大足黑山羊地方类群多胎性及与周边山羊品种亲缘进化关系分子标记研究

论文摘要

大足黑山羊地方类群主要分布在重庆市大足县的铁山镇、季家镇、高升镇、三驱镇、龙石镇和珠溪镇。种群数量4000余只,其中能繁母羊约2200余只,种公羊40余只。公母羊体重6月龄分别为24.29±4.56kg和19.50±3.27kg,成年羊分别为69.40±10.65kg和42.07±5.33kg。屠宰率43.45±2.34%,净肉率31.95±2.52%。繁殖率高（每胎产羔2～6只,产羔率初产羊为212%,经产羊为289%,两年三胎）,四季发情。体型外貌一致,有以下特点:全身被毛纯黑,无杂毛;体格较大;头清秀;公母羊大多数有髯有角,角向上向后伸展呈剑状;鼻梁平直;耳小微翘;颈部细长,部分有肉垂;肋骨拱张良好,结构匀称;背腰平直;蹄质结实;尾短而上翘,呈三角形;乳房结构好;骨骼细短;前望、后望、上望基本成矩形体型,符合良种肉羊体型特点。由于该地区交通闭塞,羊只与外界基因交流少;再者,当地群众有将公、母羊分开饲养的习惯,这些使该类群遗传较为稳定。经专家现场勘察和实地考察,认定大足黑山羊地方类群是重庆市山羊品种中一个优良地方山羊类群,具有很好的发展前途和潜力。本研究针对该类群的高繁殖力,采用分子标记方法寻找与多胎性状相关的分子标记,并研究了大足黑山羊与周边山羊品种的亲缘进化关系,试图通过这些研究获得该黑山羊类群多胎基因标记,并搞清其与周边山羊品种的遗传关系,为该优良山羊类群进一步的定位和培育提供理论支持。首先,利用AFLP标记技术,从15对引物中选取11对扩增效果较好的引物,对11只极端多胎个体和6只极端非多胎个体DNA进行扩增,共扩增出766个条带,其中59条为多态条带,平均每对引物扩增出69.6个条带,平均多态率5.36%。引物E42/T48中一条294bp的条带在极端非多胎个体中均出现,而在极端多胎个体中只在1个个体中扩增出来,表现出极显著的差异。对差异片段回收、克隆、测序,根据测序序列设计4对引物,对基因组扩增后发现产生差异片段的原因是片段内部有较长序列的插入或丢失,产生310bp和265bp两个等位基因,其中310bp纯合等位基因的初产羔羊数显著高于310bp和265bp杂合等位基因的初产羔羊数,在大足黑山羊地方类群内可能作为多胎性状的分子标记。其次,以控制Booroola Merino绵羊多胎性能的BMPR-IB基因和影响Invedale、Hanna绵羊排卵数的BMP15基因作为候选基因,以大足黑山羊多胎个体、金堂黑山羊、

论文目录

• 缩略词表
• 摘要
• Summary
• 第一部分 大足黑山羊地方类群多胎性分子标记研究
• 1 文献综述
• 1.1 分子标记研究进展
• 1.2 国内外家畜多胎性分子标记研究进展
• 1.2.1 国外家畜多胎性分子标记研究进展
• 1.2.2 国内家畜多胎性分子标记研究进展
• 2 材料与方法
• 2.1 材料
• 2.1.1 采样地点及数量
• 2.1.2 试剂及仪器设备
• 2.2 方法
• 2.2.1 采样
• 2.2.2 基因组DNA 提取
• 2.2.3 DNA 纯度、浓度检测
• 2.2.4 AFLP 分析
• 2.2.5 凝胶片段回收
• 2.2.6 克隆测序
• 2.2.7 差异片段转换分子标记
• 2.2.8 PCR-RFLP 分析
• 3 结果与分析
• 3.1 基因组DNA 提取
• 3.2 AFLP 酶切
• 3.3 AFLP 扩增产物琼脂糖凝胶电泳检测
• 3.4 AFLP 选择性扩增
• 3.5 差异片段序列分析
• 3.6 多胎性差异片段分子标记验证
• 3.7 PCR-RFLP 结果
• 3.7.1 BMPR-IB 基因突变的检测
• 3.7.2 BMP15 基因突变的检测
• 4 讨论
• 4.1 关于AFLP 实验条件
• 4.1.1 高质量DNA 样品的准备
• 4.1.2 限制性核酸内切酶的选择
• 4.1.3 PCR 产物的检测
• 4.1.4 关于银染
• 4.2 关于AFLP 多态性和差异片段
• 4.3 关于PCR-RFLP
• 5 结论
• 参考文献
• 第二部分 大足黑山羊地方类群及与周边山羊品种的亲缘进化关系研究
• 1 文献综述
• 1.1 遗传多样性技术方法研究进展
• 1.1.1 遗传多样性含义
• 1.1.2 遗传多样性研究方法
• 1.2 微卫星DNA 标记及其在山羊遗传多样性研究中的应用
• 1.3 川渝山羊品种（类群）遗传多样性的研究状况
• 2 材料与方法
• 2.1 样本采集、仪器设备、试剂、DNA 样品准备
• 2.2 PCR 反应
• 2.2.1 微卫星位点选择
• 2.2.2 PCR 反应程序
• 2.2.3 PCR 条件优化
• 2.3 8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳
• 2.4 银染
• 2.5 统计分析
• 2.5.1 群体内遗传变异
• 2.5.2 群体间遗传变异
• 2.5.3 聚类分析
• 3. 结果与分析
• 3.1 PCR 条件优化
• 3.2 微卫星多态性
• 3.2.1 PCR 产物电泳结果
• 3.2.2 等位基因频率
• 3.2.3 Hardy-Weinberg 平衡检验
• 3.2.4 群体内遗传变异分析
• 3.2.5 优势等位基因和特有等位基因
• 3.2.6 群体间遗传变异分析
• 3.2.7 固定指数
• 3.2.8 遗传距离
• 3.2.9 聚类分析、建树
• 4 讨论
• 4.1 关于SSR 实验条件
• 4.1.1 关于样本的含量
• 4.1.2 关于微卫星位点的数目
• 4.1.3 关于微卫星位点的保守性
• 4.1.4 关于PCR 扩增
• 4.1.5 关于“影子带”
• 4.1.6 带形的判读
• 4.1.7 电泳的条件
• 4.2 关于遗传多样性各项指标
• 4.3 遗传距离及建树
• 4.4 群体内个体间聚类
• 5 结论
• 附件1
• 致谢
• 参考文献
• 个人简介
• 导师简介