秦川牛及其杂种牛UCP3、IGF2、CAPN1基因多态性与胴体、肉质性状关系研究

论文摘要

本试验以229头秦川牛（QQ）及其杂种牛西秦（XQ）、安秦（AQ）、德秦（DQ）牛为研究对象,采用PCR-SSCP分子标记方法对UCP3基因、IGF2基因和CAPN1基因的多态性进行了分析,并结合测序对其基因的部分外显子和内含子进行了序列分析,目的在于探索UCP3、IGF2、CAPN1基因对肉牛胴体、肉质性状的影响,为今后良种肉牛的选育提供一定的理论依据。研究结果如下:1. UCP3基因第3外显子多态性与胴体、肉质性状的关系UCP3基因第3外显子检测到AA、AB、AC和AD型四种基因型。测序结果显示,AB型个体在820位C→T突变,AC型个体在775位G→A突变,AD型个体在951位G→T突变。4个群体中AA型个体在宰前活重、胴体重、胴体长、眼肌面积、系水力、大理石花纹中显著高于AB、AC、AD型个体（P<0.05）;AB型个体的背膘厚显著高于AA、AC、AD型个体（P<0.05）。秦川牛群体的胴体重和嫩度中达到差异极显著（P<0.01）。2. UCP3基因第5内含子多态性与胴体、肉质性状的关系UCP3基因第5内含子检测到KK、KM、MM型三种基因型,4个群体在2966位都发生C→A突变;AA型个体在3286位、3305位和3328位都发生G→A突变,在3374位发生C→T突变。各群体KK型个体在宰前活重、胴体重、背膘厚、系水力、大理石花纹、嫩度上显著高于KM、MM型个体（P<0.05）。3. IGF2基因多态性与胴体、肉质性状的关系IGF2基因第2外显子检测到AA、AB、BB三种基因型,测序发现AA基因型在120位C→T突变。在IGF2基因第2内含子检测到DD、DE、DF三种基因型,测序发现279位A→G突变。方差分析结果表明,两个位点均在胴体性状中与宰前活重、胴体重、胴体长、胴体胸深、眼肌面积显著相关（P<0.05）,其中背膘厚达到差异极显著（P<0.01）;在肉质性状中与大理石花纹、嫩度、pH24显著相关（P<0.05）。但是在胴体深、系水力指标中差异不显著（P>0.05）。A、D等位基因是群体中的优势等位基因,AA、DD基因型是优势基因型,而含有B、E等位基因的个体的胴体、肉质性状优于其它个体,尤其有着极强脂肪沉积能力。4. CAPN1基因多态性与胴体和肉质性状的关系CAPN1基因多态的产生是由第1278位C→T突变造成。CAPN1不同基因型4个群体胴体性状中的宰前活重、胴体重、胴体长、胴体胸深、胴体深上均无显著差异（P>0.05）;眼肌面积上MM基因型个体显著高于MB型个体（P<0.05）;肉质性状中在大理石花纹、系水力、pH24均无显著差异（P>0.05）,MM基因型个体的嫩度极显著高于MB型个体（P<0.01）。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 前言
• 1.1 解偶联蛋白基因结构与功能研究进展
• 1.1.1 UCP3 基因结构
• 1.1.2 UCP3 基因的功能与作用机制
• 1.1.3 UCP3 基因在胴体、肉质性状中的研究
• 1.2 IGF2 基因结构与功能的研究进展
• 1.2.1 IGF2 基因结构
• 1.2.2 IGF2 基因的功能
• 1.2.3 IGF2 基因在胴体、肉质性状中的研究
• 1.3 Calpain 基因结构与功能的研究进展
• 1.3.1 Calpain 的结构
• 1.3.2 Calpain 的功能
• 1.3.3 Calpain 与肌肉增长
• 1.3.4 Calpain 与嫩度
• 1.4 分子标记方法概述
• 1.4.1 限制性片段长度多态性
• 1.4.2 随机扩增多态性
• 1.4.3 DNA 指纹
