论文摘要
复合区间作图法（CIM）已被广泛应用于QTL分析,但CIM存在的一些不足使QTL的效应可能会被所在区间之外的标记所吸收,其对背景标记的选择也影响着定位的准确性,进行上位性分析时还需要求助MIM模型。因此Wang提出了完备区间作图（ICIM）,简化了CIM中控制背景遗传变异的过程,提高了对QTL的检测功效。运用AB-QTL分析法,建立以粳稻R0380为供体亲本,以籼稻RP2334为轮回亲本的高代回交自交系（BIL）,分别构建基于BIL群体和源自相同双亲的重组自交系（RIL）的分子标记遗传连锁图谱,利用完备区间作图法（ICIM）对水稻的株高、有效分蘖数、粒厚、粒宽、粒长和长宽比相关QTL进行定位,并与复合区间作图法（CIM）进行结果比较。基于RIL群体的连锁图谱,通过ICIM共检测到6个性状的35个QTL,利用CIM共检测到25个QTL,其中有21个QTL为两者共同检测到（总共39个QTL）。ICIM在粒厚和粒长QTL上有更高的检出率,在粒宽QTL上与CIM相同,在株高和有效分蘖数QTL上与CIM相近。通过比较分析,ICIM具有更高的QTL检测效率和灵敏度,但也需要警惕假阳性的出现,同时被ICIM和CIM共定位到的QTL具有较高的可信度。基于BIL群体自身的连锁图谱,通过ICIM检测到上述39个QTL中的32个位点。虽然BIL群体自身的连锁图谱全长远远小于RIL群体的连锁图谱,但是基于两个图谱的定位结果基本相同。通过ICIM作图法,在BIL群体中检测到4个控制低氧萌发力的加性QTL和2对上位性位点,加性效应和上位性效应均是其遗传基础的重要组成部分,5号染色体跟4和10号染色体上QTL的互作效应共解释了50.73%的表型变异。通过对256份水稻核心种质进行低氧萌发力的评估,发现粳稻和籼稻的低氧萌发力均存在广泛变异,粳稻不同品种之间的低氧萌发力差异可能更加广泛。筛选出具有强耐缺氧萌发力的品种肥东塘稻,用来与IR26构建染色体片段置换系,为进一步研究低氧萌发力和选育优秀直播稻奠定基础。