太湖猪卵巢组织FSHR基因表达水平与5’调控区多态性分析

论文摘要

太湖猪是我国珍贵的地方品种资源,具有性情温驯、肉质鲜美、耐粗饲、杂种优势显著、抗病力强等优良特性,以产仔数多而闻名世界。深入研究太湖猪的高繁殖性能分子机理,对于培育新品种、提高猪种繁殖性能具有重要意义。为了进一步揭示太湖猪高繁性能的分子机理,本文采用实时荧光定量PCR技术对太湖猪和商品猪卵巢组织中FSHR基因mRNA表达水平进行了比较分析,并对FSHR基因mRNA表达水平与太湖猪产仔数的相关性进行了分析；通过PCR扩增和克隆测序技术获得了太湖猪FSHR基因5’调控区序列,采用各种生物信息学软件分析了太湖猪FSHR基因的5’调控区的序列特征；采用PCR-SSCP技术检测太湖猪和商品猪FSHR基因5调控区的SNP位点,对太湖猪和商品猪FSHR基因5’调控区的多态性进行了比较分析,并分析了商品猪FSHR基因5’端调控区多态性与卵巢组织FSHR基因表达水平的关联性。分析结果如下：1. FSHR基因在成年二花脸猪卵巢组织中高表达,在输卵管和子宫组织中低表达,而在其它组织中不表达；成年二花脸猪卵巢组织中FSHR基因：mRNA表达量高于商品猪,两者差异显著（P=0.017）；相关性分析发现,二花脸猪FSHR基因mRNA表达量与经产平均产仔数呈显著正相关（P<0.05）,相关系数为0.8246,与经产平均产活仔数呈显著正相关（P<0.05）,相关系数为0.8167,说明卵巢组织FSHR基因1mRNA表达量与二花脸猪产仔数之间存在一定的关系。2.通过PCR扩增和克隆测序获得了梅山猪FSHR基因5调控区序列,序列全长为1180bp,与引物源序列、牛、山羊、小鼠和人的同源性分别为99.75%、67.17%、64.86%、36.49%和33.56%。通过软件预测发现6个启动子序列,其中有4个启动子预测分值最高,集中分布在25nt-369nt,并且在这一区域存在15个转录调控元件（分值大于或等于85）,分别是AML-la、CdxA、cap、SRY、S8、Oct-1、GATA-1、HSF2、TCF11、GATA-2、GATA-3和TATA等。3.通过PCR-SSCP技术在梅山猪群FSHR基因5’调控区中发现2个突变位点：在nt1001处碱基A突变为T;nt334处碱基A突变为G,导致DD型梅山猪FSHR基因的5’端调控区的一个调控元件GATA-1的结构组成发生改变,预测分值升高。通过比较分析梅山猪和商品猪两个位点的多态性,结果表明,在A1001T位点,等位基因A和基因型AA为梅山猪的优势等位基因和基因型,频率分别为0.6223和0.4681,高于商品猪（分别为0.3953和0.2093）；在A334G位点,梅山猪等位基因D和基因型DD的频率分别为0.3368和0.3053,高于商品猪（分别为0.2349和0.1807）。有效等位基因数、杂合度与多态信息含量统计分析结果表明,2个猪群2个位点均为中度多态位点。4.采用实时荧光定量PCR技术检测了不同基因型商品猪卵巢组织中FSHR基因mRNA表达水平,结果发现：在A1001T位点,AB型商品猪卵巢组织中FSHR基因]mRNA表达量最高,其次为AA型,BB型表达量最低,但3种基因型之间差异均不显著；在A334G位点,DD型卵巢组织中FSHR基因mRNA表达量显著高于CC型和CD型（P<0.05）,而CD型高于CC型,但两者异不显著。研究结果表明,FSHR基因5调控区A334G突变可能影响FSHR基因mRNA的表达。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一部分 文献综述
• 第一章 太湖猪及其高繁性能的研究进展
• 1 太湖猪的现状
• 1.1 太湖猪的产地与分布
• 1.2 太湖猪的起源与品种形成
• 1.3 体型外貌
• 1.4 生产性能与利用
• 2 太湖猪的繁殖特性
• 2.1 梅山猪的卵泡发育与排卵
• 2.2 梅山猪胚胎的发育特征
• 2.3 梅山猪乳房发育及泌乳
• 2.4 梅山猪的高繁殖分子机理研究
• 参考文献
• 第二章 FSHR基因研究进展
• 1 FSHR的结构特征
• 2 FSHR基因转录调控特征
• 3 FSHR基因表达特征
• 3.1 FSHR基因在卵巢组织中的表达特征
• 3.2 FSHR基因在其它组织中的表达特征
• 3.3 FSHR的生物学功能
• 4 FSHR的多态性研究
• 参考文献
• 第二部分 实验研究
• 第三章 二花脸猪卵巢组织FSHR基因表达水平与产仔数的相关性分析
• 1 材料与方法
• 1.1 试验动物
• 1.2 主要试剂和仪器
• 1.3 组织总RNA提取和反转录
• 1.4 引物设计与合成
• 1.5 PCR扩增
• 1.6 产物回收及测序
• 1.7 荧光实时定量PCR
• 1.8 数据分析
• 2 结果与分析
• 2.1 二花脸猪卵巢组织FSHR基因和GAPDH基因RT-PCR扩增结果
• 2.2 二花脸猪FSHR基因的组织表达特征
• 2.3 二花脸猪与商品猪卵巢组织FSHR基因表达水平比较分析
• 2.4 二花脸猪卵巢组织FSHR基因表达水平与产仔数的相关性分析
• 3 讨论
• 参考文献
• 第四章 梅山猪FSHR基因5调控区的克隆与生物信息学分析
• 1 试验材料
• 1.1 试验动物样品
• 1.2 主要仪器设备
• 1.3 试验药品及试剂
• 1.4 常规溶液及试剂配制
• 1.5 分析软件
• 2 实验方法
• 2.1 DNA的提取
• 2.2 基因组DNA质量及浓度检测
• 2.3 PCR扩增
• 2.4 梅山猪FSHR基因5’调控区的克隆
• 2.5 序列拼接与生物信息学分析
• 3 试验结果与分析
• 3.1 基因组DNA的提取效果
• 3.2 序列克隆分析
• 3.3 序列特征分析
• 4 讨论
• 参考文献
• 第五章 梅山猪FSHR基因5’调控区的多态性分析
• 1 材料与方法
• 1.1 供试动物
• 1.2 主要仪器设备
• 1.3 实验试剂
• 1.4 DNA提取所需溶液配方
• 1.5 DNA的提取
• 1.6 引物设计和及PCR扩增
• 1.7 聚丙烯酰胺凝胶的制备
• 1.8 PCR-SSCP分析
• 1.9 数据处理及分析方法
• 2 结果与分析
• 2.1 PCR扩增结果
• 2.2 突变位点的筛选
• 2.3 梅山猪FSHR基因5’调控区T1001A和A334G位点多态性分析
• 2.4 遗传参数分析
• 2.5 梅山猪和商品猪群FSHR基因5’调控区多态性差异分析
• 2.6 商品猪群FSHR基因5’调控区多态性与基因表达水平的关联分析
• 3 讨论
• 参考文献
• 全文总结
• 致谢
• 攻读硕士学位期间发表的学术论文目录
• 创新点