基因组扫描定位鸡的2、5、7染色体上有关屠体性状QTLs

论文摘要

本研究以固始鸡-安卡鸡F2代资源群体为试验素材,固始鸡-安卡鸡F2代资源群体包括正反交7个家系,852个性状分离个体,在2、5、7染色体上共选择了39个微卫星标记,其中2号染色体上20个微卫星标记,覆盖474cM,平均距离是23.7 cM,5号染色体上10个微卫星标记,覆盖170 cM,平均距离是17 cM,7号染色体上共9个微卫星标记,覆盖160 cM,平均距离是18 cM。本实验主要研究了19个屠体性状在2、5、7染色体的基因定位,同时利用39个微卫星标记分析了固始鸡和安卡鸡为亲本构建的F2代分离群体共852个个体各标记座位的等位基因数、基因频率、杂合度和多态信息含量,本研究还对F2代群体的763个体的19项屠体性状指标进行了描述性统计分析,采用方差分析法分析了微卫星标记和各屠体性状的相关性。试验结果如下:19个屠体性状中在2、5、7染色体上共检测到了影响13个屠体性状的10个QTL,其中2号染色体上检测到了影响屠体重、半净膛重、皮脂重、肌胃重、胰腺重、脾重、胸肌重的QTL,分别位于172cM、211cM、474cM、453cM、182cM、379cM、241cM;在5号染色体上的146 cM处检测到了一个同时影响空肠、回肠长度的QTL,并且显性效应值和加性效应值都为正;在7号染色体上86-91 cM处检测到了一个同时影响十二指肠长度、空肠长度、回肠长度、盲肠长度的QTL;在7号上95-97cM处还检测到了一个影响腿重和腿肌重的QTL。39个微卫星标记在F2群体中的平均等位基因数、平均杂合度值、平均多态信息含量分别是4.1871、0.7730、0.7180,最少等位基因数为3,最多为6,杂合度最高达到0.985,多态信息含量最高达到0.799,本群体具有较高的杂合度和多态信息含量。36个微卫星标记的多态性与屠体性状相关分析:采用SAS统计软件中的非均衡数据的方差分析（GLM）对标记座位与各群体屠体性状指标（屠体重、半净膛重、全净膛重、头重、脚重、翅重、肝脏重、心脏重、肌胃重、脾脏重、胰腺重、胸肌重、腿重、腿肌重、皮脂重、十二指肠长度、空肠长度、回肠长度、盲肠长度）19个性状不同标记位点基因型间表型均值是否存在显著性差异进行了分析。检测到24个标记与19种不同屠体性状间差异显著,其中24个标记对16种屠体性状存在差异极显著（P<0.01）,具有较高的检测效率。本研究对19种屠体性状指标做了描述性统计,结果表明所测定的各性状在个体间存在不同程度的变异,表型值呈现两端分布,有利于于标记-QTL连锁分析。

论文目录

• 致谢
• 中文摘要
• 1 文献综述
• 1.1 鸡的分类学及起源
• 1.2 我国养鸡业的现状
• 1.3 鸡的研究意义
• 1.4 鸡基因组研究
• 1.4.1 鸡基因组结构及大小
• 1.4.2 重复序列
• 1.4.3 基因组图谱
• 1.4.3.1 物理图谱
• 1.4.3.2 遗传连锁图谱
• 1.5 遗传标记的的分类及微卫星标记技术的应用
• 1.5.1 形态标记
• 1.5.2 细胞标记
• 1.5.3 蛋白标记
• 1.5.4 DNA 分子标记
• 1.5.4.1 第一代分子遗传标记-RFLPs
• 1.5.4.2 第二代分子遗传标记-微卫星标记
• 1.5.4.3 第三代分子遗传标记是SNPs（单核苷酸多态性）
• 1.5.5 微卫星标记技术的的应用
• 1.5.5.1 微卫DNA 多态性产生的机制
• 1.5.5.2 微卫星技术的原理
• 1.5.5.3 微卫星DNA 标记在畜禽遗传育种中的应用
• 1.5.5.3.1 构建基因组图谱
• 1.5.5.3.2 制作DNA 指纹图
• 1.5.5.3.3 定位功能基因和数量性状定位（QTL）
• 1.5.5.3.4 鉴定亲缘关系
• 1.5.5.3.5 群体遗传结构和遗传关系的分析
• 1.5.5.3.6 用于标记辅助选择和标记辅助渗入
• 1.6 鸡基因组研究
• 1.6.1 QTL 定位的原理
• 1.6.2 QTL定位的常用方法
• 1.6.2.1 候选基因法
• 1.6.2.2 基因组扫描法
• 1.6.3 鸡 QTL 定位的研究进展
• 2代资源群简介'>1.7 固始鸡－安卡鸡F₂代资源群简介
• 1.7.1 固始鸡
• 1.7.2 安卡鸡
• 2代资源群组建'>1.7.3 固始鸡－安卡鸡 F₂代资源群组建
• 2代资源群组建结果'>1.7.4 固始鸡-安卡鸡 F₂代资源群组建结果
• 1.8 本试验的目的和意义
• 2 引言
• 3 材料与方法
• 3.1 实验材料
• 3.2 实验方法
• 3.3 统计方法
• 3.4 QTL 定位分析
• 4 结果与分析
• 4.1 总 DNA 的提取
• 4.2 PCR 扩增产物用琼脂糖凝胶电泳检测的结果
• 4.3 PCR 扩增产物变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结果
• 4.4 F2 代群体的性状描述性统计值
• 4.5 各标记座位等位基因、等位基因频率、杂合度及多态信息含量
• 4.6 标记的多态性与屠体性状相关关系
• 4.7 2、5、7 染色体屠体性状的 QTL 定位结果
• 5 讨论与结论
• 5.1 本试验资源家系遗传基础
• 5.2 实验分析技术
• 5.3 标记与性状间的方差分析
• 5.4 屠体性状 QTL 定位
• 5.5 结论
• 参考文献
• 英文摘要