导读:本文包含了医学本体论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:元数据,异质性,通用数据元素,本体
医学本体论文文献综述
张璐璐,杨晟,史涪仁,潘虹洁,王志刚[1]（2019）在《本体支持的生物医学领域元数据异质性与可兼容性研究》一文中研究指出利用本体支持数据元素的表示,是提升元数据机器可理解性的重要手段。采用生物医学通用数据元素数据库caDSR中的数据,评价相关的数据元素之间的语义异质性,并利用机器学习对元数据可兼容性进行判别。首先,从caDSR中选取60对通用数据元素,涉及人口学、生活方式、既往病史和实验室测量等方面。依据ISO/IEC 111179标准抽提数据元素的必要组分,利用NCIT的本体支持,就每对关联数据元素的相似度进行评价。依据数据元素内部各组分的语义相似度,利用支持向量机,对数据元素间的可兼容性做出预测,其准确度超过80%。研究结果显示,目前在caDSR数据库中,对于元数据的定义存在较大的异质性,这些异质性在数据元素的概念域尤其集中。虽然如此,通过机器学习的方法,还是能够依据现有的数据元素的定义实现数据可兼容性的自动判断。研究所建立的方法,对于优化数据元素构建流程、丰富数据标准化工具具有一定的应用价值。(本文来源于《中国生物医学工程学报》期刊2019年03期）
张璐璐[2]（2019）在《生物医学本体支持的元数据异质性研究与标准化应用》一文中研究指出背景:数据已经成为生物医学发展的重要驱动力,实现数据到知识转化的一个关键环节在于增强数据的机器可理解性。通用数据元素(common data element,CDE)的使用是提高机器对元数据理解的重要手段。随着生物医学领域可共享的数据越来越多,纳入到通用数据元素库中的数据元素也在迅速增长,探讨如何提升通用数据元素的质量对于促进数据的整合和共享具有重要的意义。方法:一方面,本研究根据ISO/IEC 11179标准建立了具有语义支持的CDE表示模型,并在模型的基础上,构建了可共享的、可重用的和具有语义支持的通用数据元素库。在本部分研究中,首先根据《国民体质与健康数据库》初步确定了库中的数据条,通过复用caDSR中的CDE以及新建方式形成CDE数据集;然后基于模型实现了CDE的OWL表示,并且借助于语义网工具实现了 CDE的质量检查;最后利用图数据库来存储文件,并提供SPARQL复杂查询功能。另一方面,本研究进行了生物医学领域元数据之间异质性的研究,建立了元数据之间可兼容性自动化的预测模型。在本部分研究中,首先从国际上使用广泛的公共数据库NCI caDSR中,选取了与临床试验关联度较高的流行病调查的数据元素,根据构建的CDE表示模型提取了数据元素的必要组分,在NCIT(National Cancer Institute Thesaurus)的支持下利用基于本体的语义相似度计算方法计算出每两个关联数据元素对应必要组分之间的相似度值。最后,基于CDE组分之间的相似度值,利用支持向量机(support vector machine,SVM)对相关数据元素之间的兼容性进行了预测。结果:本研究构建了数据元素通用用用表示模型。此模型以ISO/IEC 11179元数据标准的核心组分为基础,规定了利用本体术语实现语义标准化的方式,定义了这些核心组分之间的关系,并为数据元素分配唯一标识符,以OWL格式表示。利用此模型实现了《国民体质与健康数据库》中的数据元素的图数据库存储和检索。在caDSR数据库元数据异质性研究中,结果显示元数据的概念层存在较大的异质性。即使在人工判别认为可以实现数据统一的数据元素间,在概念层的定义上也存在有明显异质性。通过SVM实现了数据元素是否可以整合进行了判断,模型对于可直接整合、人工干预后可整合和不可整合叁组判断的总体准确率为81.67%。结论:本研究建立了符合FAIR准则的数据元素通用表示模型,并以此为基础围绕《国民体质与健康数据库》数据元素,建立了可参考的通用数据元素库,为解决数据异质性造成的数据整合和共享的问题提供了一个初步的可行方案。针对目前CDE数据库中数据元素异质性严重,本研究构建了 CDE可兼容性的预测模型,为用户使用现有的CDE提供了工具支持。通过本研究,将为提升元数据质量,进而提升数据质量提供技术和工具的支持。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2019-05-01）
