西施舌和琴文蛤线粒体基因组研究

论文摘要

西施舌（Coelomactra antiquata）隶属于软体动物门（Mollusca）双壳纲（Bivalvia）异齿亚纲（Heterodonta）帘蛤目（Veneroida）蛤蜊科（Mactridae），是我国重要的经济贝类。本研究首次测定了西施舌线粒体全基因组，西施舌线粒体基因组全序列长度为17190bp，基因组（A+T）碱基比例为64.7%。整个线粒体基因组编码34个基因，包括12个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和20个tRNA基因，西施舌线粒体基因组也缺少了两个tRNA： tRNASer（AGN）和tRNASer（UCN），也缺失了基因atp8。西施舌线粒体基因组的所有的基因都编码在同一条链上。在西施舌线粒体基因组最长的非编码区中，发现了8.9个拷贝的99bp的串联重复序列。另外，西施舌的线粒体基因排列也与其它物种存在很大差别，是一种新的基因排列顺序。琴文蛤隶属于软体动物门（Mollusca）双壳纲（Bivalvia）异齿亚纲（Heterodonta）帘蛤目（Veneroida）帘蛤科（Veneroidae）文蛤属（Meretrix）。本研究测定了琴文蛤线粒体基因组序列7505bp，在获得的序列中包含了cox3和cytb基因的部分序列；5个完整基因的序列：cox1、nad1、nad2、nad4L、cox2；5个tRNA基因：tRNAAla、tRNALeu（CUN）、 tRNAIle、tRNAAsp、tRNAPro以及10个非编码区域。将琴文蛤已测定的5个完整蛋白质编码基因与文蛤属四个物种（文蛤M. meretrix，丽文蛤M. lusoria,斧文蛤M. lamarckii，短文蛤M.petechialis）比较，发现5个基因的起始密码子以及终止密码子存在一定差别。本研究基于cox1、cox2、nad1、nad2、nad4L五个基因基础上，构建了文蛤属5个物种的NJ系统发生树。本研究结果支持文蛤属为单系发生，文蛤M. meretrix与短文蛤M. petechialis具有很近的亲缘关系，但是两个物种是否为同一物种，需要今后结合其形态上的数据才能得出更确定的结论。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1. 文献综述
• 1.1 线粒体基因组研究进展
• 1.1.1 线粒体的起源与进化
• 1.1.2 线粒体基因组的基本特征
• 1.1.3 线粒体基因组在分子系统学中的应用
• 1.2 异齿亚纲线粒体基因组的研究概况
• 1.3 研究目的及意义
• 2 西施舌线粒体基因组研究
• 2.1 前言
• 2.2 实验材料
• 2.2.1 样品的采集与保存
• 2.2.2 实验仪器与试剂
• 2.3 实验方法
• 2.3.1 基因组 DNA 的提取
• 2.3.2 琼脂糖电泳检测：
• 2.3.3 PCR 扩增
• 2.3.4 PCR 扩增产物测序
• 2.4 数据处理
• 2.4.1 序列拼接
• 2.4.2 基因注释
• 2.5 结果与分析
• 2.5.1 DNA 提取结果与 PCR 扩增结果
• 2.5.1.1 DNA 提取结果
• 2.5.1.2 PCR 扩增结果
• 2.5.2 西施舌线粒体基因组基本特征与基因排列分析
• 2.5.2.1 西施舌线粒体基因组的基本组成
• 2.5.2.2 西施舌线粒体基因组的蛋白质编码基因
• 2.5.2.3 西施舌线粒体基因组的 tRNA 和 rRNA
• 2.5.2.4 西施舌线粒体基因组的非编码区
• 2.5.2.5 异齿亚纲线粒体基因排列比较分析
• 3 琴文蛤线粒体基因组研究
• 3.1 前言
• 3.2 实验材料
• 3.2.1 样品的采集与保存
• 3.2.2 实验仪器与试剂
• 3.3 实验方法
• 3.3.1 基因组 DNA 的提取
• 3.3.2 PCR 扩增
• 3.3.3 PCR 扩增产物测序
• 3.4 数据处理
• 3.4.1 序列拼接
• 3.4.2 基因注释
• 3.4.3 系统进化树的构建
• 3.5 结果与分析
• 3.5.1 DNA 提取结果与 PCR 扩增结果
• 3.5.1.1 DNA 提取结果
• 3.5.1.2 PCR 扩增结果
• 3.5.2 琴文蛤线粒体基因组基本特征与进化分去析
• 参考文献
• 致谢
• 个人简历
• 发表的学术论文