论文摘要
长毛明对虾曾经是中国东南沿海重要的养殖虾类之一,故其具有较高的经济价值。但由于对其野生资源的过度捕捞以及栖息地的环境破环等原因,长毛明对虾的野生资源量急剧下降,在2005年长毛明对虾已被作为濒临物种而被录入《中国物种红色名录》。为了增加对长毛明对虾种质资源的全面认识,且为该物种有效地保护和自然保护区的建立提供理论依据,本研究综合运用海洋生物技术、生态学和保护遗传学的理论结合微卫星标记技术以及线粒体（16SrRNA和D-loop）标记技术分析研究我国野生长毛明对虾群体的遗传多样性与分化。本研究采用FIASCO法筛选出20对长毛明对虾微卫星多态性引物,并使用其中的10对多态引物对中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析;并运用线粒体16SrRNA和D-loop标记分析了12个野生长毛明对虾群体的线粒体序列特征、群体遗传多样性和遗传变异,并进行了中性进化检验。（1）采用FIASCO法,利用生物素标记的（GT）15、（CT）15的混合探针构建长毛明对虾（CA）n、（GA）n的微卫星文库。挑取184个片段长度在400至1200bp之间的单克隆振荡培养并进行测序。经过序列筛选,设计了80对微卫星引物。以30个来自东山野生群体的长毛明对虾个体对80对引物进行多态性分析,共检测出20对多态性引物,其等位基因数为2-7个,多态信息含量（PIC）为0.0078-0.9771,观察杂合度为0.0357-0.9130,期望杂合度为0.1308-0.7405。挑选其中多态性较高且条带清晰的10对微卫星位点用于下一步的群体遗传学研究。（2）利用前一步所筛选出来的10对微卫星引物研究中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传多样性以及遗传分化。长毛明对虾12个群体的多态信息含量（PIC）在0.3093-0.5154之间,平均为0.4208;平均每位点等位基因数（A）在2.9000-3.9000之间,平均为3.3916;平均每位点有效等位基因数（Ae）在1.6913-2.2915之间,平均为1.9326;观察杂合度（Ho）在0.2028-0.3092之间,平均为0.2503;期望杂合度（He）在0.2746-0.5216之间,平均为0.3849。实验结果表明,中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传多样性处于中等偏低的水平;12个长毛明对虾群体间的遗传距离（D）介于0.0127-0.3676之间。遗传分化系数（FST）为0.1155,基因流（Nm）为1.9152。结果表明中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体间存在一定的分化,但分化程度不高。（3）线粒体16S rRNA研究结果显示,在中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体中的85个个体中,一共有16个变异位点,16个变异位点全为多态位点。而这些突变位点一共定义了14种单倍型。85个野生长毛明对虾个体的平均核苷酸差异数为1.400,核苷酸多样性指数为0.00264。在12个野生长毛明对虾群体中,平均核苷酸差异数介于0.000-2.476之间;核苷酸多样性指数介于0.00000-0.00466之间。中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体间的遗传距离为0.000-0.009。AMOVA分析显示,长毛明对虾12个野生群体之间并无显著的遗传分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验均表明长毛明对虾部分群体显著地偏离中性进化。（4）线粒体D-loop的研究结果表明,中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的83个个体中共发现184个多态位点,共包括了162个碱基转换位点和63个碱基颠换位点,这些突变位点一共定义了79种单倍型。83个野生长毛明对虾个体的平均核苷酸差异数36.065,核苷酸多样性指数为0.06283,单倍型多样性指数为0.999。群体水平上,平均核苷酸差异数介于8.036-54.900之间,而核苷酸多样性指数则介于0.01378-0.09433之间。12个野生长毛明对虾群体间的遗传距离为0.019-0.171。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验都显示中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体均未偏离中性进化。综上,中国东南沿海12个野生长毛明对虾群体的遗传多样性水平处在偏低水平,群体间虽存在一定的遗传分化,但遗传分化水平不高。