晏归来[3]（2019）在《面向医学科技评价的本体构建研究》一文中研究指出当前全球医学科技创新正在发生重大变革,医学科技评价是医学科研活动中的重要组成部分,是科技管理中的核心内容。科学有效的科技评价方法与体系可以优化科技资源的配置,提高科研人员的积极性,并对推进科技制度创新的完善和发展,营造良好的科研氛围都有着极为重要的作用。医学科技评价数据涉及科研机构、项目、科技人才、基金、专利等多项内容,不同概念间关系较为复杂。当前我国科技评价研究中存在科研数据组织系统性欠缺、关系揭示程度差等不足,直接导致了检索效率不佳等问题。从信息组织的角度来看,本体由概念及概念之间的关系构成,且经过精确定义,故而本体能提供对领域知识的共同理解与描述,可以更好的帮助知识的共享、交流和重用。然而,现存科研本体概念层次体系较为复杂,概念、属性存在形式各有不同,这对本体的复用造成较大阻碍。构建面向医学科技评价的科研本体,可以进一步完善科技资源组织方式、揭示领域内部语义关系,提高医学科技评价信息系统检索效率,从而更好地满足评价工作的实际需求。本研究在借鉴现有科研本体相关概念及本体构建方法,搜集、整合多来源科研信息基础之上分析医学科技评价本体的元数据框架及不同概念层次,通过复用现有科研本体及重构科研信息构建面向医学科技评价的科研本体,全方位展示医学科技评价研究中科研项目、科研机构、科研人员等相关大类之间的多种关系,并依据本体构建知识库模型开展可视化查询及SPARQL查询研究,初步验证了所提本体的科学性和合理性,进一步开展医学科技评价本体应用场景初探,设计了医学科技评价数据加工及推理系统、数据标注系统以及数据映射系统等系统原型,初步构建“医学科技评价指标数据查询系统”V1.O,验证了医学科技评价本体的实用性,最后对当前研究工作的不足进行了分析总结。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2019-05-01）
靳杨,徐路路[4]（2019）在《基于本体语义增强和多源数据融合的石墨烯医学应用前沿探测》一文中研究指出提出基于WordNet本体语义增强和多源数据主题贡献度分析的科学研究前沿探测方法,介绍相关研究情况、方法框架并进行实证分析,采用论文、基金项目及专利等多源数据综合识别出石墨烯医学应用领域未来发展方向。实验表明该方法能够弥补利用单一数据源进行医学前沿探测的不足,为石墨烯医学发展架构调整提供参考。(本文来源于《医学信息学杂志》期刊2019年02期）
张庆,吕少妮,轩扬[5]（2019）在《本体在生物医学领域中应用研究热点分析》一文中研究指出对Medline数据库收录的8年有关本体在生物医学领域应用论文中的高频主题词进行共现聚类分析,总结该领域研究热点,具体包括在生物信息学、临床医学、医学信息学以及人工智能中的应用共4个方面、8个主题方向。(本文来源于《医学信息学杂志》期刊2019年01期）
晏归来,安新颖,范少萍,周永称,刘良楹[6]（2018）在《面向医学科技评价的本体模型构建研究》一文中研究指出目的:构建面向医学科技评价的本体模型,为完善医学科技评价本体奠定基础,为医学科技评价研究数据管理系统提供支持。方法:通过分析医学科技评价需求、调研医学科技评价维度及现有科研本体研究现状,以现有医学科技评价维度和科研本体为依据,构建本体模型,并抽取其中概念及属性。借鉴骨架法和七步法,利用Protégé构建本体并进行检索及可视化展示。结果:建立了包含8类顶层模块、303条概念及21种语义关系的医学科技评价工作的本体模型,并借助Protégé进行检索及可视化展示。结论:构建医学科技评价本体能够更好地管理和组织指标数据,揭示科研网络关系,为医学科技评价研究提供新的研究角度,便于科研数据或信息资源的共享。(本文来源于《中华医学图书情报杂志》期刊2018年10期）