• 1.4.4 扩增片段长度多态性
• 1.5 遗传标记在家畜育种中的应用
• 1.5.1 基因定位
• 1.5.2 构建基因图谱
• 1.5.3 标记基因辅助选择
• 第二章 材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.2 主要仪器设备及试剂、溶液的配制
• 2.2.1 主要仪器设备
• 2.2.2 主要试剂
• 2.2.3 主要药品及试剂的配制
• 2.3 实验方法
• 2.3.1 实验牛血液基因组DNA的提取及检测
• 2.3.2 PCR 扩增体系
• 2.3.3 PCR-SSCP 分析
• 2.3.4 基因的测序
• 2.4 统计分析
• 2.4.1 基因频率和基因型频率的计算
• 2.4.2 基因频率和基因型频率的差异显著性检验
• 2.4.3 多态信息含量
• 2.4.4 群体杂合度
• 2.4.5 有效等位基因数
• 2.4.6 统计分析模型
• 第三章 结果与分析
• 3.1 血液基因组DNA 的提取效果
• 3.2 UCP3 基因第2 外显子遗传多态性分析
• 3.2.1 UCP3 基因第2 外显子PCR 扩增结果
• 3.2.2 UCP3 基因第2 外显子PCR-SSCP 分析
• 3.3 UCP3 第3 外显子基因遗传多态性分析
• 3.3.1 UCP3 第3 外显子基因PCR 扩增结果
• 3.3.2 UCP3 基因第3 外显子PCR-SSCP 分析及测序结果
• 3.3.3 UCP3 基因第3 外显子多态位点遗传分析
• 3.3.4 UCP3 基因第3 外显子多态性与胴体、肉质性状的相关性分析
• 3.4 UCP3 基因第5 内含子遗传多态性分析
• 3.4.1 UCP3 基因第5 内含子PCR 扩增结果
• 3.4.2 UCP3 基因第5 内含子PCR-SSCP 分析及测序结果
• 3.4.3 UCP3 基因第5 内含子多态位点遗传分析
• 3.4.4 UCP3 基因第5 内含子多态性胴体、肉质性状相关性分析
• 3.5 IGF2 基因第2 外显子遗传多态性分析
• 3.5.1 IGF2 基因第2 外显子PCR 扩增结果
• 3.5.2 IGF2 基因第2 外显子PCR-SSCP 分析及测序结果
• 3.5.3 IGF2 基因第2 外显子多态位点遗传分析
• 3.5.4 IGF2 基因第2 外显子多态性胴体、肉质性状相关性分析
• 3.6 IGF2 基因第2 内含子遗传多态性分析
• 3.6.1 IGF2 基因第2 内含子PCR 扩增结果
• 3.6.2 IGF2 基因第2 内含子PCR-SSCP 分析及测序结果
• 3.6.3 IGF2 基因第2 内含子多态位点遗传分析
• 3.6.4 IGF2 基因第2 内含子多态性胴体、肉质性状相关性分析
• 3.7 CAPN1 基因第2 外显子遗传多态性分析
• 3.7.1 CAPN1 基因第2 外显子PCR 扩增结果
• 3.7.2 CAPN1 基因第2 外显子PCR-SSCP 分析及测序结果
• 3.7.3 CAPN1 基因第2 外显子多态位点遗传分析
• 3.7.4 CAPN1 基因第2 外显子多态性胴体、肉质性状相关性分析
• 3.8 CAPN1 基因第5 外显子遗传多态性分析
• 3.8.1 CAPN1 基因第5 外显子PCR 扩增结果
• 3.8.2 CAPN1 基因第5 外显子PCR-SSCP 分析
• 第四章 讨论与结论
• 4.1 讨论
• 4.1.1 高质量秦川牛基因组DNA 的提取
• 4.1.2 PCR 的影响因素
• 4.1.3 PCR-SSCP 条件的优化
• 4.1.4 基因多态性及其与胴体、肉质性状关联分析
• 4.2 结论
• 参考文献
• 致谢
• 作者简介