西北地区4个中国特有鹿种的微卫星遗传多样性研究

论文摘要

为了科学的评价、保护和利用中国特有鹿种资源,本试验利用微卫星DNA标记技术,从鹿的近缘物种——牛的微卫星位点中筛选20对引物,对西北4个中国特有鹿种,即甘肃马鹿、阿拉善马鹿、青海马鹿、白唇鹿,以及对照鹿种——东北梅花鹿共152份样本的遗传多样性进行分析研究,结论如下:1. 20对引物中,14对引物有扩增产物。共检测到111个等位基因,其中包括27个特有等位基因。在哈-温平衡检验中,甘肃马鹿、阿拉善马鹿、青海马鹿、白唇鹿中分别有2个、5个、1个、2个位点符合哈-温平衡,而梅花鹿所有位点均不符合哈-温平衡。中性检验分析中,有9个位点属于中性位点。2.甘肃马鹿、阿拉善马鹿、青海马鹿、白唇鹿和梅花鹿群体的多态信息含量（PIC）分别为0.523、0.365、0.554、0.320、0.390,期望杂合度分别（He）为0.580、0.446、0.614、0.397、0.501,Shannon信息指数（I）分别为1.109、0.819、1.176、0.694、0.966;有效等位基因数（Ne）分别为2.884、2.251、3.066、1.967、2.523。3. 3个马鹿群体的遗传分化系数（Gst）为0.163,83.7%的遗传变异是由群体内遗传多态现象引起,16.3%来自群体间的差异;群体间配对固定指数（Fst）分析结果是其均处于中度分化状态,其中甘肃马鹿与青海马鹿的分化程度最低。在5个鹿群体固定指数分析中,Fis、Fit均为正值,说明群体内都存在不同程度的近交现象。4. 3个马鹿群体的基因流（Nm）均大于1,甘肃马鹿和青海马鹿的基因流最大,为2.301。5个鹿群体的基因流（Nm）总体比较,3个马鹿群体与白唇鹿、梅花鹿的基因流（Nm）均小于1。5.在3个马鹿群体的Nei’s遗传距离（Da）分析中,甘肃马鹿与青海马鹿的遗传距离最小,青海马鹿与阿拉善马鹿的遗传距离最大;5个鹿群体的Nei’s遗传距离（Da）则表现为,马鹿与白唇鹿的遗传距离最小,与梅花鹿的遗传距离最大。在遗传聚类分析中,甘肃马鹿与青海马鹿首先聚为一类,再与阿拉善马鹿聚合成为第一集团;马鹿集团与白唇鹿聚合后,再与梅花鹿聚合。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 1.1 鹿资源概述
• 1.1.1 鹿的生物学分类
• 1.1.2 中国的鹿品种资源简介
• 1.1.3 中国鹿科动物的驯养历史和经济价值
• 1.2 试验鹿种简介
• 1.2.1 马鹿
• 1.2.2 白唇鹿
• 1.2.3 梅花鹿
• 1.3 微卫星遗传标记简介
• 1.3.1 微卫星DNA 简介
• 1.3.2 微卫星标记的优点
• 1.3.3 微卫星标记在动物遗传育种中的应用
• 1.4 微卫星标记在鹿类动物遗传育种中的研究进展
• 1.4.1 构建物种的遗传连锁图
• 1.4.2 QTL 的连锁分析
• 1.4.3 群体遗传结构分析及遗传关系的分析
• 1.4.4 评估遗传多样性
• 1.4.5 家系鉴定
• 1.5 研究的目的与意义
• 第二章 试验研究
• 2.1 试验材料
• 2.1.1 试验对象
• 2.1.2 微卫星引物
• 2.1.3 主要仪器设备
• 2.1.4 主要试剂及配置方法
• 2.2 试验方法
• 2.2.1 样本采集及保存
• 2.2.2 血液DNA 的提取
• 2.2.3 DNA 提取质量的检测
• 2.2.4 微卫星DNA 的PCR 扩增
• 2.2.5 PCR 扩增产物琼脂糖凝胶电泳检测
• 2.2.6 PCR 扩增产物聚丙烯酰胺非变性凝胶电泳检测
• 2.2.7 聚丙烯酰胺凝胶的银染及显色
• 2.3 统计分析
• 2.3.1 群体内遗传变异参数
• 2.3.2 群体间遗传关系参数
• 2.3.3 使用软件
• 2.4 结果与分析
• 2.4.1 基因组DNA 琼脂糖检测
• 2.4.2 PCR 扩增产物琼脂糖检测
• 2.4.3 微卫星位点电泳检测
• 2.4.4 等位基因数目和等位基因频率
• 2.4.5 群体内的遗传变异检测结果
• 2.4.6 群体间的遗传关系分析
• 2.5 讨论
• 2.5.1 关于采样过程对遗传多样性参数的影响
• 2.5.2 关于微卫星位点选择的分析
• 2.5.3 关于5 个鹿群体的遗传多样性的分析
• 2.5.4 关于群体内遗传变异的分析
• 2.5.5 关于群体间遗传分化和基因流的分析
• 2.5.6 关于5 个鹿群体的群体结构的分析
• 第三章 结论
• 参考文献
• 附录
• 致谢
• 作者简介