鸡常见呼吸道病诊断基因芯片的研制与应用

论文摘要

本研究用分子克隆方法获得新城疫病毒、禽流感病毒、传染性支气管炎病毒、传染性喉气管炎病毒与鸡毒支原体各一段高度保守基因片段作为探针,用芯片点样仪点样到硝酸纤维膜上,制备成检测基因芯片:提取样品中的RNA进行反转录和生物素标记后滴加到芯片上进行杂交反应,对杂交结果进行扫描分析,可同时对上述五种常见鸡呼吸道疾病做出诊断。 本研究共分为以下三部分: 第一部分 鸡常见呼吸道病诊断基因芯片方法的建立 本部分包括基因芯片的设计与制备、靶基因的标记、芯片杂交时间的选择和芯片的效能评价。通过PCR或RT-PCR方法,分别扩增五种病原的特异性核酸片断,并分别与pMD18—T载体连接,连接产物转化大肠杆菌后,通过PCR法和测序法进行了阳性克隆筛选鉴定。凝胶电泳结果表明,阳性克隆在对应位置可看到特异条带;应用BLAST对扩增产物测序结果与被检病毒核酸序列的进行同源比对,证明与各种被检病毒的大部分毒株同源性在95%以上。提取阳性质粒核酸,扩增纯化后作为探针点在硝酸纤维素膜上,80℃烤膜2h,便完成了基因芯片的制备。在芯片的制备过程中,对不同厂家和不同孔径的膜进行了筛选,结果表明0.65μm的北化膜遇溶液不变形,点不易扩散,效果好于浙江黄岩的膜,本底好于美国进口膜。 针对靶基因的标记尝试了三种核酸标记方法（掺入法、光敏生物素标记法和末端标记法）,试验结果表明用biotin—16—dUTP掺入法进行标记,灵敏度好于光敏生物素标记,特异性好于末端标记。在42℃下对杂交的时间进行了选择,试验表明,最优的杂交时间为1h。 通过对10份阴性样品和20份阳性样品的检测结果表明:阳性参照有明显的杂交信号,阴性参照和空白对照无信号检出,对应位点有明显的杂交信号,芯片的监控系统和疾病诊断系统正常。把NDV培养液作10倍倍比稀释后进行灵敏度检测,可检测到的阳性杂交信号的最大稀释度为10-10,而凝胶电泳仅能检测到10-6,这说明芯片的灵敏度是PCR的104倍。分别提取5种病原的核酸进行了特异性试验,用混合引物,单一模板经过RT—PCR和生物素标记后分别与芯片进行杂交,结果表明仅在相应

论文目录

• 摘要
• 英文摘要
• 引言
• 试验一 禽常见呼吸道疾病基因芯片诊断方法的建立
• 1 材料与方法
• 1.1 材料
• 1.1.1 毒株
• 1.1.2 菌株
• 1.1.3 主要仪器设备
• 1.1.4 主要试剂
• 1.2 方法
• 1.2.1 5种病原克隆的构建
• 1.2.2 基因芯片的制备
• 1.2.3 检测样品的制备和标记
• 1.2.4 标记样品与芯片的杂交
• 1.2.5 结果检测与分析
• 1.2.6 芯片效能评价
• 2 结果与分析
• 2.1 阳性克隆鉴定结果
• 2.1.1 PCR产物电泳鉴定
• 2.1.2 五种探针测序图谱分析
• 2.2 膜的选择
• 2.3 有效性测定
• 2.4 杂交条件的优化
• 2.5 样品的标记
• 2.6 芯片效能评价
• 2.6.1 敏感性测定
• 2.6.2 特异性测定
• 2.6.3 重复性测定
• 2.7 扫描结果
• 3 讨论
• 3.1 芯片的制备
• 3.2 样品的标记
• 3.3 杂交条件的优化
• 3.4 芯片效能评价
• 3.5 使用基因芯片注意事项
• 试验二 三种诊断方法的比较研究
• 1 材料与方法
• 1.1 材料
• 1.2 方法
• 1.2.1 PCR方法
• 1.2.2 临床分离法
• 1.2.3 基因芯片法
• 2 结果与分析
• 2.1 三种诊断方法的结果比较
• 2.2 三种诊断方法符合率的比较
• 3 讨论
• 试验三 基因芯片的初步应用
• 1 材料与方法
• 1.1 材料
• 1.2 方法
• 2 结果与分析
• 2.1 临床应用对比检测结果
• 2.2 匀浆液样本和棉拭子样本的比较
• 3 讨论
• 结论
• 参考文献
• 附录
• 附图
• 致谢
• 攻读学位期间发表的论文