栉孔扇贝与西施舌的群体遗传学研究

论文摘要

为了更好地保护和合理利用我国的贝类资源,采用不同分子标记对一些具有重要经济价值的贝类进行群体遗传分析很有必要,同时也是贝类遗传育种研究中不可缺少的基础性工作。本论文主要包括三大部分:1.栉孔扇贝EST-SSR标记的筛选和评价从3466条栉孔扇贝EST序列中鉴定出169个微卫星。选取30条栉孔扇贝EST序列设计微卫星引物,其中15对EST-SSR引物检测出多态性。各位点的等位基因数为2-13个,每个位点的平均等位基因数为6.3个。期望杂合度为0.282-0.864,观测杂合度为0.267-0.867。在海湾扇贝和虾夷扇贝中进一步检测了这些位点的种间通用性。结果显示新开发的15个EST-SSR标记具有较高的多态性和种间通用性,可以作为有价值的分子标记工具在栉孔扇贝及其它相关种中用于遗传研究。2. AFLP分子标记的遗传模式研究及其在野生与养殖栉孔扇贝群体遗传多样性研究中的应用AFLP分子标记的遗传模式在三个栉孔扇贝全同胞家系中进行了检验。多重检验校正之前有9.3%的扩增条带不符合孟德尔分离比,经校正后有只有0.8%的扩增条带不符合孟德尔分离比,此结果表明AFLP标记可以认为符合孟德尔遗传模式。利用AFLP标记分析栉孔扇贝养殖群体间的遗传多样性水平并与野生群体进行了比较。利用六对选扩引物对四个养殖群体和两个野生群体共139个个体进行扩增共产生293个位点。AFLP标记在栉孔扇贝养殖群体与野生群体中均具有高度多态性。期望杂合度的范围为0.291（养殖群体）-0.295（野生群体）,多态位点比率的范围为92.1%（养殖群体）-93.9%（野生群体）。此结果表明虽然经过30多年的人工养殖并未明显降低栉孔扇贝养殖群体的遗传多样性。在栉孔扇贝养殖群体间及养殖群体与野生群体间观察到显著的遗传分化。本实验得到的遗传信息为栉孔扇贝的选育及合理管理方针的制定提供了理论依据。3.西施舌野生群体遗传多样性的微卫星分析西施舌是我国沿海一种重要的经济双壳贝类,其产量在过去十年间下降十分显著。为了给保护政策和管理计划的制定提供数据参考,本论文采用5个微卫星标记对山东即墨、胶南、日照,江苏启东和福建长乐5个西施舌野生群体进行了群体遗传多样性与遗传分化的研究。结果表明,从等位基因数与杂合度上分析,遗传多样性较高（N=10-26,He=0.591-0.901）;等位基因频率分布揭示出野生群体中存在一些稀有等位基因。通过对等位基因频率比较分析,5个野生群体之间观察到显著差异的Fst值,其中长乐群体与其它4个群体间的差异尤其显著,群体间存在遗传分化;长乐群体与其它群体间存在显著遗传分化与西施舌短暂的浮游期、有限的扩散能力及长江入海口大量淡水注入引起盐度变化而形成屏障有关。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 文献综述
• 第一节 遗传多样性及其研究方法
• 1 遗传多样性的含义
• 2 遗传多样性检测方法的发展
• 2.1 形态学标记
• 2.2 细胞学标记
• 2.3 生化标记
• 2.4 分子标记
• 3 几种常用分子标记简介
• 3.1 限制性片段长度多态性（RFLP）标记
• 3.2 随机扩增多态性DNA（RAPD）标记
• 3.3 微卫星（microsatellite）标记
• 3.4 扩增片断长度多态性（AFLP）标记
• 3.5 表达序列标签（EST）
• 3.6 单核苷酸多态性（SNP）
• 4 各种分子标记的比较
• 5 遗传多样性的研究意义
• 第二节 分子标记在海洋贝类群体遗传多样性研究中的应用
• 1 同工酶标记在贝类群体的遗传多样性研究进展
• 2 DNA分子标记在贝类群体的遗传多样性研究进展
• 第三节 栉孔扇贝的生物学特性及养殖现状
• 1 栉孔扇贝的分类学地位以及形态学特征
• 2 栉孔扇贝的分布以及我国的养殖情况
• 第四节 西施舌的生物学特性及养殖现状
• 1 西施舌的分类学地位以及形态学特征
• 2 西施舌的分布以及我国的养殖情况
• 第二章 栉孔扇贝的群体遗传学研究
• 第一节 栉孔扇贝 EST-SSR 的开发及特性分析
• 0 引言
• 1 材料与方法
• 1.1 实验材料
• 1.2 模板DNA 的提取
• 1.3 微卫星序列的查找
• 1.4 微卫星引物的设计和多态性检测
• 1.5 种间通用性的检测
• 2 结果
• 2.1 ESTs 数据库中含有微卫星的序列
• 2.2 微卫星的引物设计及多态性检测结果
• 2.3 种间通用性检测结果
• 3 讨论
• 第二节 栉孔扇贝 AFLP 标记遗传模式的研究
• 0 引言
• 1 材料与方法
• 1.1 实验材料
• 1.2 AFLP 检测
• 1.3 数据统计及分析方法
• 2 结果
• 2.1 AFLP 扩增可重复性检测结果
• 2.2 AFLP 遗传模式分析结果
• 3 讨论
• 第三节 栉孔扇贝养殖群体遗传多样性的 AFLP分析
• 0 引言
• 1 材料与方法
• 1.1 取样与DNA 提取
• 1.2 AFLP 检测
• 1.3 数据统计及分析方法
• 2 结果
• 2.1 AFLP 扩增结果
• 2.2 栉孔扇贝群体遗传多样性及遗传分化
• 2.3 栉孔扇贝群体的聚类分析
• 3 讨论
• 第三章 西施舌野生群体遗传多样性的 SSR 分析
• 0 引言
• 1 材料与方法
• 1.1 样品来源与DNA 模板提取
• 1.2 PCR扩增与多态性检测
• 1.3 数据统计及分析方法
• 2 结果
• 2.1 群体内遗传多样性
• 2.2 群体遗传结构
• 3 讨论
• 3.1 微卫星标记在西施舌群体遗传多样性检测的评价
• 3.2 西施舌群体的遗传多样性与遗传分化
• 3.3 哈迪－温伯格平衡
• 参考文献
• 致谢
• 学术成果