆载体的插入片段连接至经过改造且包含T7启动子、锤头状核酶、多克隆位点、丁肝核酶、T7终止子的p RSV1载体中,构建RSV基因组全长cDNA克隆;对克隆全长cDNA序列进行测定,与亲本RSV LZ01/09基因组进行同源性比对分析,并与RSV实验参比株进行系统进化树分析。结果测序结果显示,RSV LZ 01/09的基因组全长为15 204 bp,与GenBank公布的RSV基因组序列长度相当,将完整的序列提交GenBank,登录号为KY782635;酶切及测序结果显示,用于RSV全长cDNA克隆构建的基本载体p BSKS-MCS(简称p RSV1)与预期相符,RSV全长基因组cDNA克隆质粒(简称转录载体p RSV1-4F)酶切片段大小与预期一致;同源性比对结果显示,全长cDNA序列与亲本RSV LZ01/09基因组序列同源性高达99.83%;系统进化树分析结果显示,其与RSV-A亚型序列同属于一个分支。结论测序及酶切分析结果表明已成功构建RSVLZ01/09基因组全长cDNA克隆,为建立拯救RSV重组病毒的反向遗传学系统平台奠定了基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
全长基因组论文参考文献
[1].徐慧敏.甘蔗现代栽培杂种及其两个祖先种全长转录组比较研究和菠萝基因组数据库[D].福建农林大学.2019
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[3].朱璐宇.犬副流感弱毒疫苗株全基因组序列分析及基因组全长cDNA克隆质粒、辅助质粒的构建[D].内蒙古农业大学.2018
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标签：甘蔗; PacBio全长转录组; 选择性剪接; 保守性转录本;