TLR2基因的SNPs及其与奶牛乳腺炎相关性研究

论文摘要

奶牛乳腺炎是奶业经济损失最严重的疾病,遗传因素是影响奶牛乳腺炎发生的因素之一。TOLL样受体家族（Toll-like receptor,TLR）能在病原体入侵机体早期启动天然免疫,在抗感染中起着重要作用。本研究采用PCR-RELP、CRS-RFLP和基因测序技术研究了297头中国荷斯坦牛奶牛TLR2基因SNPs及其与奶牛乳腺炎相关性。结果如下:扩增TLR2基因的编码区部分序列,测序结果表明:在10098、10111和11541三个位点发现多态性。10098位点碱基突变由T/G,导致编码蛋白质的天冬氨酸突变为谷氨酸,PCR-RELP结果发现AA（295bp）、AB（295bp/186 bp/109 bp）和BB（186 bp/109 bp）3种基因型,A等位基因占优势。10111位点存在A/G突变,导致编码蛋白质的甘氨酸突变为丝氨酸,CRS-RFLP分析发现CC（90bp/20bp/20bp）和CD（110bp/90bp/20bp/20bp）2种基因型,C等位基因占优势。11541位点存在T/C突变,没引起编码蛋白变异,CRS-RFLP分析发现EE（90bp/21bp）、EF（101bp/90bp/21bp）和FF（101bp）3种基因型,F等位基因占优势。群体遗传学分析表明:中国荷斯坦奶牛在TLR2基因三个多态位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态,研究群体在10098多态位点达到中度多态,在10111和11541多态位点达到低度多态。利用SAS的一般线性模型,对TLR2基因的3个多态位点的基因型与体细胞评分（SCS）进行相关分析。结果表明10098位点不同基因型对SCS差异显著（P＜0.05）,AA、AB基因型个体的SCS值显著高于BB型个体（P＜0.05）,AA基因型个体与AB型个体差异不显著（P＞0.05）,而TLR2基因10111位点和11541位点不同基因型与研究群体乳腺炎SCS指标差异不显著（P＞0.05）。三个位点联合分析发现5个等位基因,共组成7种基因型。H1H4和H1H1基因型个体的SCS值都显著高于HIH2和H2H2基因型个体（P＜0.05）,说明HIH2和H2H2基因型个体具有更好的抗乳腺炎潜力。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1 文献综述
• 1.1 奶牛乳腺炎的研究进展
• 1.1.1 奶牛乳腺炎的概述
• 1.1.2 奶牛乳腺炎的发生
• 1.1.3 奶牛乳腺炎的诊断
• 1.1.4 奶牛乳腺炎的遗传学研究
• 1.2 TLR2基因研究进展
• 1.2.1 TLRS概述
• 1.2.2 TLR2简介
• 1.2.3 TLR2基因定位
• 1.2.4 TLR2基因的表达部位及形式
• 1.2.5 TLR2基因的配体
• 1.2.6 TLR2基因的作用机制
• 1.2.7 TLR2基因的生物学功能
• 1.2.8 TLR2与临床疾病
• 1.3 研究的主要内容
• 1.4 研究的目的与意义
• 2 试验材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.1.1 供试样本
• 2.1.2 数据的收集
• 2.1.3 主要试验设备及来源
• 2.1.4 试验主要试剂及配置
• 2.1.5 引物设计
• 2.2 试验方法
• 2.2.1 试验总技术路线
• 2.2.2 基因组DNA提取
• 2.2.3 PCR反应及目的产物检测
• 2.2.4 PCR扩增产物的SSCP分析及酶切基因型判定
• 2.3 测序
• 2.4 酶切分析
• 2.5 数据统计分析
• 2.5.1 数据处理
• 2.5.2 遗传多态性分析
• 2.5.3 Hardy-Weinberg平衡状态的检验
• 2.5.4 TLR2基因各多态位点与奶牛乳腺炎之间的相关性
• 3 结果与分析
• 3.1 模板DNA抽提
• 3.2 PCR扩增结果
• 3.3 中国荷斯坦奶牛TLR2基因多态位测序结果及分析
• 3.4 创造酶切位点PCR扩增
• 3.5 中国荷斯坦奶牛TLR2基因多态位点酶切电泳结果
• 3.6 中国荷斯坦奶牛TLR2基因各位点基因及基因型频率分析
• 3.6.1 TLR2基因10098位点的基因型频率、基因频率分析
• 3.6.2 TLR2基因10111位点的基因型频率、基因频率分析
• 3.6.3 TLR2基因11541位点的基因型频率、基因频率分析
• 3.7 群体的x2检验、多态信息含量、杂合度及有效等位基因数
• 3.8 TLR2基因各位点基因型与乳腺炎性状的关联分析
• 3.9 TLR2基因三位点基因型的联合分析
• 4 讨论
• 4.1 样品的采集、保存
• 4.2 关于DNA抽提的优化
• 4.3 PCR反应体系与反应条件的优化
• 4.4 影响SCS因素及实验模型的选择
• 4.5 TLR2基因多态性与荷斯坦奶牛乳腺炎的关系
• 5 结论
• 参考文献
• 致谢
• 攻读硕士论文期间发表论文情况