本文主要研究内容
作者王晓娇,蒙美莲,曹春梅,逯春杏,许飞,陈有军（2019）在《水分胁迫下马铃薯萌芽出苗期根系转录组差异表达分析》一文中研究指出：以马铃薯‘克新1号’为材料,通过Illumina HiSeqTM 4000高通量测序技术,对不同水分胁迫后的马铃薯萌芽出苗期根系cDNA文库进行了RNA-Seq分析,拟探明马铃薯感应水分胁迫的分子机制,挖掘出与抗旱密切相关的功能基因.将比对到基因组上的基因利用RPKM衡量各样本间的基因表达丰度,以P<0.05筛选出差异表达基因,通过GO (基因本体,gene ontology)数据库、KEGG代谢途径数据库,对不同水分胁迫样本差异表达基因的功能和参与的调控路径进行分析;选择6个差异表达基因,利用实时荧光定量PCR验证RNASeq结果的可靠性.结果表明:(1)DLWR(重度水分胁迫)样本中,比对到基因组的表达基因30 114 133个,差异表达基因5 241个;LWR(中度水分胁迫)样本中,比对到基因组的表达基因32 858 890个,差异表达基因1 488个.2个样本中同时存在的差异基因369个,其中上调表达基因78个,下调表达基因291个;显著差异表达基因主要与蛋白激酶、水解酶、氧化还原酶、水通道蛋白、转运蛋白、转录因子等相关.(2)在GO富集分析中,2个水分胁迫处理样本在生物学功能中富集的类别并不完全相同,但显著富集的主要是与氧化还原、转运、膜结合、转录调节子等相关的基因.(3)KEGG代谢分析显示,差异表达基因显著富集在谷胱甘肽代谢、植物激素信号转导等途径,与植物抗逆能力密切相关.(4)利用qRT-PCR验证的6个基因表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实了RNA-Seq结果的可靠性.通过研究得到了不同水分胁迫下马铃薯根系转录组信息,获得了差异基因及其功能信息,阐明了差异基因所参与的代谢通路及与植物水分胁迫的关系.
Abstract
yi ma ling shu ‘ke xin 1hao ’wei cai liao ,tong guo Illumina HiSeqTM 4000gao tong liang ce xu ji shu ,dui bu tong shui fen xie pai hou de ma ling shu meng ya chu miao ji gen ji cDNAwen ku jin hang le RNA-Seqfen xi ,ni tan ming ma ling shu gan ying shui fen xie pai de fen zi ji zhi ,wa jue chu yu kang han mi qie xiang guan de gong neng ji yin .jiang bi dui dao ji yin zu shang de ji yin li yong RPKMheng liang ge yang ben jian de ji yin biao da feng du ,yi P<0.05shai shua chu cha yi biao da ji yin ,tong guo GO (ji yin ben ti ,gene ontology)shu ju ku 、KEGGdai xie tu jing shu ju ku ,dui bu tong shui fen xie pai yang ben cha yi biao da ji yin de gong neng he can yu de diao kong lu jing jin hang fen xi ;shua ze 6ge cha yi biao da ji yin ,li yong shi shi ying guang ding liang PCRyan zheng RNASeqjie guo de ke kao xing .jie guo biao ming :(1)DLWR(chong du shui fen xie pai )yang ben zhong ,bi dui dao ji yin zu de biao da ji yin 30 114 133ge ,cha yi biao da ji yin 5 241ge ;LWR(zhong du shui fen xie pai )yang ben zhong ,bi dui dao ji yin zu de biao da ji yin 32 858 890ge ,cha yi biao da ji yin 1 488ge .2ge yang ben zhong tong shi cun zai de cha yi ji yin 369ge ,ji zhong shang diao biao da ji yin 78ge ,xia diao biao da ji yin 291ge ;xian zhe cha yi biao da ji yin zhu yao yu dan bai ji mei 、shui jie mei 、yang hua hai yuan mei 、shui tong dao dan bai 、zhuai yun dan bai 、zhuai lu yin zi deng xiang guan .(2)zai GOfu ji fen xi zhong ,2ge shui fen xie pai chu li yang ben zai sheng wu xue gong neng zhong fu ji de lei bie bing bu wan quan xiang tong ,dan xian zhe fu ji de zhu yao shi yu yang hua hai yuan 、zhuai yun 、mo jie ge 、zhuai lu diao jie zi deng xiang guan de ji yin .(3)KEGGdai xie fen xi xian shi ,cha yi biao da ji yin xian zhe fu ji zai gu guang gan tai dai xie 、zhi wu ji su xin hao zhuai dao deng tu jing ,yu zhi wu kang ni neng li mi qie xiang guan .(4)li yong qRT-PCRyan zheng de 6ge ji yin biao da mo shi yu RNA-Seqfen xi jie guo yi zhi ,zheng shi le RNA-Seqjie guo de ke kao xing .tong guo yan jiu de dao le bu tong shui fen xie pai xia ma ling shu gen ji zhuai lu zu xin xi ,huo de le cha yi ji yin ji ji gong neng xin xi ,chan ming le cha yi ji yin suo can yu de dai xie tong lu ji yu zhi wu shui fen xie pai de guan ji .
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自东北师大学报(自然科学版)的王晓娇,蒙美莲,曹春梅,逯春杏,许飞,陈有军，发表于刊物东北师大学报(自然科学版)2019年04期论文，是一篇关于马铃薯论文,水分胁迫论文,转录组论文,测序论文,差异表达基因论文,东北师大学报(自然科学版)2019年04期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自东北师大学报(自然科学版)2019年04期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
标签：马铃薯论文; 水分胁迫论文; 转录组论文; 测序论文; 差异表达基因论文; 东北师大学报(自然科学版)2019年04期论文;