曹春萍,张政[7]（2018）在《基于本体参考数据的生物医学本体融合模型研究》一文中研究指出生物医学本体是在集成了多个高质量医学知识库的基础上形成的明确的知识表达系统。目前,该领域本体大多单一存在,并只针对一方面知识进行概括。面对生物医学上问题的多样化和复杂性,多个本体进行融合后会更好地促进领域知识的共享和表达,提供多维度解决问题的视角。GO(Gene ontology)、DO(Disease ontology)和HPO(Human phenotype ontology)是生物医学中叁个重要的本体知识库。通过对叁个本体的结构和内容的分析,回溯本体构建过程,从本体构建数据源中挖掘不同本体间存在的关联关系,从而达到本体融合的目的,实现跨领域本体的知识共享。这对从基因分子水平上剖析疾病的产生,以及疾病在体征上的表达等因果串联性研究有着重要意义。(本文来源于《计算机应用与软件》期刊2018年10期）
何勇群,余红,杨啸林,邵晨,周伟[8]（2018）在《本体:生物医学大数据与精准医学研究的基础》一文中研究指出在最近兴起的生物医学大数据和精准医学研究中,本体正发挥着不可替代的作用。但一大部分人对本体的定义、类型与应用比较混淆。这篇综述对这些问题进行了回答。具体而言,本体使用人和计算机都可以理解的术语及关系集来表述各种实体/概念以及它们之间关系。根据本体的作用,本体可分为叁类:具有多关系模型的增强版控制术语集,反映某知识域的本体知识系统,和对元数据在语义上的约束与标准化的元数据本体。基于这些作用,本体被广泛地应用于生物医学数据的标准化、整合、检索与分析,已经知识的挖掘。当代本体学的研究发展迅速,我国刚刚起步,机遇与挑战并存。广泛地开展国内与国际有关本体的合作研究,将促进国内生物医学本体领域研究水平的整体提升,提高生物与临床科研大数据整合与精准医学研究的能力。(本文来源于《生物信息学》期刊2018年01期）
罗杰·马利纳,李拓[9]（2018）在《科学本体的再设计:庆祝《莱奥纳多》创刊50周年暨将艺术和设计与科学、技术和医学相结合的新兴职业的出现》一文中研究指出《莱奥纳多》杂志执行编辑罗杰·马利纳叙述了他的父亲弗兰克·马利纳创办《莱奥纳多》杂志的初衷。同时,他在文章中阐述了在新时代下,科学本体的再设计以及艺术与科学结合的新趋势:科学的社会嵌入型、大数据、用"模拟"理解诠释复杂现象。最后作者强调,学术刊物是记录这些理念、现象和成果的重要载体。(本文来源于《装饰》期刊2018年03期）
蒋秀林,谢静,陈玉娥[10]（2018）在《基于医学本体的区域医疗信息共享平台理论探索》一文中研究指出目前我国大多数医疗信息系统普遍存在信息孤岛问题,随着医疗领域信息化建设的推进,医疗数据信息共享需求迫在眉睫。数据异构是造成信息孤岛的一个主要原因,利用医学本体整合异构数据库信息,构建区域医疗信息共享平台,对我国医疗行业发展具有非常重要的作用。(本文来源于《包头医学院学报》期刊2018年01期）
医学本体论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
