浦东鸡微卫星DNA遗传多态性及其与部分生产性能的关联分析

论文摘要

浦东鸡是我国重要的优良地方品种之一。本试验利用15个微卫星座位多态性分析了浦东鸡及其他等6个地方鸡品种的等位基因频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量和群体间的亲缘关系,此外还初步探讨了15个微卫星座位与浦东母鸡体重、体尺以及屠宰性能相关性。实验结果如下:1.本研究所采用的15个微卫星座位在7个地方鸡品种中均表现出较丰富的多态性,共检测到75个等位基因,平均每个座位的等位基因数为5个（2-8个）;7个地方鸡品种的平均基因杂合度在0.4843-0.6189之间,平均多态信息含量在0.4825-0.6153之间,15个微卫星座位上的平均有效等位基因数在2.5-3.2之间;浦东鸡含有最高的H和PIC,贵妃鸡含有最低的H和PIC;2.遗传距离计算结果表明7个品种鸡群的遗传距离差异程度较大（0.1872-0.6003）。根据Nei氏遗传距离得到的聚类图中,7个鸡群被聚为2大类。第一大类包括6个地方鸡品种,这6个地方鸡品种又分为以下2类:溧阳鸡和石岐杂鸡先聚在一起,再与安卡肉鸡、浦东鸡聚在一起,形成第1类;海兰蛋鸡与北京油鸡聚在一起,形成第2类。贵妃鸡单独聚为第二大类。该系统聚类结果与这些地方鸡种的系统分化与选育历史是基本一致的;3.浦东鸡的体尺及屠宰性能的微卫星标记关联分析结果表明:MCW0014、MCW0295与胸深存在极显著相关;ADL0278、MCW67与龙骨长存在极显著和显著相关;ADL0146与骨盆宽存在显著相关;LEI094、MCW0014和MCW67与腿肌率显著相关;MCW0094与活重极显著相关。与性状连锁的同一标记不同基因型间作多重比较的结果表明:座位MCW0014的AC基因型对胸深影响显著（P<0.05）;座位ADL0146的AA基因型对骨盆宽影响显著（P<0.05）。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 1 文献综述
• 1.1 遗传多样性及其研究意义
• 1.2 我国畜禽遗传多样性保存及其利用现状
• 1.3 畜禽遗传多样性的评估方法
• 1.3.1 限制性酶切片段长度多态性（RFLP）
• 1.3.2 扩增片段长度多态性（AFLP）
• 1.3.3 随机扩增多态性DNA（RAPD）
• 1.3.4 单核苷酸多态（SNPs）
• 1.4 浦东鸡品种形成及现状
• 1.4.1 浦东鸡历史
• 1.4.2 浦东鸡基本性状
• 1.4.3 浦东鸡的保种现状
• 1.5 微卫星分子标记及其研究进展
• 1.5.1 微卫星的结构及分布
• 1.5.2 微卫星的功能
• 1.5.3 微卫星标记的特性
• 1.5.4 微卫星标记的应用
• 1.5.5 微卫星标记的局限性
• 1.6 本研究的目的和意义
• 2 材料和方法
• 2.1 实验样品采集
• 2.1.1 试验素材
• 2.1.2 引物
• 2.1.3 主要药品和试剂
• 2.1.4 所用试剂配制
• 2.1.5 试验仪器和设备
• 2.2 实验方法
• 2.2.1 基因组DNA 提取
• 2.2.2 PCR 扩增
• 2.2.3 基因型检测和分型
• 2.3 统计分析
• 2.3.1 群体内遗传多样性的分析
• 2.3.2 群体间遗传关系
• 2.3.3 微卫星标记与浦东鸡体尺和屠宰性能间的相关性分析
• 3 结果与分析
• 3.1 DNA 提取结果和PCR 扩增产物检测
• 3.2 扩增结果及多态性
• 3.3 群体内遗传变异
• 3.4 群体间遗传差异和聚类分析
• 3.5 微卫星标记与浦东母鸡生产性能的相关性初探
• 3.5.1 群体内的遗传变异
• 3.5.2 微卫星标记与浦东鸡体尺及屠宰性状的相关关系
• 4 讨论
• 4.1 试验条件的确定
• 4.1.1 PCR 反应条件
• 4.1.2 PCR 产物检侧
• 4.1.3 PCR 及产物检测中出现的问题及对策
• 4.2 样本量、性别的选择对试验结果的影响
• 4.3 品种内遗传变异
• 4.4 种间的遗传距离与系统聚类
• 4.5 微卫星标记分析浦东母鸡遗传多态性
• 4.6 微卫星标记与浦东母鸡体尺及屠宰性能的相关
• 5 小结
• 参考文献
• 致谢
• 攻读硕士学位期间发表论文目录