华中地区I型人类免疫缺陷病毒（HIV-1）分子流行病学及耐药基因型的研究

论文题目: 华中地区I型人类免疫缺陷病毒（HIV-1）分子流行病学及耐药基因型的研究

论文类型: 博士论文

论文专业: 微生物

作者: 苏擘

导师: 陈志伟,张林琦

关键词: 分子流行病学,耐药性突变,河南,湖北,中国

文献来源: 武汉大学

发表年度: 2005

论文摘要: 1.我国中部河南省和湖北省有偿供血人群中HIV-1的分子流行病学研究 自从HIV-1传入我国以来在我国的传播速度速度日益增长,范围越来越广。在河南和湖北等省许多地区,通过有偿供血感染HIV-1的人群引起了社会各界的广泛关注。为了研究河南和湖北省有偿供血人群中流行的HIV-1的遗传背景,我们对在2000年-2004年收集的标本进行了分子流行病学的分析。在收集的标本中69份来自河南和湖北省不同地区的有偿供血人员。通过对HIV-1gag的系统进化分析,我们发现在这两省有偿供血人群中流行的HIV-1遗传距离非常接近,河南省内流行的为3.8±0.8,湖北的为4.2±0.9,小于云南省的5.6,并且都与以前在云南省发现的YN.RIA2毒株相近,都为B’亚型病毒。对病毒的env以及pol片段的分析也显示了同样的结果。而且在进化树上我们也没有看到病毒根据不同地区聚集在进化树不同分枝的现象。我们的结果显示,B~’亚型病毒是河南和湖北省有偿供血人群中流行的主要病毒株,其来源相同,很可能是由云南传入,而且传入河南和湖北省的时间可能要早于07_BC和08_BC重组型病毒在云南德宏地区形成的时间。 与此同时我们也对北京、新疆等地流行的HIV-1做了分析。与在有偿供血人群中流行的HIV-1不同,北京通过性传播感染的HIV-1主要是欧美B亚型病毒,新疆吸毒人群中流行的主要是07_BC重组型病诲。

论文目录:

第一部分 文献综述

第一章 人类免疫缺陷病毒(HIV)简介

第一节 HIV-1的生活周期

第二节 HIV-1编码的蛋白

1.2.1.基质蛋白(MA,matrix/p17)

1.2.2.衣壳蛋白(CA,capsid/p24)

1.2.3.核衣壳(NC,nucleocapsid)

1.2.4.p6蛋白

1.2.5.蛋白酶(PR,protease)

1.2.6.逆转录酶(RT,reverse transcriptase)

1.2.7.整合酶(IN,integrase)

1.2.8.HIV-1表面膜蛋白(SU,surface/gp120)和跨膜蛋白(TM,transmembrane/gp41)

1.2.9.Tat(Transactivator)

1.2.10.Rev(Regulator of viral protein)

1.2.11.Vpu(Viral protein U)

1.2.12.Nef

1.2.13.Vif(viral infectivity factor)

1.2.14.Vpr(viral protein R)

第二章 HIV-1的分子流行病学

第一节 HIV的分类和命名

第二节 HIV基因型的鉴定方法

第三节 HIV-1在全球的流行情况概述

第四节 HIV在我国的流行

第三章 HIV-1耐药性检测

第一节 HIV-1耐药性

3.1.1.HIV-1耐药性突变的产生

3.1.2.对HIV-1蛋白酶抑制剂(PIs)的耐药性突变

3.1.3.针对HIV-1逆转录酶抑制剂的突变

3.1.4.与HIV-1融合抑制剂有关的突变

第二节 HIV-1耐药性的检测方法

3.2.1.HIV-1样品的来源

3.2.2.耐药性病毒的表型检测(Phenotypic drug susceptibility testing)

3.2.3.HIV-1基因型检测(HIV-1 Genotypic testing)

3.2.4.多克隆及群基础上的测序分析(Clonal and Population-based sequencing)

第三节 序列的分析

3.3.1.斯坦福大学逆转录酶和蛋白酶序列数据库

3.3.2.非B亚型序列的分析

第二部分 实验研究

第四章 HIV-1的分子流行病学研究

一、实验材料和方法

1.研究对象

2.实验仪器、试剂和耗材

3.实验方法

3.1.从血液中提取基因组DNA(Gentra Genomic DNA Purification Kit)

3.2.PCR扩增gag和env片断

3.3.PCR产物的回收和纯化(Qiaquick Extraction kit回收)

3.4.PCR产物的T-A克隆

3.5.菌种的培养和保藏

3.6.质粒DNA的提取

3.7.质粒的转化

3.8.质粒酶切鉴定

3.9.序列的测定

3.10.系统进化分析

二、实验结果

1.河南和湖北两省有偿供血人群中HIV-1的分子流行病学

2.新疆、北京等地HIV-1的分子流行病学

三、讨论

第五章 HIV-1耐药性突变检测

第一节.抗病毒治疗前耐药性突变分析

一、实验材料和方法

1.研究对象

2.实验试剂

3.实验方法

3.1.血浆的分离

3.2.血浆中病毒RNA的提取(High Pure Viral RNA Kit,Roche公司)

3.3.RT-PCR荧光定量PCR检测病毒载量(深圳匹基生物工程有限股份公司)

3.4.RT-PCR扩增与耐药性突变相关基因

3.5.耐药性HIV-1基因型分析

3.6.统计分析

二、实验结果

1.HIV-1毒株系统进化分析

2.与蛋白酶抑制剂相关的次突变

3.与蛋白酶抑制剂相关的主突变

4.与逆转录酶抑制剂相关的突变

5.病毒基因型与耐药性突变的关系

三、讨论

1.对HIV-1蛋白酶和逆转录酶的系统进化分析

2.耐药性突变

第二节 开展抗病毒治疗后湖北省HIV-1感染者中体内病毒耐药性突变分析

一、试验材料和方法

1.研究对象

2.实验试剂和方法

二、实验结果

1.RT片断的系统进化分析

2.耐药性突变株的产生

三、讨论

第三部分 研究总结

参考文献：

博士期间发表论文

致谢

发布时间: 2006-03-27

参考文献

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