基因组扫描定位鸡2、5和7号染色体上肉质性状的QTLs

论文摘要

过去对鸡的遗传改良主要集中在提高生长速度和产肉力方面。但是由于人们片面追求瘦肉率导致了鸡肉的肉质品质下降,给养禽生产带来了极大的损失。随着生活水平的提高,人们对鸡肉品质的要求日益提高。然而,肉质性状大多属于数量性状,该类性状的发生受到两对或更多对等位基因的控制,传统育种方法很难提高。分子标记的出现及其在鸡育种中的应用为解决这个问题提供了良好的契机。本次试验以固始鸡与安卡鸡为亲本建立的资源群体为基础,选取了2,5,7号染色体上的39对微卫星标记,其中2号染色体上20个微卫星标记,覆盖474cM,平均距离是23.7 cM,5号染色体上10个微卫星标记,覆盖170 cM,平均距离是17 cM,7号染色体上共9个微卫星标记,覆盖160 cM,平均距离是18 cM,进行基因组扫描,并应用QTLExpress软件对鸡16个肉质性状进行QTL定位分析。试验分析结果如下:1、对F2群体的各种性状表型值进行分析证实F2群体各肉质性状都分离得很好。资源群体有足够的群体规模,保证有效微卫星标记检测数量和QTL定位的准确性,使资源群体的构建达到了预期的效果。2、微卫星标记的平均多态信息含量0.618,群体杂合度平均值为0.773。这些结果说明,微卫星标记具有很高的信息含量,将对后续QTL定位起到很好的支持作用。3、应用分析软件(QTL Express)对16个肉质性状QTL定位分析结果表明:在2,5和7号染色体上共发现影响上述16个肉质性状的39个QTL。在2号染色体上,发现了影响上述16个肉质性状的16个QTL座位;在5号染色体上检测到影响13个肉质性状的13个QTL,13个肉质性状分别是肌肉水分,腿肌pH值,胸肌pH值,腿肌纤维直径,胸肌纤维直径,腿肌系水力,胸肌系水力,腿肌嫩度,胸肌嫩度,总胆固醇含量(CHO),总蛋白含量(TP),碱性磷酸酶(AKP)和肌酸磷酸肌酶(CK);在7号染色体上检测到影响10个肉质性状的10个QTL区域,10个肉质性状包括肌肉水分,皮下脂肪厚度,腿肌肉pH值,胸肌肉pH值,腿肌系水力,胸肌系水力,胸肌嫩度,总蛋白含量(TP),碱性磷酸酶(AKP)以及肌酸磷酸肌酶(CK)。4、在三条染色体定位的各个影响肉质性状的QTL位置存在着一定的规律,相关性比较强的性状往往定位在染色体相同或较近的位置,如影响腿肌嫩度(腿肌剪切力)和胸肌嫩度(胸肌剪切力)的QTL分别定位在5号染色体的0cM和6cM位置,同样的在5号染色体上,腿肌纤维直径和胸肌纤维直径的QTL则分别定位于41和49cM处;在2号染色体上腿肌和胸肌的pH值分别定位于253,254cM,在7号染色体上腿肌和胸肌的pH值分别定位于100,110cM。

论文目录

• 致谢
• 中文摘要
• 1 文献综述
• 1.1 分子标记
• 1.1.1 第一代分子遗传标记
• 1.1.2 第二代的 DNA 标记:微卫星 DNA
• 1.1.3 第三代的 DNA 标记:SNPs（单核苷酸多态性）
• 1.2 微卫星 DNA 标记原理极其优越
• 1.2.1 微卫星 DNA 标记原理
• 1.2.2 微卫星 DNA 标记优越性
• 1.2.3 微卫星 DNA 及其在畜禽遗传育种中的应用
• 1.3 鸡基因组研究进展
• 1.3.1 鸡基因组
• 1.3.2 基因组图谱
• 1.4 鸡数量性状及遗传基础
• 1.4.1 QTL 定位概况
• 1.5 鸡的肉质性状研究概况
• 1.5.1 肉质性状评定标准
• 1.5.2 鸡肉质性状 QTL 定位研究进展
• 2 引言
• 3 实验方法
• 3.1 试验材料
• 3.1.1 试验动物及饲养管理
• 3.1.2 主要仪器
• 3.1.3 主要试剂与配制
• 3.2 实验方法
• 3.2.1 表型数据度量
• 3.2.2 引物合成与选择
• 3.2.3 基因组 DNA 抽提
• 3.2.4 PCR 扩增与变性
• 3.2.5 PCR 产物检测
• 3.2.6 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳
• 3.2.7 银染法检测
• 3.2.8 基因型判定
• 3.3 统计分析
• 3.3.1 表型数据分析
• 3.3.2 群体等位基因频率
• 3.3.3 多态信息含量
• 3.3.4 群体平均杂合度
• 3.3.5 QTL 定位分析
• 4 结果分析
• 4.1 表型数据分析
• 4.2 各标记座位等位基因、等位基因频率、杂合度及多态信息含量
• 4.3 QTL 定位结果
• 4.3.1 QTL 定位结果统计表
• 4.3.2 QTL 定位图像
• 5 讨论
• 5.1 参考价系的利用
• 5.2 微卫星标记的选择
• 5.3 降落 PCR
• 5.4 微卫星扩增的正确性
• 5.5 鸡肉质性状 QTL 的定位
• 小结
• 参考文献
• 英文摘要