论文题目: 中国HIV-1主要结构基因的序列变异性以及耐药相关性突变分析
论文类型: 博士论文
论文专业: 内科学
作者: 尹春煜
导师: 翁心华,卢洪洲,潘孝彰,张文宏
关键词: 变异,序列,耐药性,亚型
文献来源: 复旦大学
发表年度: 2005
论文摘要: 第一部分:上海及河南HIV-1分离株p24和gp41基因编码区序列变异性及亚型分析 目的 了解目前我国上海及河南地区HIV分离株p24蛋白编码区的基因变异性以及亚型的分子流行病学。方法 收集上海及河南地区38份已经确诊的HIV-1感染患者的血浆标本并抽提出RNA,其中23份采自于河南,感染途径主要是非法献血;15份采自于上海,主要为经输血制品感染的血友病患者以及经性接触感染者。采用RT-PCR和Nested-PCR的方法扩增gag基因的p24以及env基因的gp41免疫支配区(immunodominant region, IDR),使用DNA测序仪直接测序;应用CLUSTAL X、PHYLIP等软件对序列进行比对及进化树分析。结果 亚型分析表明所有样本中81.6%为(31/38)为B亚型,在23例河南患者中全部(100%)为B亚型,;在15例上海患者中8例(53.3%)为B亚型,1例为A亚型,5例为CRF01_AE亚型,1例为CRF02_AG亚型。分别对河南与上海地区的B亚型序列进行分析,与国际共享序列相比,23例河南B亚型的p24编码区中发生核苷酸改变的位点比例为1.6%～4.2%,平均为3.2%;8例上海B亚型核苷酸位点改变的比例为2.0%～3.8%,平均为3.4%。在所有变异位点中均未发现有连续G->A的高度突变。通过对所有的序列进行配对比较计算基因离散率,B亚型内p24区以及gp41 IDR的平均基因离散率分别为3.6%和4.4%。对B亚型gp41IDR进一步分析表明,河南HIV-1分离株之间的平均变异率为3.7%,而上海分离株之间的平均变异率为4.6%。B亚型与其他亚型之间的基因离散率则为14.5%～16.8%。应用CLUSTAL-X分别得出上海及河南地区各自的B亚型共享序列并与国际共享序列进行比对,发现这两个共享序列产生氨基酸变异的比例均为2.2%(5/231),其中有3个变异位点相同,分别为A14P、I91V及E180D,而这两个共享序列之间的差异却极小,仅为0.9%(2/231)。进化树分析亦表明所有样本中大多为B亚型,且所有来自河南的B亚型样本以及大部分上海的B亚型样本多与源自泰国的B’亚型相距较近。结论 我国上海及河南地区HIV感染以B亚型较为多见,两地区的B亚型之间有较高的同源性,p24基因仍然较为保守。 第二部分:中国部分地区HIV-1耐药相关性突变的研究 目的 了解我国应用高效抗逆转录病毒治疗(HAART)的HIV感染者中耐药性
论文目录:
扉页
目录
中文摘要
英文摘要
第一部分 上海及河南HIV-1分离株p24和gp41基因编码区序列变异性及亚型分析
引言
材料和方法
结果
讨论
参考文献
第二部分 中国部分地区HIV-1耐药相关性突变的研究
引言
材料和方法
结果
讨论
参考文献
综述
附录
致谢
论文独创性声明
论文使用授权声明
发布时间: 2005-09-19
参考文献
- [1].副猪嗜血杆菌耐药性调查和耐药机制研究[D]. 刘英玉.华中农业大学2013
相关论文
- [1].HIV-1生物学特性及宿主遗传背景与疾病进展关系的研究[D]. 孙峥嵘.中国医科大学2003
- [2].HIV-1感染者免疫特征与耐药基因研究[D]. 张旻.中国医科大学2003
- [3].我国艾滋病病毒B’、B/C亚型流行株的表型分析、全基因组克隆及gp41主要抗原表位研究[D]. 冯福民.中国人民解放军军事医学科学院2003
- [4].HIV-1 p24和gp41融合基因载体的构建以及融合蛋白在原核细胞中的表达[D]. 蒋卫民.复旦大学2004
- [5].山东省HIV-1主要流行株基因变异和人群HIV-1抗性基因的研究[D]. 张静.山东大学2004
- [6].中国HIV感染者/艾滋病患者免疫学特征与疾病进展关系的研究[D]. 王琪.中国医科大学2005
- [7].华中地区I型人类免疫缺陷病毒（HIV-1）分子流行病学及耐药基因型的研究[D]. 苏擘.武汉大学2005
- [8].中国中部地区人类免疫缺陷病毒流行株HIV-1 B’的全长基因组序列比较分析及其侵染性克隆的构建[D]. 刘利.武汉大学2005
- [9].我国部分地区HIV耐药变异和结构基因特征的研究[D]. 韩晓旭.中国医科大学2006
- [10].我国HIV-1主要流行地区B’亚型与CRF07_BC重组毒株遗传变异分析[D]. 宋艳辉.中国科学院研究生院（武汉病毒研究所）2007