基于SNPs标记的猪肉DNA溯源研究

论文摘要

为了探索建立猪肉食品安全追溯的标识系统,本文以第三代遗传标记单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms, SNP）技术构建猪DNA指纹图谱,根据个体DNA指纹图谱的差异可进行个体识别。一旦出现猪肉安全事故,可快速完成个体标识并追溯到源产地。本文旨在寻找到有效的SNP位点,建立个体DNA指纹图谱——SNP标记板。SNP候选位点可从已知数据库中挑选,也可以挖掘未知的新SNP。采用PCR-RFLP方法对候选SNP进行分型,通过计算各个标记位点的等位基因频率和杂合度,对候选SNP位点的多态性进行评估和分析,筛选出多态性信息含量丰富的位点作为个体标识的有效标记；采用测序法挖掘新的SNP,并检验其有效性；最后将有效的SNP位点形成一个SNP标记板,通过建立模拟的溯源个体识别系统,检验SNP板对猪个体识别的效率。本文主要研究结果如下：1.本实验从大量文献中筛选出23个SNP作为候选标记位点。经检测发现其中11个SNP等位基因在多数猪种中分布较为平衡,杂合度较高,多态性信息含量丰富,是溯源识别的有效标记；2.挖掘未知的SNP位点,通过NCBI数据库查询系统获得大量猪染色体保守区DNA序列,使用软件Primer 5.0设计引物并摸索扩增条件,经预实验检测各引物效率,选择扩增效率较高的引物进行正式扩增,对扩增产物进行测序,将不同品种的该片段的序列进行比对,查找新的SNP位点。本实验挖掘出4个可用于PCR-RFLP分析的SNP位点,经分型和评估,最终发现3个新SNP是有效标记。3.SNP标记板共由13个有效SNP位点所构建,通过对上海屠宰场随机抽取的310头猪（品种未知）样品进行标识,建立模拟的猪肉溯源识别系统；识别结果为可完全识别。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 缩略语表
• 第一章 绪论
• 1.1 猪肉溯源管理体系现状
• 1.2 标签溯源技术
• 1.2.1 条形码技术
• 1.2.2 电子标签技术
• 1.3 同位素溯源技术
• 1.4 虹膜识别技术
• 1.5 DNA溯源技术
• 1.5.1 DNA分子标记
• 1.5.2 DNA溯源标记在肉类中的应用
• 1.5.3 SNP的检测方法
• 1.5.4 基于SNP标记的肉类溯源
• 1.6 课题设计
• 1.6.1 研究目的和意义
• 1.6.2 研究内容
• 第二章 检测已知SNPs的多态性
• 2.1 材料与方法
• 2.1.1 材料
• 2.1.2 方法
• 2.2 结果与分析
• 2.2.1 PCR-RFLP分析
• 2.2.2 杂合度（H）的分析
• 2.3 讨论
• 2.4 本章小结
• 第三章 挖掘未知的新SNP位点
• 3.1 材料与方法
• 3.1.1 材料
• 3.1.2 方法
• 3.2 结果与分析
• 3.2.1 PCR扩增
• 3.2.2 PCR扩增及PCR-RFLP分析结果
• 3.2.3 测序结果及突变点分析
• 3.2.4 基因频率及杂合度的分析
• 3.3 讨论
• 3.4 本章小结
• 第四章 使用SNPs板对猪个体进行识别
• 4.1 材料与方法
• 4.1.1 材料
• 4.1.2 方法
• 4.2 结果与分析
• 4.3 讨论与小结
• 参考文献
• 致谢
• 附录1 （电泳检测图片）
• 附录2 （硕士期间主要成果）