论文题目: 水稻四号染色体基因组学和比较基因组杂交分析以及一个微倒转转座元件族的分化对亚洲栽培稻二源学说的佐证和对其逆境胁迫的分子机理研究
论文类型: 博士论文
论文专业: 生物化学与分子生物学
作者: 胡昊
导师: 韩斌
关键词: 水稻,物理图,比较基因组杂交,籼粳分化,微倒转转座元件,转座机制
文献来源: 中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）
发表年度: 2005
论文摘要: 采用多引物多模板PCR(Pool PCR)的方法鉴定了位于水稻四号染色体长臂上56.1-68 cM 之间的特异性BAC 克隆。与通过克隆菌落分子杂交的方法筛选克隆构建物理图相比,多引物多模板PCR 方法具有高效率、高敏感性、高特异性和可重用性等诸多优点。创新之处在于对引物对的合理分组和一个精心设计的PCR 反应条件。在对水稻四号染色体测序结果的基因预测分析和注解过程中,使用了一个集成了多种基因预测软件并辅以人工判断和校正(基于EST 数据和同源比对)的分析平台,集中分析了水稻四号染色体7.9-111.0 cM 之间区域,共计24 个BAC,总长约为3 百万碱基对(Mb)。利用由15,146 个亚克隆组成的水稻日本晴四号染色体的特异DNA 微阵列芯片,将分别来自粳稻(日本晴)和籼稻(广陆矮4 号)的基因组DNA 标记不同的荧光进行对比杂交,获得了以日本晴4 号染色体序列为基准的比较基因组杂交(CGH, Comparative Genomic Hybridization)图谱。依照一定的标准对结果进行了筛选,发现了在两种栽培稻中存在60多个具有拷贝数差异的亚克隆,主要是以逆转座子为主的转座元件和一些与抗性相关的基因。荧光实时定量PCR技术确证了芯片结果的可靠性,并发现某些差异在籼粳稻亚种之间的普遍存在。通过对基因表达强度的测定,发现拷贝数的差异倍数与表达量的差异倍数之间存在明显的正相关性。在亚洲栽培稻102 个品种中对一个名为mPing 的微倒转转座元件(MITE,Miniature Inverted Transposable Element)进行了研究。根据各种mPing 的序列特征,它们被分为两类:mPing-1 和mPing-2。进一步的分析表明,在亚洲
论文目录:
摘要
第一章 采用多引物多模板PCR(Pool PCR)的方法构建水稻广陆矮4 号第四号染色体物理图
一 引言
二 材料
三 方法
四 结果与讨论
第二章 水稻四号染色体测序和生物信息学分析
一 引言
二 材料和方法
三 结果和讨论
第三章 基于水稻四号染色体亚克隆特异DNA 芯片的比较基因组杂交分析
一 引言
二 材料和方法
三 结果和讨论
第四章 一个微倒转转座元件族的分化对亚洲栽培稻起源的二源学说的佐证
一 引言
二 材料和方法
三 结果
四 讨论
五 展望
第五章 一个转座子族的基因组分析和对其逆境胁迫的分子机理研究
一 引言
二 材料和方法
三 结果和讨论
结语
参考文献
发表文章
致谢
发布时间: 2005-09-09
参考文献
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