PCR-DGGE法在抚州市西湖水体微生物多样性研究中的探讨

论文摘要

抚州西湖是抚州市公园内的风景旅游湖泊,由于近些年工农业生产的发展和人类各种干扰的增加,湖水富营养化程度严重。微生物是湖泊生物圈物质循环和能量流动的主要参与者,在湖泊生态系统中起着重要的作用。本论文使用基于16S rDNA的PCR-DGGE（变性梯度凝胶电泳）技术,对抚州市西湖微生物的多样性做了分析和研究。用SDS-蛋白酶K法提取水样细菌总DNA,并进行纯化后分别进行16S rDNA的V3和V6 V9区PCR,而后经20%-80%变性梯度凝胶电泳（DDGE）分离,在凝胶成像系统下观察各样品的DGGE变性梯度凝胶条带,不同类型的细菌观察到的DGGE条带位置不同。研究结果表明,在水平和垂直断面方向上的细菌多样性具有一定差异。湖水中央纵断面10cm水深处水体细菌多样性高于50cm水深处；而距排污口岸边较远纵断面处,10cm水深处和50cm水深处的细菌多样性差异较小,能反映出水体中微生物种群多样性。此研究有助于我们更深入地掌握西湖湖泊微生物的分布特征及其在湖泊生态系统中的功能与作用,对深入开展湖泊生态环境的改善具有重要的意义。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 1 绪论
• 1.1 分子生物学方法对水体菌种的研究现状与前景
• 1.2 湖泊水体中微生物生态学
• 1.2.1 湖泊水体系中微生物种类多样性
• 1.2.2 湖泊水体系中微生物种群之间的相互作用
• 1.3 常用的微生物多样性分析
• 1.3.1 传统方法
• 1.3.2 分子生物学方法
• 1.4 分子生物学技术在水体微生物生态学研究中的应用
• 1.5 PCR-DGGE技术的原理、优越性及应用前景
• 1.5.1 PCR-DGGE技术的原理及优越性
• 1.5.2 应用PCR-DGGE技术分析微生物多样性的方法
• 1.5.3 应用前景
• 1.6 研究目的和意义
• 2 研究区概况及研究材料和方法
• 2.1 研究区概况和实验流程
• 2.1.1 研究区概况
• 2.1.2 实验流程
• 2.2 材料
• 2.2.1 实验材料
• 2.2.2 仪器设备
• 2.2.3 实验试剂
• 2.2.4 试剂配制
• 2.2.5 酶等试剂的处理
• 2.3 方法
• 2.3.1 样品采集及前处理
• 2.3.2 基因组DNA的提取
• 2.3.3 粗提DNA的纯化
• 2.3.4 PCR扩增
• 2.3.5 PCR产物的检测
• 2.3.6 PCR产物的纯化
• 2.3.7 DGGE电泳
• 3 结果与讨论
• 3.1 抚州市西湖采样点水体理化性质
• 3.2 粗提和纯化提取的DNA样品电泳图谱比较
• 3.3 不同引物PCR效果比较
• 3.4 DGGE凝胶电泳图谱
• 3.5 小结
• 3.5.1 PCR—DGGE分析方法
• 3.5.2 抚州市西湖水体某断面的细菌多样性
• 4 结论与建议
• 4.1 结论
• 4.2 建议
• 参考文献
• 致谢
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