鹅IGF-Ⅰ基因部分序列克隆及变异与生长、屠宰性能的关联性

论文摘要

胰岛素样生长因子-Ⅰ（IGF-Ⅰ）是一类广泛存在于机体多种组织中的蛋白多肽,是动物体内重要的调节因子之一。其主要的生理功能之一是介导生长素的促生长作用,调节动物生长。本研究以皖西白鹅和朗德鹅作研究素材,采用比较基因组学方法,以鼠、猪、鸡等比较保守的基因区域,应用Dnastar和Primer Premier 5.0软件,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5’端非编码区和外显子4序列克隆测序,并进行同源性分析;运用SNP技术检测克隆片段,通过不同基因型间生长和屠宰性能的比较,探讨影响鹅生长性能的主效基因的基因型。克隆了皖西白鹅和朗德鹅IGF-Ⅰ基因5’端非编码区序列和外显子4序列（GenBank登录号:EF382668;EF460850）。序列比较分析表明,皖西白鹅5’端非编码区序列与朗德鹅完全相同,与家鸡同源性为94%,与猪的同源性为79%。鹅外显子4与鸡的同源性为82%。PCR-SSCP检测结果表明:IGF-Ⅰ基因5’端非编码区序列在pro1、pro2共有四个SNP位点,分别是:A-26T,A-215G,A-314G,A-325T;外显子4片段经SSCP检测不存在多态性。应用TFSEARCHver1.3软件对IGF-Ⅰ基因5’调控区潜在的调控元件和蛋白结合因子预测发现:A-314G,A-325T两个位点的碱基变异导致蛋白转录结合因子发生改变,其中A-314G变异使5’调控区增加一个NⅢ-2结合位点与之结合;而A-325T碱基变异增加了Hb、GATA-2、GATA-Ⅰ蛋白转录结合因子。群体遗传分析表明,皖西白鹅Pro1引物检测的两个等位基因,频率分别为0.82和0.18,AA、AB、BB基因型频率分别为0.69、0.26、0.05;Pro2引物检测的两个等位基因频率分别为0.74和0.26,CC、CD、DD基因型频率分别为0.54、0.39、0.08;群体在两位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。朗德鹅Pro1和Pro2引物检测的等位基因频率分别为0.16、0.84和0.29、0.71;AB、BB和CD、DD基因型频率分别为0.33、0.67和0.65、0.35;经?2适合性检验,朗德鹅群体在两位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态。对皖西白鹅的生长与屠宰性状与其IGF-Ⅰ基因5’侧翼调控区的多态性位点关联分析表明:CC基因型6、8周龄体重、半净膛重、胸肌重与DD基因型的差异显著（P＜0.05）,CC基因型的肝重与DD基因型的差异极显著（P＜0.01）,因此,可将DD基因型的位点作为鹅提高早期生长性能的分子标记

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 目录
• 本文中所用缩略词
• 文献综述
• 1 胰岛素样生长因子-Ⅰ结构功能的研究
• 1.1 胰岛素样生长因子-Ⅰ的基本结构
• 1.2 胰岛素样生长因子-Ⅰ的功能
• 1.3 胰岛素样生长因子的作用机理
• 2 IGF-Ⅰ基因结构表达及多态性研究进展
• 2.1 IGF-Ⅰ基因结构特点
• 2.2 IGF-Ⅰ基因的表达
• 2.3 IGF-Ⅰ基因多态性与肉用性能的关系研究进展
• 引言
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.1.1 试验样本
• 1.1.2 主要仪器设备
• 1.1.3 药品和酶
• 1.1.4 常规溶液及试剂配制
• 1.1.5 菌株和载体
• 1.2 实验方法
• 1.2.1 DNA提取
• 1.2.2 引物设计
• 1.2.3 PCR条件的建立
• 1.2.4 琼脂糖凝胶电泳检测
• 1.2.5 单链构像多态性检测（SSCP）
• 1.2.6 IGF-Ⅰ基因序列克隆和测序
• 1.2.7 数据统计分析方法
• 2 结果与分析
• 2.1 皖西白鹅、朗德鹅IGF-Ⅰ基因5'端调控区及外显子4序列扩增
• 2.2 鹅IGF-Ⅰ基因5'端调控区及外显子4序列测定及同源性比较
• 2.2.1 皖西白鹅、朗德鹅IGF-Ⅰ基因5'端调控区序列测定及与家鸡、猪同源性比较
• 2.2.2 鹅类胰岛素样生长因子基因外显4序列测定及比较
• 2.3 IGF-Ⅰ基因序列的多态性分析
• 2.3.1 皖西白鹅、朗德鹅IGF-Ⅰ基因5'端调控区序列多态性分析
• 2.3.2 皖西白鹅IGF-Ⅰ基因5'端调控区的多态性位点测序分析
• 2.4 IGF-Ⅰ基因5'区潜在的调控元件及蛋白结合位点的预测
• 2.5 IGF-Ⅰ基因群体遗传学分析
• 2.5.1 鹅IGF-Ⅰ基因Pro1调控区基因频率和基因型频率
• 2.5.2 IGF-Ⅰ基因Pro2调控区基因频率和基因型频率
• 2.6 不同基因型与生长性状之间的相关分析
• 2.6.1 鹅IGF-Ⅰ基因基因型与不同周龄体重关联分析
• 2.6.2 不同基因型与屠体性状的关联分析
• 3 讨论
• 3.1 IGF-Ⅰ基因的5'端调控区和外显子4的序列扩增及序列比较
• 3.2 IGF-Ⅰ基因突变及其多态性分析
• 3.3 IGF-Ⅰ基因5'端调控区的pro1、pro2位点结合的转录因子
• 3.4 IGF-Ⅰ基因群体遗传结构分析
• 3.5 IGF-Ⅰ基因突变与部分生长性状的关联性分析
• 4 结论
• 参考文献
• 致谢
• 作者简介