六个地方鸡品种遗传结构及其MHC基因的遗传变异研究

论文摘要

我国家禽品种资源丰富,但近年来受到外来引进鸡品种的冲击,导致我国地方鸡品种群体数量日益减少。对家禽遗传资源的研究有助于了解品种资源的现状和特色,为品种资源的评价、保护和合理开发利用打下良好基础。鸡主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex,MHC）是指16号染色体上的一组紧密连锁、高度多态的基因群编码的特异性蛋白,位于该染色体MHC B区的基因群包括B-F（Ⅰ类）,B-L（Ⅱ类）,B-G（Ⅳ类）三个基因座。研究表明,MHC基因多态性与家禽对多种传染病的抗性高度相关,是家禽抗病育种研究中的优选标记基因。本研究选取藏鸡、文昌鸡、固原鸡、略阳鸡、陕北鸡和太白鸡等6个地方鸡品种共584个个体作为实验材料,利用微卫星和PCR-SSCP标记技术,对6个品种的遗传结构和MHC基因在群体内的遗传变异进行分析。研究结果如下:利用20个微卫星位点对6个地方鸡品种遗传结构进行分析,6个群体的平均等位基因数为4.9802,平均有效等位基因数为3.5464。其中,LEI0073位点等位基因最多,为12个,MCW0351和MCW0287等位基因最少,均为4个。通过哈代-温伯格平衡检验,除MCW0287、MCW0264、MCW0145和MCW0104位点外,其它位点均有群体显著偏离哈代-温伯格平衡。六个群体的平均杂合度均值为0.6717,其中藏鸡的平均杂合度最高,为0.7138,显示该品种遗传变异程度最高,遗传多样性最丰富,该品种在未来还可以进一步加大纯繁选育力度,以提高品种的遗传一致性。各群体平均多态信息含量的范围是0.5445（陕北鸡） 0.6694（藏鸡）,均大于0.5,表现为高度多态性,表明本研究所用的20个微卫星位点能够有效地应用于分析品种的遗传变异。采用PCR-SSCP结合序列测定的方法,检测了MHC B-LBⅡ基因第二外显子在6个地方鸡群体中的遗传变异:（1）六个品种中共检测到3种基因型,分别命名为AA型、BB型和AB型。除藏鸡群体外,AA型频率在5个鸡群体中均较高, A等位基因频率高于B等位基因频率,因此推测A等位基因为优势等位基因;Hardy-Weinberg平衡性检验结果表明所有群体均处于不平衡状态（P<0.01）。（2）测序结果发现在176 bp的核苷酸序列中有11个变异位点,约占分析位点的6.25%,同义突变2个,其中非同义突变9个;编码的58个氨基酸中有5个氨基酸发生改变,氨基酸序列的同源性低于核苷酸序列的同源性。（3） MHC B-LBⅡ基因在各品种内的杂合度（He）在0.14200.4977之间,藏鸡最高;多态信息含量（PIC）处于0.13190.3738之间,藏鸡最高,表明该品种的遗传资源比较丰富。本研究结果可为我国地方鸡品种的种质特性研究提供基础性数据,为地方鸡品种资源的合理保护和利用提供科学依据。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 1.1 地方鸡品种的基本概况及研究进展
• 1.1.1 藏鸡的基本概况及研究进展
• 1.1.2 文昌鸡基本概况及研究进展
• 1.1.3 固原鸡基本概况及研究进展
• 1.1.4 略阳鸡基本概况及研究进展
• 1.1.5 陕北鸡基本概况及研究进展
• 1.1.6 太白鸡基本概况及研究进展
• 1.2 鸡MHC 基因的研究进展
• 1.2.1 鸡MHC 基因的结构
• 1.2.2 鸡MHC 基因的功能
• 1.2.3 鸡MHC 基因的研究进展
• 1.3 本研究所利用的分子标记技术及其研究进展
• 1.3.1 微卫星DNA 标记技术研究进展
• 1.3.2 SNP 标记技术的研究进展
• 1.4 本研究的目的和意义
• 第二章 六个地方鸡品种遗传结构分析
• 2.1 材料与方法
• 2.1.1 试验材料
• 2.1.2 试验方法
• 2.1.3 数据统计处理
• 2.2 结果与分析
• 2.2.1 基因组DNA 的检测结果
• 2.2.2 微卫星引物的筛选结果
• 2.2.3 微卫星多态性的检测结果
• 2.2.4 各品种20 个微卫星位点的遗传学信息
• 2.3 讨论
• 2.3.1 如何保证各品种样本的纯度及合理的样本含量
• 2.3.2 关于微卫星标记位点数目
• 2.3.3 品种内遗传变异
• 2.4 结论
• 第三章 地方鸡品种MHC 基因的遗传变异分析
• 3.1 材料与方法
• 3.1.1 试验材料
• 3.1.2 试验方法
• 3.1.3 统计与分析
• 3.2 结果与分析
• 3.2.1 MHC 基因PCR 产物的检测
• 3.2.2 PCR-SSCP 分析结果
• 3.2.3 不同基因型PCR 产物的测序及分析
• 3.2.4 氨基酸序列比较分析
• 3.2.5 各品种MHC 基因的遗传学信息
• 3.3 讨论
• 3.3.1 MHC B-LBⅡ基因第二外显子的核苷酸序列和氨基酸序列比较分析
• 3.3.2 MHC B-LBⅡ基因在地方鸡品种内的遗传变异
• 3.3.3 两类型标记用于群体遗传结构分析的比较
• 3.4 结论
• 参考文献
• 致谢
• 个人简介