鹅GnRH基因5’端调控区和外显子1 SNPs检测及与产蛋量的关系

论文摘要

促性腺激素释放激素（gonadotropin-releasing hormone,GnRH）由动物丘脑分泌。研究表明,禽类GnRH表达量的高低与家禽的繁殖性能具有密切的相关性,GnRH可作为与产蛋性能相关的候选基因之一。本研究以我国优良的中型鹅品种皖西白鹅（n=200）和引入的莱茵鹅（n=80）为研究素材,选择与产蛋性能相关的GnRH基因,通过比较基因组学方法,应用Dnastar和PrimerPremier 5.0软件,根据GenBank登陆的鸡GnRH基因序列（登陆号:x69491）,共设计了4对引物对皖西白鹅GnRH基因的5’端调控区及外显子1序列进行克隆测序;运用PCR-SSCP法对皖西白鹅和莱茵鹅GnRH基因外显子1和5’端调控区片段分别进行多态性分析,检测其基因突变位点,并分析基因多态性及与皖西白鹅产蛋量间的相关性。克隆了皖西白鹅和莱茵克GnRH基因5’端调控区及外显子1序列（GenBank登录号:EF495207,EF405623）。序列比较表明,皖西白鹅GnRH基因5’端调控区序列与莱茵鹅和家鸡的同源性分别为99%和65%;外显子1序列与莱茵鹅和家鸡序列完全相同。对皖西白鹅和莱茵鹅GnRH基因5’调控区及外显子1进行多态性检测,结果表明,外显子1扩增片段经SSCP检测不存在多态性;5’端调控区发现有3个SNP位点,其中GnRH基因5’调控区F3引物有2个SNP位点,而F4引物有1个SNP位点。群体遗传学分析表明,皖西白鹅F3引物检测的两个等位基因,频率分别为0.7和0.3,三种基因型（AA、AB和BB）频率分别为0.62、0.16和0.22;F4引物检测的两个等位基因频率分别为0.83和0.17,三种基因型（CC、CD和DD）频率分别为0.66、0.34和0。经X2适合性检验,群体在两位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态。莱茵鹅F3和F4引物检测的等位基因频率分别为0.625、0.375和0.575、0.425,对应的基因型（EE、EF、FF、MM、MN和MM）频率分别为0.525、0.2、0.275、0.4、0.35和0.25。经X2检验,两位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态。皖西白鹅在F3和F4引物检测的多态位点的PIC分别为0.3381和0.2424;莱茵鹅在F3和F4引物检测位点的PIC分别为0.3589和0.3693。最小二乘分析表明,在皖西白鹅群体中,F3引物检测出的三种基因型与产蛋量间有显著相关性（P＜0.05）,BB基因型产蛋量明显高于AA和AB型（P＜0.05）。莱茵鹅群体F3引物的三种基因型与产蛋量也有显著差异（P＜0.05）,FF基因型的产蛋量明显低于EE和EF型（p＜0.05）,本位点可作为产蛋性状的分子标记。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 目录
• 文献综述
• 1 GnRH的结构与功能研究
• 1.1 种类及结构
• 1.2 GnRH的合成、分泌与信号传导
• 1.3 GnRH生理功能研究
• 2 GnRH基因结构、表达及多态性
• 2.1 GnRH基因结构
• 2.2 GnRH基因表达
• 2.3 GnRH基因多态性及其遗传效应
• 引言
• 1 材料与方法
• 1.1 实验材料
• 1.1.1 试验动物
• 1.1.2 菌株与克隆载体
• 1.1.3 药品与酶
• 1.1.4 主要仪器设备
• 1.2 实验方法
• 1.2.1 缓冲液与常规试剂配制
• 1.2.2 引物设计与合成
• 1.2.3 血样基因组DNA的提取及和纯度的测定
• 1.2.3.1 基因组DNA提取
• 1.2.3.2 DNA浓度和纯度测定
• 1.2.4 GnRH基因的PCR-SSCP检测
• 1.2.4.1 引物最佳PCR反应条件的建立
• 1.2.4.2 SSCP检测
• 1.2.5 GnRH基因序列克隆和测序
• 1.2.5.1 感受态细胞的制备
• 1.2.5.2 目的片段的回收
• 1.2.5.3 PCR产物与PDM18-T载体的连接
• 1.2.5.4 转化与重组质粒的鉴定
• 1.2.5.5 克隆片段序列测定
• 1.2.6 统计分析方法
• 1.2.6.1 基因频率
• 1.2.6.2 基因型频率
• 1.2.6.3 基因位点Hardy-Weinberg平衡状态检验
• 1.2.6.4 群体内遗传变异的度量指标——杂合度
• 1.2.6.5 有效等位基因数
• 1.2.6.6 多态信息含量值的计算
• 1.2.6.7 基因型的独立性检验
• 1.2.7 GnRH基因与皖西白鹅产蛋性能间关系的研究
• 2 结果与分析
• 2.1 GnRH基因5'端调控区及外显子1克隆与测序
• 2.1.1 鹅GnRH基因各片段的PCR扩增
• 2.1.2 皖西白鹅与莱茵鹅GnRH基因5'端调控区序列测定及同源性比较
• 2.1.3 皖西白鹅与莱茵鹅GnRH基因外显子1序列测定
• 2.2 皖西白鹅和莱茵鹅GnRH基因5'端调控区SSCP检测结果
• 2.2.1 皖西白鹅SSCP电泳结果
• 2.2.2 莱茵鹅SSCP电泳结果
• 2.2.3 皖西白鹅和莱茵鹅GnRH基因5'端调控区有多态性片段的测序
• 2.3 GnRH基因5'区潜在的调控元件及蛋白结合位点的预测
• 2.4 基因群体遗传学分析
• 2.4.1 GnRH基因频率和基因型频率
• 2.4.2 GnRH基因Hardy-Weinberg平衡检验
• 2.4.3 GnRH基因的遗传特性分析
• 2.4.4 不同SNP位点在皖西白鹅和莱茵鹅群体中分布比较
• 2.5 基因多态性位点与鹅产蛋性能的相关性分析
• 3 讨论
• 3.1 鹅GnRH基因序列比较分析
• 3.2 鹅GnRH基因5'突变及其多态性分析
• 3.3 皖西白鹅GnRH基因群体遗传结构分析
• 3.4 鹅GnRH基因型与产蛋性能的相关性分析
• 4 结论
• 参考文献
• 缩略词
• 致谢
• 作者简介