背景:数据已经成为生物医学发展的重要驱动力,实现数据到知识转化的一个关键环节在于增强数据的机器可理解性。通用数据元素(common data element,CDE)的使用是提高机器对元数据理解的重要手段。随着生物医学领域可共享的数据越来越多,纳入到通用数据元素库中的数据元素也在迅速增长,探讨如何提升通用数据元素的质量对于促进数据的整合和共享具有重要的意义。方法:一方面,本研究根据ISO/IEC 11179标准建立了具有语义支持的CDE表示模型,并在模型的基础上,构建了可共享的、可重用的和具有语义支持的通用数据元素库。在本部分研究中,首先根据《国民体质与健康数据库》初步确定了库中的数据条,通过复用caDSR中的CDE以及新建方式形成CDE数据集;然后基于模型实现了CDE的OWL表示,并且借助于语义网工具实现了 CDE的质量检查;最后利用图数据库来存储文件,并提供SPARQL复杂查询功能。另一方面,本研究进行了生物医学领域元数据之间异质性的研究,建立了元数据之间可兼容性自动化的预测模型。在本部分研究中,首先从国际上使用广泛的公共数据库NCI caDSR中,选取了与临床试验关联度较高的流行病调查的数据元素,根据构建的CDE表示模型提取了数据元素的必要组分,在NCIT(National Cancer Institute Thesaurus)的支持下利用基于本体的语义相似度计算方法计算出每两个关联数据元素对应必要组分之间的相似度值。最后,基于CDE组分之间的相似度值,利用支持向量机(support vector machine,SVM)对相关数据元素之间的兼容性进行了预测。结果:本研究构建了数据元素通用用用表示模型。此模型以ISO/IEC 11179元数据标准的核心组分为基础,规定了利用本体术语实现语义标准化的方式,定义了这些核心组分之间的关系,并为数据元素分配唯一标识符,以OWL格式表示。利用此模型实现了《国民体质与健康数据库》中的数据元素的图数据库存储和检索。在caDSR数据库元数据异质性研究中,结果显示元数据的概念层存在较大的异质性。即使在人工判别认为可以实现数据统一的数据元素间,在概念层的定义上也存在有明显异质性。通过SVM实现了数据元素是否可以整合进行了判断,模型对于可直接整合、人工干预后可整合和不可整合叁组判断的总体准确率为81.67%。结论:本研究建立了符合FAIR准则的数据元素通用表示模型,并以此为基础围绕《国民体质与健康数据库》数据元素,建立了可参考的通用数据元素库,为解决数据异质性造成的数据整合和共享的问题提供了一个初步的可行方案。针对目前CDE数据库中数据元素异质性严重,本研究构建了 CDE可兼容性的预测模型,为用户使用现有的CDE提供了工具支持。通过本研究,将为提升元数据质量,进而提升数据质量提供技术和工具的支持。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
医学本体论文参考文献
[1].张璐璐,杨晟,史涪仁,潘虹洁,王志刚.本体支持的生物医学领域元数据异质性与可兼容性研究[J].中国生物医学工程学报.2019
[2].张璐璐.生物医学本体支持的元数据异质性研究与标准化应用[D].北京协和医学院.2019
[3].晏归来.面向医学科技评价的本体构建研究[D].北京协和医学院.2019
[4].靳杨,徐路路.基于本体语义增强和多源数据融合的石墨烯医学应用前沿探测[J].医学信息学杂志.2019
[5].张庆,吕少妮,轩扬.本体在生物医学领域中应用研究热点分析[J].医学信息学杂志.2019
[6].晏归来,安新颖,范少萍,周永称,刘良楹.面向医学科技评价的本体模型构建研究[J].中华医学图书情报杂志.2018
[7].曹春萍,张政.基于本体参考数据的生物医学本体融合模型研究[J].计算机应用与软件.2018
[8].何勇群,余红,杨啸林,邵晨,周伟.本体:生物医学大数据与精准医学研究的基础[J].生物信息学.2018
[9].罗杰·马利纳,李拓.科学本体的再设计:庆祝《莱奥纳多》创刊50周年暨将艺术和设计与科学、技术和医学相结合的新兴职业的出现[J].装饰.2018
[10].蒋秀林,谢静,陈玉娥.基于医学本体的区域医疗信息共享平台理论探索[J].包头医学院学报.2018